Abstract Polyploidization is a common event in plant evolution, and it plays an important role in plant speciation and adaptation. To address the role of polyploidization in grass diversification, we studied Phragmites australis , a species with intraspecific variation of chromosome numbers ranging from 2n=36 to 144. A combined analysis of genome structure, phylogeny and population genetics were used to study the evolution of P. australis . Whole-genome sequencing of three representative lineages revealed the allopolyploid origin of the species, with subgenome divergence dating back to approximately 29 million years ago, and the genomes showed hallmarks of relaxed selection associated with asexual propagation. Genome-wide analysis of 88 individuals from different populations around the world using restriction site associated DNA sequencing (RAD-seq) identified seven main intraspecific lineages with extensive genetic admixture. Each lineage was characterized by a distinct ploidy level, mostly tetraploid or octoploid, suggesting several polyploid events. Furthermore, we observed octoploid and hexaploid lineages at contact zones in Romania, Hungary and South Africa, suggestively due to genomic conflicts in allotetraploid parental lineages. Polyploidy may have evolved as a strategy to escape from the evolutionary dead-end of asexual propagation and the resulting decrease in genomic plasticity.

Abstract Climate warming and associated extreme temperature fluctuations result in rapid and pronounced changes in the biogeographical ranges of species. However, existing models that predict these climate‐driven range dynamics often fail to adequately account for the intricacies of local adaptation and individual specialization, treating species as having uniform responses without accounting for individual variability. This oversight highlights the need to enhance our understanding of the evolutionary implications of intraspecific and intrageneric variability, particularly with respect to photosynthetic acclimation of plants. To explore how widespread plant species adapt to temperature variability, we used the cosmopolitan genus Phragmites as a model. We assessed the variance–covariance matrix of gene‐based traits to quantify genetic variability and examine correlations among traits associated with intraspecific photosynthetic acclimatization in a thermal gradient that includes low‐, moderate‐, and high‐temperature regimes. Our findings revealed that gene‐based clinal variations, exemplified by increased robustness in plants from lower latitudes, were closely related to the latitudinal origins of genotypes and manifested more prominently in cooler environments. Furthermore, coordination of integrated physiological traits, aimed at preserving whole plant fitness, exhibits a heightened response under cold stress. We observed that plasticity in physiological traits did not increase with latitude in regions of high climatic seasonality, indicating a deviation from expected clinal plasticity patterns. This finding prompted a re‐evaluation of our understanding of phenotypic plasticity. Our findings improved our understanding of the intrageneric variation in physiological acclimation strategies among widespread species, refining predictions of species responses, survival, and distribution amidst global climate change. Read the free Plain Language Summary for this article on the Journal blog.