We report the identification of a novel polyomavirus present in respiratory secretions from human patients with symptoms of acute respiratory tract infection. The virus was initially detected in a nasopharyngeal aspirate from a 3-year-old child from Australia diagnosed with pneumonia. A random library was generated from nucleic acids extracted from the nasopharyngeal aspirate and analyzed by high throughput DNA sequencing. Multiple DNA fragments were cloned that possessed limited homology to known polyomaviruses. We subsequently sequenced the entire virus genome of 5,229 bp, henceforth referred to as WU virus, and found it to have genomic features characteristic of the family Polyomaviridae. The genome was predicted to encode small T antigen, large T antigen, and three capsid proteins: VP1, VP2, and VP3. Phylogenetic analysis clearly revealed that the WU virus was divergent from all known polyomaviruses. Screening of 2,135 patients with acute respiratory tract infections in Brisbane, Queensland, Australia, and St. Louis, Missouri, United States, using WU virus–specific PCR primers resulted in the detection of 43 additional specimens that contained WU virus. The presence of multiple instances of the virus in two continents suggests that this virus is geographically widespread in the human population and raises the possibility that the WU virus may be a human pathogen.

Our purposes were to determine the incidence of BK viruria, viremia or nephropathy with tacrolimus (FK506) versus cyclosporine (CyA) and whether intensive monitoring and discontinuation of mycophenolate (MMF) or azathioprine (AZA), upon detection of BK viremia, could prevent BK nephropathy. We randomized 200 adult renal transplant recipients to FK506 (n = 134) or CyA (n = 66). Urine and blood were collected weekly for 16 weeks and at months 5, 6, 9 and 12 and analyzed for BK by polymerase chain reaction (PCR). By 1 year, 70 patients (35%) developed viruria and 23 (11.5%) viremia; neither were affected independently by FK506, CyA, MMF or AZA. Viruria was highest with FK506-MMF (46%) and lowest with CyA-MMF (13%), p = 0.005. Viruria >/= 9.5 log(10) copies/mL was associated with a 3-fold increased risk of viremia and a 13-fold increased risk of sustained viremia. After reduction of immunosuppression, viremia resolved in 95%, without increased acute rejection, allograft dysfunction or graft loss. No BK nephropathy was observed. Choice of calcineurin inhibitor or adjuvant immunosuppression, independently, did not affect BK viruria or viremia. Viruria was highest with FK506-MMF and lowest with CyA-MMF. Monitoring and preemptive withdrawal of immunosuppression were associated with resolution of viremia and absence of BK nephropathy without acute rejection or graft loss.

The treatment of symptomatic congenital cytomegalovirus (CMV) disease with intravenous ganciclovir for 6 weeks has been shown to improve audiologic outcomes at 6 months, but the benefits wane over time.

Human ehrlichiosis is a recently recognized tick-borne infection. Four species infect humans: Ehrlichia chaffeensis, E. sennetsu, E. canis, and the agent of human granulocytic ehrlichiosis.

Journal Article An Outbreak of Respiratory Syncytial Virus in a Bone Marrow Transplant Center Get access Robert D. Harrington, Robert D. Harrington Search for other works by this author on: Oxford Academic PubMed Google Scholar Thomas M. Hooton, Thomas M. Hooton Search for other works by this author on: Oxford Academic PubMed Google Scholar Robert C. Hackman, Robert C. Hackman Search for other works by this author on: Oxford Academic PubMed Google Scholar Gregory A. Storch, Gregory A. Storch Search for other works by this author on: Oxford Academic PubMed Google Scholar Barbara Osborne, Barbara Osborne Search for other works by this author on: Oxford Academic PubMed Google Scholar Curt A. Gleaves, Curt A. Gleaves Search for other works by this author on: Oxford Academic PubMed Google Scholar Ann Benson, Ann Benson Search for other works by this author on: Oxford Academic PubMed Google Scholar Joel D. Meyers Joel D. Meyers Search for other works by this author on: Oxford Academic PubMed Google Scholar The Journal of Infectious Diseases, Volume 165, Issue 6, June 1992, Pages 987–993, https://doi.org/10.1093/infdis/165.6.987 Published: 01 June 1992 Article history Received: 21 October 1991 Revision received: 05 February 1992 Published: 01 June 1992

