Abstract Esophageal squamous cell carcinoma (ESCA) exhibits high intratumoral molecular heterogeneity posing a challenge to cancer therapy. Immune checkpoint blockade therapy has been approved for this disease, but with modest results. RNA-Seq data from paired tumor and surrounding nonmalignant tissue from 14 patients diagnosed with ESCA without previous treatment and from The Cancer Genome Atlas-ESCA cohort were analyzed. Herein, we investigated ESCA immune landscape including mutation-derived neoantigens and immune cell subpopulations. Tumor-associated antigen expression was determined by in silico analyses and confirmed by immunohistochemistry showing that PRAME, CEACAM4, and MAGEA11 proteins are expressed on tumors. Immune checkpoint molecules gene expression was higher in the tumor compared with surrounding nonmalignant tissue, but its expression varies greatly among patients. TCR repertoire and BCR transcripts analysis evidenced low clonal diversity with one TCR clone predicted to be specific for a MAGEA11-derived peptide. A high number of B-cell clones infiltrating the tumors and the abundance of these cells in tertiary lymphoid structures observed in ESCA tumors support B cells as a potential immune modulator in this tumor.

Abstract Oral Lichen Planus (OLP) is a chronic inflammatory disorder of unknown etiology. However, evidence suggests that it consists of an immunological process that leads to degeneration of the keratinocytes in the basal layer of the oral mucosa. Despite being recognized by WHO as a potentially malignant disorder with progression to oral squamous cell carcinoma (OSCC), the relationship between both pathologies is still controversial. Different studies have investigated factors associated with the potential for malignant transformation of OLP but it remains unclear. Through a bioinformatics approach, we investigated similarities in gene expression profiles of OLP and OSCC in early and advanced stages. Our results revealed gene expression patterns related to processes of keratinization, keratinocyte differentiation, cell proliferation and immune response in common between OLP and early and advanced OSCC, with the cornified envelope formation and antigen processing cross-presentation pathways in common between OLP and early OSCC. Together, these results reveal that key genes such as PI3, SPRR1B and KRT17 , in addition to genes associated with different immune processes such as CXCL-13, HIF1A and IL1B may be involved in this oncogenic process. In addition, we performed an analysis of differentially and co-expressed genes and proposed putative therapeutic targets and associated drugs.

Endometrial cancer (EC) is the most common pelvic gynecologic malignancy in developed countries, and its incidence is also increasing in developing countries. Endometrioid endometrial carcinoma (EEC) is the most frequent subtype. EEC is often associated with favorable clinicopathological features and a good prognosis, especially when diagnosed in stage I. Although some patients have no signs to predict locally advanced or metastatic disease, they may present tumor relapse in the future. There is no biomarker capable of predicting the relapse of stage I EEC. The present study applied a transcriptome analysis to identify differentially expressed genes in stage I EEC, comparing relapsed with non-relapsed tumors. The estrogen receptor 1 gene (ESR1) was overexpressed in EEC stage I samples from patients who developed relapse by 4.3-fold compared to non-relapsed tumors. Subsequently, an independent set of 64 stage I EEC samples was used to validate ESR1 gene overexpression in relapsed tumors and assess estrogen receptor alpha (ERα) protein levels. ESR1 was confirmed to be overexpressed in samples from relapsed tumors, and its expression level was an independent prognostic variable for disease-free (hazard ratio=7.25) and overall survival (hazard ratio=5.15). In contrast, Erα did not show different values between relapsed and non-relapsed tumors. We concluded that ESR1 overexpression is a biomarker for poor prognosis in stage I EEC.

V-ATPases are hetero-oligomeric enzymes consisting of 14 subunits and playing key roles in ion homeostasis and signaling. Differential expressions of these proton pumps have been implicated in carcinogenesis and metastasis. To elucidate putative molecular signatures underlying these phenomena, we evaluated the V-ATPase genes expression in Esophageal Squamous Cell Carcinoma (ESCC) using gene expression microarray data and extended the analysis to other cancers the Oncomine database. Among all differentially expressed genes, those encoding the V-ATPase C isoforms exhibited striking expression patterns validated by qRT-PCR in paired ESCC samples and respective normal surrounding tissues. Structural modeling of C2a isoform uncovered motifs for oncogenic kinases in an additional peptide stretch, and an actin-biding domain downstream to this sequence. This study reveals multi-cancer molecular signatures in the V-ATPase structure and establishes that the expression ratios of its subunits/isoforms could form a conformational code that controls the pump regulation and interactions related to tumorigenic events.