The functional roles of SNPs within the 8q24 gene desert in the cancer phenotype are not yet well understood. Here, we report that CCAT2 , a novel long noncoding RNA transcript (lncRNA) encompassing the rs6983267 SNP, is highly overexpressed in microsatellite-stable colorectal cancer and promotes tumor growth, metastasis, and chromosomal instability. We demonstrate that MYC , miR–17–5p, and miR–20a are up-regulated by CCAT2 through TCF7L2-mediated transcriptional regulation. We further identify the physical interaction between CCAT2 and TCF7L2 resulting in an enhancement of WNT signaling activity. We show that CCAT2 is itself a WNT downstream target, which suggests the existence of a feedback loop. Finally, we demonstrate that the SNP status affects CCAT2 expression and the risk allele G produces more CCAT2 transcript. Our results support a new mechanism of MYC and WNT regulation by the novel lncRNA CCAT2 in colorectal cancer pathogenesis, and provide an alternative explanation of the SNP-conferred cancer risk.

Abstract Glutaminase (GLS) is directly related to cell growth and tumor progression, making it a target for cancer treatment. The RNA-binding protein HuR (encoded by the ELAVL1 gene) influences mRNA stability and alternative splicing. Overexpression of ELAVL1 is common in several cancers, including breast cancer. Here we show that HuR regulates GLS mRNA alternative splicing and isoform translation/stability in breast cancer. Elevated ELAVL1 expression correlates with high levels of the glutaminase isoforms C (GAC) and kidney-type (KGA), which are associated with poor patient prognosis. Knocking down ELAVL1 reduces KGA and increases GAC levels, enhances glutamine anaplerosis into the TCA cycle, and drives cells towards glutamine dependence. Furthermore, we show that combining chemical inhibition of GLS with ELAVL1 silencing synergistically decreases breast cancer cell growth and invasion. These findings suggest that dual inhibition of GLS and HuR offers a therapeutic strategy for breast cancer treatment.

Early diagnosis and prognosis of cancer progression through biomarker profiling are crucial in managing colon cancer patients. Our research aimed to investigate the expression of miR-101-3p, miR-106a-5p, and miR-326 in tumor and adjacent healthy tissues of colon cancer patients and determine their potential diagnostic utility. This study included 40 patients divided into four groups according to the TNM staging classification. MiRNA expression was analyzed using qRT-PCR. The results showed that miR-101-3p, miR-106a-5p, and miR-326 are overexpressed in adjacent healthy tissues but decrease in advanced cancer stages. MiR-106a-5p and miR-326 are strongly correlated with colon cancer severity. These findings suggest that miRNA profiling could be useful for early diagnosis and prognosis in colon cancer management.

Background and aim. Lung cancer remains one of the most threatening malignancies, ranking as the second most diagnosed cancer, and it continues to be the leading cause of cancer-related deaths worldwide. Challenges persist with late diagnosis and the high mutational burden characteristic of lung cancer. Methods. Our study focuses on identifying the mutational spectrum of a cohort of advanced-stage non-small cell lung cancer (NSCLC) patients using a minimally invasive method through blood collection. To analyze the mutational landscape of these patients, we employed plasma DNA for the next-generation sequencing (NGS) cancer panel Ion Torrent, which contains 50 of the most mutated genes in lung cancer. All protocols for extraction, quality and quantity control, and library preparation follow the manufacturer’s rules. Bioinformatics analysis was performed to select pathogenic mutations versus non-pathogenic-benign ones. Results. This approach is particularly valuable for patients in advanced stages (III and IV, n=10) of lung adenocarcinoma and lung squamous cell carcinoma, who lack surgical options and limited therapeutic avenues. The comprehensive sequencing analysis revealed that nine of the ten lung cancer patients carried a TP53 mutation. Also, several other mutations exist in various cases, showing heterogeneous profiling. Conclusions. Our findings demonstrate the potential of liquid biopsies in providing crucial genetic insights that can guide personalized treatment strategies, improving the management and outcomes for patients with advanced lung cancer.

Abstract Metastasis is responsible for the majority of cancer-related deaths. Particularly challenging is the management of metastatic cancer of unknown primary site (CUP), whose tissue-of-origin (TOO) remains undetermined even after expensive investigations. CUP therapy is rather unspecific and poorly effective. Molecular approaches developed to identify CUPs’ potential tissue-of-origin, can overcome some of these issues. In this study, we applied a pre-determined set of microRNAs (miRNAs) to infer the TOO of 53 metastatic cancers of unknown or uncertain origin. We designed a molecular assay to quantify 89 miRNAs at the copy number level, using EvaGreen-based Droplet Digital PCR. We assessed miRNA expression in 159 samples including primary tumors from 17 tumor classes (reference set), metastases of known and unknown origin. We applied two different statistical models for class prediction to obtain CUP’s most probable TOOs. Specifically, we used the shrunken centroids using PAMR (Prediction Analysis of Microarrays for R) and the least absolute shrinkage and selection operator (LASSO) models. The molecular test was successfully applied to FFPE samples and provided a site-of-origin identification within one-week from the biopsy procedure. The most frequently predicted origins were gastrointestinal, pancreas, breast and lung. The assay was applied to multiple metastases from the same CUP, collected from different metastatic sites: the molecular prediction revealed an impressive agreement in site-of-origin prediction, intrinsically validating our assay. The final prediction was compared with the clinico-pathological hypothesis of primary site. Moreover, a panel of 14 miRNAs proved to have prognostic value and being associated with overall survival. Our study demonstrated that miRNA expression profiling in CUP samples could be employed as diagnostic and prognostic test. Our molecular analysis can be performed on-request, concomitantly with standard diagnostic workup and in association with genetic profiling, to offer valuable indication about the possible primary site, thereby supporting treatment decisions.

