Abstract With the advance of SARS-CoV-2 vaccines, the outlook for overcoming the global COVID-19 pandemic has improved. However, understanding of immunity and protection offered by the SARS-CoV-2 vaccines against circulating variants of concern (VOC) is rapidly evolving. We investigated the mRNA vaccine-induced antibody responses against the referent WIV04 (Wuhan) strain, circulating variants, and human endemic coronaviruses in 168 naïve and previously infected people at three-time points. Samples were collected prior to vaccination, after the first and after the second doses of one of the two available mRNA-based vaccines. After full vaccination, both naïve and previously infected participants developed comparable robust SARS-CoV-2 specific spike IgG levels, modest IgM and IgA binding antibodies, and varying degrees of HCoV cross-reactive antibodies. However, the strength and frequency of neutralizing antibodies produced in naïve people were significantly lower than in the previously infected group. We also found that 1/3 rd of previously infected people had undetectable neutralizing antibodies after the first vaccine dose; 40% of this group developed neutralizing antibodies after the second dose. In all subjects neutralizing antibodies produced against the B.1.351 and P.1 variants were weaker than those produced against the reference and B.1.1.7 strains. Our findings provide support for future booster vaccinations modified to be active against the circulating variants.

Abstract Background Sapovirus is an important cause of acute gastroenteritis in childhood. While vaccines against sapovirus may reduce gastroenteritis burden, a major challenge to their development is a lack of information about natural immunity. Methods We measured sapovirus-specific IgG in serum collected between 2017 and 2020 of mothers soon after delivery and at 6 time points in Nicaraguan children until 3 years of age (n = 112 dyads), using virus-like particles representing 3 sapovirus genotypes (GI.1, GI.2, GV.1). Results Of the 112 children, 16 (14.3%) experienced at least 1 sapovirus gastroenteritis episode, of which GI.1 was the most common genotype. Seroconversion to GI.1 and GI.2 was most common between 5 and 12 months of age, while seroconversion to GV.1 peaked at 18 to 24 months of age. All children who experienced sapovirus GI.1 gastroenteritis seroconverted and developed genotype-specific IgG. The impact of sapovirus exposure on population immunity was determined by antigenic cartography: newborns share their mothers’ broadly binding IgG responses, which declined at 5 months of age and then increased as infants experienced natural sapovirus infections. Conclusions By tracking humoral immunity to sapovirus over the first 3 years of life, this study provides important insights for the design and timing of future pediatric sapovirus vaccines.

Abstract CpG site methylation patterns have potential to improve differentiation of high-grade screening-detected cervical abnormalities. We assessed CpG differential methylation (DM) and differential variability (DV) in high-grade (CIN2+) vs. low-grade (≤CIN1) lesions. In ≤CIN1 (n=117) and CIN2+ (n=31) samples, cervical sample DNA underwent testing with Illumina HumanMethylation arrays. We assessed DM and DV of CpG methylation M values among nine cervical cancer-associated genes. We fit CpG-specific linear models and estimated empirical Bayes standard errors and false discovery rates (FDR). An exploratory epigenome-wide association study (EWAS) aimed to detect novel DM and DV CpGs (FDR<0.05) and Gene Ontology (GO) term enrichment. Compared to ≤CIN1, CIN2+ exhibited greater methylation at CCNA1 Cluster 1 (M value difference 0.24; 95% CI 0.04, 0.43) and RARB Cluster 2 (0.16; 95% CI 0.05, 0.28), and lower methylation at CDH1 Cluster 1 (-0.15; 95% CI -0.26, -0.04). CIN2+ exhibited lower variability at CDH1 Cluster 2 (variation difference -0.24; 95% CI -0.41, -0.05) and FHIT Cluster 1 (-0.30; 95% CI -0.50, -0.09). EWAS detected 3,534 DM and 270 DV CpGs. Forty-four GO terms were enriched with DM CpGs related to transcriptional, structural, developmental, and neuronal processes. Methylation patterns may help triage screening-detected cervical abnormalities and inform US screening algorithms.

The introduction of vaccines during the COVID-19 pandemic provided an opportunity to slow transmission of SARS-CoV-2, but initial uptake of COVID-19 vaccination was slow. We analyzed data from a randomized clinical trial of the mRNA-1273 vaccine (NCT04811664) to describe the patterns of uptake of COVID-19 vaccines among young adults.

Background Giardia lamblia is an intestinal protozoan estimated to cause ~200 million symptomatic infections annually, mainly in children in low- and middle-income countries associated with intestinal damage, increased permeability, and malabsorption. Methods and results We describe here the epidemiology, incidence, clinical characteristics, and risk factors of acute gastroenteritis episodes (AGE) with G . lamblia detection (GAGE) using a birth cohort of 443 Nicaraguan children followed weekly until 36 months of life. From June 2017 to July 2021, 1385 AGE samples were tested by qPCR. G . lamblia was detected in 104 (7.5%) of AGE episodes. In all, 69 (15.6%) children experienced at least one GAGE episode, and 25 of them (36.2%) experienced more than one episode. The incidence rate of the first episode of GAGE was 6.8/100 child-years (95% CI, 4.5–9.1). During GAGE, bloody stools, vomiting, and fever were uncommon, and children were less likely to be treated at a primary care clinic, suggesting that GAGE is typically mild and most cases did not receive medical attention, which could facilitate higher parasite loads with increased possibilities of establishing chronic carriage. GAGE was more common in children 12–24 months of age (13.9/100 child-years [95% CI, 10.7–17.1]) as compared to other age groups. In our birth-cohort, children living in a home with an indoor toilet (aHR, 0.52 [95%CI, 0.29–0.92]), and being breastfed in the first year of life (aHR: 0.10 [95%IC, 0.02, 0.57]) had a lower incidence of GAGE. In contrast, being breastfed for ≤ 6 months was associated with a higher incidence if the children were living in houses without indoor toilets and earthen floors (HR, 7.79 [95% CI, 2.07, 29.3]). Conclusion Taken together, GAGE is more frequent under poor household conditions. However, breastfeeding significantly reduces the incidence of GAGE in those children.