Therapies for perianal fistulas in patients with Crohn's disease are often ineffective in producing long-term healing. We performed a randomized placebo-controlled trial to determine the long-term efficacy and safety of a single local administration of allogeneic expanded adipose-derived stem cells (Cx601) in patients with Crohn's disease and perianal fistulas.We performed a double-blind study at 49 hospitals in Europe and Israel, comprising 212 patients with Crohn's disease and treatment-refractory, draining, complex perianal fistulas. Patients were randomly assigned (1:1) to groups given a single local injection of 120 million Cx601 cells or placebo (control), in addition to the standard of care. Efficacy endpoints evaluated in the modified intention-to-treat population (randomly assigned, treated, and with 1 or more post-baseline efficacy assessment) at week 52 included combined remission (closure of all treated external openings draining at baseline with absence of collections >2 cm, confirmed by magnetic resonance imaging) and clinical remission (absence of draining fistulas).The study's primary endpoint, at week 24, was previously reported (combined remission in 51.5% of patients given Cx601 vs 35.6% of controls, for a difference of 15.8 percentage points; 97.5% confidence interval [CI] 0.5-31.2; P = .021). At week 52, a significantly greater proportion of patients given Cx601 achieved combined remission (56.3%) vs controls (38.6%) (a difference of 17.7 percentage points; 95% CI 4.2-31.2; P = .010), and clinical remission (59.2% vs 41.6% of controls, for a difference of 17.6 percentage points; 95% CI 4.1-31.1; P = .013). Safety was maintained throughout week 52; adverse events occurred in 76.7% of patients in the Cx601 group and 72.5% of patients in the control group.In a phase 3 trial of patients with Crohn's disease and treatment-refractory complex perianal fistulas, we found Cx601 to be safe and effective in closing external openings, compared with placebo, after 1 year. ClinicalTrials.gov no: NCT01541579.

Antibiotic resistance in bacterial pathogens represents a growing threat to modern medicine. Limitation of lengthy and broad-spectrum antibacterial treatment regimens is generally recommended. Nevertheless, some conditions may require prolonged antibiotic treatment. The effects of such treatments on bacterial communities, specifically their resistome, is yet unknown. Here, we followed a unique cohort of patients with ulcerative colitis who underwent total large bowel resection and the formation of an ileal pouch from their normal small bowel. The majority of these patients tend to develop inflammation of this previously normal small bowel, known as "pouchitis". Pouchitis is commonly treated with repeated or prolonged courses of broad-spectrum antibiotics. By using metagenomics of faecal samples obtained longitudinally from patients treated with antibiotics for prolonged periods, we hereby show that the majority of their gut commensal bacteria develop antibiotic resistance by point-mutations. In addition, some bacterial species had acquired multidrug resistance loci with genes that confer resistance to the drug used in the treatment (ciprofloxacin) but co-localized with genes encoding extended-spectrum β-lactamases and other resistance-conferring enzymes. We further show that bacterial density in faecal samples is only modestly reduced despite the long-term antibiotic treatment, thereby questioning the current rationale that antibiotic efficacy in treating pouch inflammation is due to the reduction of bacterial load. This study reveals the impact and dynamics of prolonged antibiotic treatment on human gut microbiomes and provides insights that may guide the development of future IBD therapies. It also provides novel insights into bacterial community recovery after cessation of such prolonged treatment, and highlights the increased risk of spreading mobile antibiotic resistance.