Healthy Research Rewards
ResearchHub is incentivizing healthy research behavior. At this time, first authors of open access papers are eligible for rewards. Visit the publications tab to view your eligible publications.
Got it
JC
Julie Cohen
Author with expertise in Diagnosis and Treatment of Bladder Cancer
Achievements
Cited Author
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
3
(33% Open Access)
Cited by:
252
h-index:
33
/
i10-index:
60
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Clinical whole exome sequencing in child neurology practice

Siddharth Srivastava et al.Aug 18, 2014
Whole exome sequencing (WES) represents a significant breakthrough in clinical genetics as a powerful tool for etiological discovery in neurodevelopmental disorders. To better characterize the genetic landscape of neurodevelopmental disorders, we analyzed patients in our pediatric neurogenetics clinic who underwent WES.We performed a retrospective cohort study on 78 patients with various neurodevelopmental disabilities and unrevealing workup prior to WES. We characterized their molecular diagnoses, clinical features, and whether their previous treatment plan changed due to WES results.The overall presumptive diagnostic rate for our cohort was 41% (n = 32 of 78 patients). Nineteen patients had a single autosomal dominant (AD) disorder, 11 had a single autosomal recessive (AR) disorder, 1 had an X-linked dominant disorder, and 1 had both an AD and an AR disorder. The 32 patients with pathogenic or likely pathogenic variants exhibited various neurobehavioral and neuroimaging abnormalities, including intellectual disability/developmental delay (n = 28), cerebral palsy-like encephalopathy (n = 11), autism spectrum disorder (n = 5), delayed/hypomyelination (n = 7), and cerebellar abnormalities (n = 9). The results of WES affected management for all patients with a presumptive diagnosis, triggering reproductive planning (n = 27), disease monitoring initiation (n = 4), investigation of systemic involvement of the disorder(s) (n = 6), alteration of presumed disease inheritance pattern (n = 7), changing of prognosis (n = 10), medication discontinuation (n = 5) or initiation (n = 2), and clinical trial education (n = 3).The high diagnostic yield of WES supports its use in pediatric neurology practices. It may also lead to earlier diagnosis, impacting medical management, prognostication, and family planning. WES therefore serves as a critical tool for the child neurologist.
0
Citation252
0
Save
0

PIK3CA Mutational Analysis in Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded Archival Tissues of Urothelial Carcinoma of Urinary Bladder

Alcides Chaux et al.Jun 1, 2015
OBJECTIVE: Urothelial carcinoma of the urinary bladder is the fourth most common cancer in males in the United States. In addition to mutations in FGFR3, TP53, AKT1, TSC1, and PTEN genes, mutations in PIK3CA have been also described in urothelial carcinomas, preferentially in low-grade tumors. Mutations in PIK3CA also has been shown to have implications for prognosis, surveillance and therapeutic response. Thus, determining the PIK3CA status in urothelial carcinomas could potentially improved the clinical management of patients with bladder cancer. Herein, we evaluated the presence of PIK3CA mutations in exons 1, 9, and 20 in 21 urothelial carcinomas of the urinary bladder. METHODS: Patients were treated by radical cystectomy without neoadjuvant chemotherapy. Representative tissue blocks (1 for each case) were selected. We used a pinpoint DNA extraction technique from formalin-fixed, paraffin-embedded and mutational analysis using the polymerase chain reaction (PCR) assay coupled with sequencing of targeted exons. Patients included 15 men and 6 women, with a median age of 68 years (range, 42 to 76 years), with 3 noninvasive and 18 invasive urothelial carcinomas. Noninvasive carcinomas included 1 case each of low-grade papillary urothelial carcinoma, high-grade papillary urothelial carcinoma, and urothelial carcinoma in situ (CIS). Invasive tumors included 3 pT1, 5 pT2, 6 pT3, and 4 pT4 urothelial carcinomas. RESULTS: We did not find mutations in the analyzed exons of the PIK3CA gene, in any of the 21 urothelial carcinomas. The preponderance of invasive high-grade and high-stage tumors could explain the absence of identifiable mutations in our cohort. CONCLUSIONS: PIK3CA mutations as prognosticators of outcome or predictors of therapeutic response await further evaluation.
0

Clinical Actionability of Genetic Findings in Cerebral Palsy

Sara Lewis et al.Dec 2, 2024
Importance Single gene variants can cause cerebral palsy (CP) phenotypes, yet the impact of genetic diagnosis on CP clinical management has not been systematically evaluated. Objective To evaluate how frequently genetic testing results would prompt changes in care for individuals with CP and the clinical utility of precision medicine therapies. Data Sources Published pathogenic or likely pathogenic variants in OMIM genes identified with exome sequencing in clinical (n = 1345) or research (n = 496) cohorts of CP were analyzed. A systematic literature review for evidence of effective therapies for specific genetic etiologies was performed. Study Selection Nonstandard interventions that led to a detectable improvement in a defined outcome in individuals with variants in the gene of interest were included. Data Extraction and Synthesis Literature was evaluated using PRISMA guidelines. A diverse, expert working group was established, scoring rubrics adapted, and scoring consensus built with a modified Delphi approach. Main Outcomes and Measures Overall clinical utility was calculated from metrics assessing outcome severity if left untreated, safety and practicality of the intervention, and anticipated intervention efficacy on a scale from 0 to 3. Results Of 1841 patients with CP who underwent exome sequencing, 502 (27%) had pathogenic or likely pathogenic variants related to their phenotype. A total of 243 different genes were identified. In 1841 patients with identified genetic etiologies of CP, 140 (8%) had a genetic etiology classified as actionable, defined as prompting a change in clinical management. Also identified were 58 of 243 genes with pathogenic or likely pathogenic variants with actionable treatment options: 16 targeting the primary disease mechanism, 16 with specific prevention strategies, and 26 with specific symptom management. The level of evidence was also graded according to ClinGen criteria; 45 of 101 interventions (44.6%) had evidence class D or below. The potential interventions have clinical utility with 98 of 101 outcomes (97%) being moderate-high severity if left untreated and 63 of 101 interventions (62%) predicted to be of moderate-high efficacy. Most interventions (72 of 101 [71%]) were considered moderate-high safety and practicality. Conclusions and Relevance The findings indicate that actionable genetic findings occurred in 8% of individuals referred for genetic testing with CP. Evaluation of potential efficacy, outcome severity, and intervention safety and practicality indicates moderate-high clinical utility of these genetic findings. Genetic sequencing can identify precision medicine interventions that provide clinical benefit to individuals with CP. The relatively limited evidence base underscores the need for additional research.