As we enter the second quarter of the COVID-19 pandemic, with testing for severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS–CoV-2) increasingly available (though still limited and/or slow in some areas), we are faced with new questions and challenges regarding this novel virus. When to test? Whom to test? What to test? How often to test? And, what to do with test results? Since SARS–CoV-2 is a new virus, there is little evidence to fall back on for test utilization and diagnostic stewardship (1). Several points need to be considered to begin answering of these questions; specifically, what types of tests are available and under which circumstances are they useful? This understanding can help guide the use of testing at the local, regional, state, and national levels and inform those assessing the supply chain to ensure that needed testing is and continues to be available. Here, we explain the types of tests available and how they might be useful in the face of a rapidly changing and never-before-experienced situation. There are two broad categories of SARS–CoV-2 tests: those that detect the virus itself and those that detect the host’s response to the virus. Each will be considered separately.

A current controversy is whether patients with sepsis progress to an immunosuppressed state. We hypothesized that reactivation of latent viruses occurred with prolonged sepsis thereby providing evidence of clinically-relevant immunosuppression and potentially providing a means to serially-monitor patients' immune status. Secondly, if viral loads are markedly elevated, they may contribute to morbidity and mortality. This study determined if reactivation of herpesviruses, polyomaviruses, and the anellovirus TTV occurred in sepsis and correlated with severity. Serial whole blood and plasma samples from 560 critically-ill septic, 161 critically-ill non-septic, and 164 healthy age-matched patients were analyzed by quantitative-polymerase-chain-reaction for cytomegalovirus (CMV), Epstein-Barr (EBV), herpes-simplex (HSV), human herpes virus-6 (HHV-6), and TTV. Polyomaviruses BK and JC were quantitated in urine. Detectable virus was analyzed with respect to secondary fungal and opportunistic bacterial infections, ICU duration, severity of illness, and survival. Patients with protracted sepsis had markedly increased frequency of detectable virus. Cumulative viral DNA detection rates in blood were: CMV (24.2%), EBV (53.2%), HSV (14.1%), HHV-6 (10.4%), and TTV (77.5%). 42.7% of septic patients had presence of two or more viruses. The 50% detection rate for herpesviruses was 5–8 days after sepsis onset. A small subgroup of septic patients had markedly elevated viral loads (>104–106 DNA copies/ml blood) for CMV, EBV, and HSV. Excluding TTV, DNAemia was uncommon in critically-ill non-septic patients and in age-matched healthy controls. Compared to septic patients without DNAemia, septic patients with viremia had increased fungal and opportunistic bacterial infections. Patients with detectable CMV in plasma had higher 90-day mortality compared to CMV-negative patients; p<0.05. Reactivation of latent viruses is common with prolonged sepsis, with frequencies similar to those occurring in transplant patients on immunosuppressive therapy and consistent with development of an immunosuppressive state. Whether reactivated latent viruses contribute to morbidity and mortality in sepsis remains unknown.

Prophylaxis reduces cytomegalovirus (CMV) disease, but is associated with increased costs and risks for side effects, viral resistance and late onset CMV disease. Preemptive therapy avoids drug costs but requires frequent monitoring and may not prevent complications of asymptomatic CMV replication. Kidney transplant recipients at risk for CMV (D+/R-, D+/R+, D-/R+) were randomized to prophylaxis (valganciclovir 900 mg q.d. for 100 days, n = 49) or preemptive therapy (900 mg b.i.d. for 21 days, n = 49) for CMV DNAemia (CMV DNA level >2000 copies/mL in ≥ 1 whole blood specimens by quantitative PCR) assessed weekly for 16 weeks and at 5, 6, 9 and 12 months. More patients in the preemptive group, 29 (59%) than in the prophylaxis group, 14 (29%) developed CMV DNAemia, p = 0.004. Late onset of CMV DNAemia (>100 days after transplant) occurred in 11 (24%) randomized to prophylaxis, and none randomized to preemptive therapy. Symptomatic infection occurred in five patients, four (3 D+/R- and 1 D+/R+) in the prophylactic group and one (D+/R-) in the preemptive group. Peak CMV levels were highest in the D+/R- patients. Both strategies were effective in preventing symptomatic CMV. Overall costs were similar and insensitive to wide fluctuations in costs of either monitoring or drug. Prophylaxis reduces cytomegalovirus (CMV) disease, but is associated with increased costs and risks for side effects, viral resistance and late onset CMV disease. Preemptive therapy avoids drug costs but requires frequent monitoring and may not prevent complications of asymptomatic CMV replication. Kidney transplant recipients at risk for CMV (D+/R-, D+/R+, D-/R+) were randomized to prophylaxis (valganciclovir 900 mg q.d. for 100 days, n = 49) or preemptive therapy (900 mg b.i.d. for 21 days, n = 49) for CMV DNAemia (CMV DNA level >2000 copies/mL in ≥ 1 whole blood specimens by quantitative PCR) assessed weekly for 16 weeks and at 5, 6, 9 and 12 months. More patients in the preemptive group, 29 (59%) than in the prophylaxis group, 14 (29%) developed CMV DNAemia, p = 0.004. Late onset of CMV DNAemia (>100 days after transplant) occurred in 11 (24%) randomized to prophylaxis, and none randomized to preemptive therapy. Symptomatic infection occurred in five patients, four (3 D+/R- and 1 D+/R+) in the prophylactic group and one (D+/R-) in the preemptive group. Peak CMV levels were highest in the D+/R- patients. Both strategies were effective in preventing symptomatic CMV. Overall costs were similar and insensitive to wide fluctuations in costs of either monitoring or drug.

