This study explored the theory of medical enterprise management and big data. Based on the Delphi method, two rounds of expert opinions were consulted on the capability of a health care enterprise big data application index system covering 11 dimensions, 46 first-level indicators and 111 second-level indicators. The index system includes two categories of input and capacity. The input category includes five dimensions: human resources, material resources, financial resources, government policies, and social service system or social environment. The capabilities category includes six dimensions: data integration capabilities, service capabilities, data analysis capabilities, information security, profitability, and innovation capabilities. This index system aims to appraise the application capability of big data scientifically and systematically, and fills the gaps of such research in China so far, which has positive significance for further research in the future.