JA
Jim Allan
Author with expertise in G-Quadruplex DNA Structures and Functions
Achievements
This user has not unlocked any achievements yet.
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
1
(0% Open Access)
Cited by:
0
h-index:
1
/
i10-index:
0
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

A Single Nucleotide Resolution Model for Large-Scale Simulations of Double Stranded DNA

Yair Fosado et al.Aug 12, 2016
+3
J
D
Y
The computational modelling of DNA is becoming crucial in light of new advances in DNA nanotechnology, single-molecule experiments and in vivo DNA tampering. Here we present a mesoscopic model for double stranded DNA (dsDNA) at the single nucleotide level which retains the characteristic helical structure, while being able to simulate large molecules--up to a million base pairs--for time-scales which are relevant to physiological processes. This is made possible by an efficient and highly-parallelised implementation of the model which we discuss here. We compare the behaviour of our model with single molecule experiments where dsDNA is manipulated by external forces or torques. We also present some results on the kinetics of denaturation of linear DNA.