Poor neurodevelopmental outcomes and recurrences of cutaneous lesions remain unacceptably frequent among survivors of neonatal herpes simplex virus (HSV) disease.We enrolled neonates with HSV disease in two parallel, identical, double-blind, placebo-controlled studies. Neonates with central nervous system (CNS) involvement were enrolled in one study, and neonates with skin, eye, and mouth involvement only were enrolled in the other. After completing a regimen of 14 to 21 days of parenteral acyclovir, the infants were randomly assigned to immediate acyclovir suppression (300 mg per square meter of body-surface area per dose orally, three times daily for 6 months) or placebo. Cutaneous recurrences were treated with open-label episodic therapy.A total of 74 neonates were enrolled--45 with CNS involvement and 29 with skin, eye, and mouth disease. The Mental Development Index of the Bayley Scales of Infant Development (in which scores range from 50 to 150, with a mean of 100 and with higher scores indicating better neurodevelopmental outcomes) was assessed in 28 of the 45 infants with CNS involvement (62%) at 12 months of age. After adjustment for covariates, infants with CNS involvement who had been randomly assigned to acyclovir suppression had significantly higher mean Bayley mental-development scores at 12 months than did infants randomly assigned to placebo (88.24 vs. 68.12, P=0.046). Overall, there was a trend toward more neutropenia in the acyclovir group than in the placebo group (P=0.09).Infants surviving neonatal HSV disease with CNS involvement had improved neurodevelopmental outcomes when they received suppressive therapy with oral acyclovir for 6 months. (Funded by the National Institute of Allergy and Infectious Diseases; CASG 103 and CASG 104 ClinicalTrials.gov numbers, NCT00031460 and NCT00031447, respectively.).

Metagenomic shotgun sequencing (MSS) is an important tool for characterizing viral populations. It is culture independent, requires no a priori knowledge of the viruses in the sample, and may provide useful genomic information. However, MSS can lack sensitivity and may yield insufficient data for detailed analysis. We have created a targeted sequence capture panel, ViroCap, designed to enrich nucleic acid from DNA and RNA viruses from 34 families that infect vertebrate hosts. A computational approach condensed ∼1 billion bp of viral reference sequence into <200 million bp of unique, representative sequence suitable for targeted sequence capture. We compared the effectiveness of detecting viruses in standard MSS versus MSS following targeted sequence capture. First, we analyzed two sets of samples, one derived from samples submitted to a diagnostic virology laboratory and one derived from samples collected in a study of fever in children. We detected 14 and 18 viruses in the two sets, comprising 19 genera from 10 families, with dramatic enhancement of genome representation following capture enrichment. The median fold-increases in percentage viral reads post-capture were 674 and 296. Median breadth of coverage increased from 2.1% to 83.2% post-capture in the first set and from 2.0% to 75.6% in the second set. Next, we analyzed samples containing a set of diverse anellovirus sequences and demonstrated that ViroCap could be used to detect viral sequences with up to 58% variation from the references used to select capture probes. ViroCap substantially enhances MSS for a comprehensive set of viruses and has utility for research and clinical applications.