Background/Objectives: Small-cell lung cancer (SCLC) is a highly aggressive malignancy with an emerging molecular classification based on the expression of the transcription factors ASCL1, NEUROD1, and POU2F3. This study aimed to explore the relationship between these novel subtypes and the tumor immune microenvironment (TIME), particularly CD8+ and CD4+ tumor-infiltrating lymphocytes (TILs). Methods: In 51 cases of patients with SCLC, immunohistochemical (IHC) stains for ASCL1, NEUROD1, POU2F3, CD56, Ki67, CD8, and CD4 were performed. H-scores for the novel transcription factors were calculated to determine tumor subtype. CD8+ and CD4+ TIL counts were averaged across 10 high-power fields. The Kruskal–Wallis test and subsequent post hoc Dunn tests were used to determine the differences in transcription factor expression and TILs across subtypes. Results: In our cohort, 68.62% of our cases were SCLC-A, 9.80% were SCLC-N, 7.84% were SCLC-P, and 13.72% were SCLC-I. Significant differences were observed in the expression of ASCL1, NEUROD1, and POU2F3 across subtypes. CD8+ TILs were more abundant in SCLC-P and SCLC-I. CD8+ TILs were negatively correlated with ASCL1 expression (p < 0.05) and positively correlated with POU2F3 expression (p < 0.005). Conclusions: This study highlights the need to integrate the novel SCLC classification with data regarding the TIME to better inform patient prognosis and treatment.

Introduction: Side by side with tooth decay, periodontitis remains one of the most common oral diseases and is increasingly recognized as a serious public health concern worldwide. Objectives: The present study aims at comparing the levels of 5 specific miRNAs (miR-29b-3p, miR-34a-5p, miR-155-5p, miR-181a-5p, and miR-192-5p) in patients with periodontal disease and healthy controls. Methods: The pathogenic mechanism is related to the activation of immune response and significant alteration of coding and noncoding genes, including miRNA. The study includes 50 subjects (17 with periodontal disease and 33 healthy controls) with a mean age of 45.3 y. In both periodontitis patients and healthy controls, a panel of 5 miRNAs (miR-29b-3p, miR-34a-5p, miR-155-5p, miR-181a-5p, and miR-192-5p) is examined by determining their expression levels with quantitative reverse transcription polymerase chain reaction. Results: The periodontitis patients express high levels of all the investigated miRNAs. Receiver operating characteristic curve analysis shows an area under the curve (AUC) of 0.69 to 0.74 for individual transcripts with the highest AUC value observed for miR-192, followed by miR-181a. Conclusions: The study indicates that the 5-miRNA panel can be used as biomarker for periodontitis. In this way, all implantology procedures and treatment options for patients diagnosed with periodontitis can be improved for better long-term results, predictability, and follow-up frequency. Knowledge Transfer Statement: The discovery of a miRNA panel as a potential biomarker for periodontitis offers major opportunities for practical application. Our study can improve diagnostic accuracy; researchers can develop new theories on molecular mechanisms and biomarker discovery.

Non-coding RNAs have been commanding increasingly greater attention in recent years as the few that have been functionalized to date play important roles in key cellular processes. Here we show that N-BLR, a ~900 bp non-coding RNA, modulates the epithelial-to-mesenchymal transition, increases colorectal cancer invasion, and functions as a migration enabler by affecting the expression of ZEB1 and E-cadherin. In patients with colorectal cancer, N-BLR expression associates with tumor stage and invasion potential. As N-BLR contains several instances of a category of DNA motifs known as pyknons, we also designed a custom-made array to investigate the possibility that other pyknon loci may be transcribed. For several of the loci probed by the array we found that the corresponding pyknons are differentially expressed between cancer and normal tissue samples. Taken together the data suggest that a systematic study of other pyknon-containing non-coding RNAs like N-BLR may be warranted in the context of colorectal cancer.

Summary Acute myeloid leukaemia is a neoplasia in need of new treatment approaches. PARP inhibitors are a class of targeted therapeutics for cancer that disrupts dysfunctional DNA damage response in various neoplasia. MLL-AF9 mutated leukaemias are sensitive to combinations of PARP inhibitors and cytotoxic drugs. Moreover, DNMT3A and NPM1 mutations are linked to dysfunctions in DNA damage response. Therefore, we investigated if DNMT3A-NPM1 mutated AML cell line is sensible to PARP inhibitors combined with anthracyclines. Our results show that DNMT3A-NPM1 mutated AML is as sensible to combinations of PARP inhibitors and anthracyclines as MLL-AF9 mutated leukaemias, in an in vitro setting.