YB
Yung‐Tsi Bolon
Author with expertise in Regulatory T Cell Development and Function
Achievements
This user has not unlocked any achievements yet.
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
7
(43% Open Access)
Cited by:
3
h-index:
13
/
i10-index:
15
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Current trends and outcomes in cellular therapy activity in the United States, including prospective Patient Reported Outcomes data collection within the CIBMTR registry

Rachel Cusatis et al.Jun 27, 2024
The Center for International Blood and Marrow Transplant Research (CIBMTR) prepares an annual set of summary slides to summarize the trends in transplantation and cellular therapies. For the first time in the 2023 summary slides, the CIBMTR incorporated data for patients receiving chimeric antigen receptor T cell (CAR-T) infusions. In addition, data on patient-reported outcomes (PROs) are included. This report aims to update the annual trends in US hematopoietic cell transplantation (HCT) activity and incorporate data on the use of CAR-T therapies. A second aim is to present and describe the development, implementation, and current status of PRO data collection. In August 2020, the CIBMTR launched the Protocol for Collection of Patient-Reported Outcomes Data (CIBMTR PRO Protocol). The CIBMTR PRO Protocol operates under a centralized infrastructure to reduce the burden to centers. Specifically, PRO data are collected from a prospective convenience sample of adult HCT and CAR-T recipients who received treatment at contributing centers and consented for research. Data are merged and stored with the clinical data and used under the governance of the CIBMTR Research Database Protocol. Participants answer a series of surveys developed by the Patient Reported Outcomes Measurement Information System (PROMIS) focusing on physical, social and emotional, and other measures assessing financial well-being, occupational functioning, and social determinants of health. To complement traditionally measured clinical outcomes, the surveys are administered at the same time points at which clinical data are routinely collected. As of September 2023, PRO data have been collected from 993 patients across 25 different centers. With the goal of incorporating these important patient perspectives into standard clinical care, the CIBMTR has added the PRO data to Data Back to Centers (DBtC). Through expanding the data types represented in the registry, the CIBMTR aims to support holistic research accounting for the patients' perspective in improving patient outcomes. CIBMTR PRO data aim to provide a foundation for future large-scale, population-level evaluations to identify areas for improvement, emerging disparities in access and health outcomes (eg, by age, race, and ethnicity), and new therapies that may impact current treatment guidelines. Continuing to collect and grow the PRO data is critical for understanding these changes and identifying methods for improving patients' quality of life.
0
Citation2
0
Save
0

Histoimmunogenetics Markup Language 1.0: Reporting Next Generation Sequencing-based HLA and KIR Genotyping

Robert Milius et al.Feb 6, 2015
We present an electronic format for exchanging data for HLA and KIR genotyping with extensions for next-generation sequencing (NGS). This format addresses NGS data exchange by refining the Histoimmunogenetics Markup Language (HML) to conform to the proposed Minimum Information for Reporting Immunogenomic NGS Genotyping (MIRING) reporting guidelines (miring.immunogenomics.org). Our refinements of HML include two major additions. First, NGS is supported by new XML structures to capture additional NGS data and metadata required to produce a genotyping result, including analysis-dependent (dynamic) and method-dependent (static) components. A full genotype, consensus sequence, and the surrounding metadata are included directly, while the raw sequence reads and platform documentation are externally referenced. Second, genotype ambiguity is fully represented by integrating Genotype List Strings, which use a hierarchical set of delimiters to represent allele and genotype ambiguity in a complete and accurate fashion. HML also continues to enable the transmission of legacy methods (e.g. site-specific oligonucleotide, sequence-specific priming, and sequence based typing (SBT)), adding features such as allowing multiple group-specific sequencing primers, and fully leveraging techniques that combine multiple methods to obtain a single result, such as SBT integrated with NGS.
0
Citation1
0
Save
0

Hemophagocytic Lymphohistiocytosis Gene Variants in Severe Aplastic Anemia and Their Impact on Hematopoietic Cell Transplantation Outcomes

Maryam Rafati et al.May 27, 2024
Germline genetic testing for patients with severe aplastic anemia (SAA) is recommended to guide treatment, including the use of immunosuppressive therapy and/or adjustment of hematopoietic cell transplantation (HCT) modalities. Hemophagocytic lymphohistiocytosis (HLH) is a life threatening hyperinflammatory condition often associated with cytopenias with autosomal recessive (AR) or X-linked recessive (XLR) inheritance. HLH is part of the SAA differential diagnosis and genetic testing may identify variants in HLH genes in patients with SAA. The impact of pathogenic/likely pathogenic (P/LP) variants in HLH genes on HCT outcomes in SAA is unclear. We aimed to determine the frequency of HLH gene variants in a large cohort of patients with acquired SAA and to evaluate their association(s) with HCT outcomes. The Transplant Outcomes in Aplastic Anemia project, a collaboration between the National Cancer Institute and the Center for International Blood and Marrow Transplant Research, consists of genomic and clinical data from 824 patients who underwent HCT for SAA between 1989 and 2015. We excluded 140 patients with inherited bone marrow failure syndromes and used exome sequencing data from the remaining 684 patients with acquired SAA to identify P/LP variants in 14 HLH-associated genes (11 AR, 3 XLR) curated using ACMG/AMP criteria. Deleterious variants of uncertain significance (del-VUS) were defined as those not meeting ACMG/AMP P/LP criteria but with damaging predictions in ≥3/5 meta-predictors (BayesDel, REVEL, CADD, MetaSVM and/or EIGEN). Kaplan-Meier estimator was used to calculate the probability of overall survival (OS) after HCT, and cumulative incidence calculator was used for other HCT outcomes accounting for relevant competing risks. There were 46 HLH variants in 49 patients (7.2%; N total=684). Seventeen variants in 19 patients (2.8%) were P/LP; 8 of these were loss of function variants. Among 19 patients with P/LP HLH variants, 16 (84%) had monoallelic variants in genes with AR inheritance, and three had variants in XLR genes. PRF1 was the most frequently affected gene (8/19 patients). We found no statistically significant differences in transplant-related factors between patients with and without P/LP HLH variants. The 5-year survival probabilities were 89% (95% CI=72-99), and 70% (95% CI=53-85%) in patients with P/LP and del-VUS HLH variants, respectively, as compared with 66% (95% CI=62-70) in those without variants (p-log-rank=0.16). The median time to neutrophil engraftment was 16 days for patients with P/LP HLH variants versus 18 days in those with del-VUS or without variants, combined (p-Gray's test=0.01). No statistically significant associations between P/LP HLH variants and the risk of acute or chronic graft-versus-host disease were noted. In this large cohort of acquired SAA, we found that 2.8% of patients harbor a P/LP variant in an HLH gene. No negative effect on post-HCT survival was noted with HLH gene variants. The small number of patients with P/LP HLH variants limit the study ability to provide conclusive evidence. Yet, our data suggest no need for special transplant considerations for patients with SAA carrying P/LP variants.