Objective

 Pulsatile and nonpulsatile left ventricular assist devices are effective in managing congestive heart failure. Despite early evidence for clinical efficacy, the long-term impact of nonpulsatile flow on end-organ function remains to be determined. Our goal was to compare rates of gastrointestinal bleeding in nonpulsatile and pulsatile device recipients. 

Methods

 In a retrospective review of 101 left ventricular assist device recipients (55 nonpulsatile, 46 pulsatile) from October 31, 2003, to June 1, 2007, at a single center, gastrointestinal bleeding was defined as guaiac-positive stool with hemoglobin drop requiring transfusion of at least 2 units of packed red blood cells. To assess bleeding risk outside the initial postoperative course, any patients with a device in place for 15 days or less was excluded. 

Results

 Twelve nonpulsatile and 3 pulsatile left ventricular assist device recipients had gastrointestinal bleeding 16 days or longer after device implantation. The event rates were 63 events/100 patient-years for nonpulsatile devices and 6.8 events/100 patient-years for pulsatile devices (P = .0004). This difference persisted for bleeding occurring 31 days or longer after device implantation, with 46.5 events/100 patient-years for nonpulsatile devices versus 4.7 events/100 patient-years for pulsatile devices (P = .0028). Mortalities were similar between groups (15% nonpulsatile vs 17% pulsatile, P = .6965). 

Conclusion

 Patients with nonpulsatile left ventricular assist devices appear to have a higher rate of gastrointestinal bleeding events than do pulsatile left ventricular assist device recipients. Further prospective evaluation is needed to determine potential etiologies and strategies for reducing gastrointestinal bleeding in this population.

Abstract The process of crop breeding over the last century has delivered new varieties with increased genetic gains, resulting in higher crop performance and yield. However in many cases, the underlying alleles and genomic regions that have underpinned this success remain unknown. This is due, in part, to the difficulty in generating sufficient phenotypic data on large numbers of historical varieties to allow such analyses to be undertaken. Here we demonstrate the ability to circumvent such bottlenecks by identifying genomic regions selected over 100 years of crop breeding using the age of a variety as a surrogate for yield. Using ‘environmental genome-wide association scans’ (EnvGWAS) on variety age in two of the world’s most important crops, wheat and barley, we found strong signals of selection across the genomes of our target crops. EnvGWAS identified 16 genomic regions in barley and 10 in wheat with contrasting patterns between spring and winter types of the two crops. To further examine changes in genome structure in wheat and barley over the past century, we used the same genotypic data to derive eigenvectors for deployment in EigenGWAS. This resulted in the detection of seven major chromosomal introgressions that contributed to adaptation in wheat. The deployment of both EigenGWAS and EnvGWAS based on variety age avoids costly phenotyping and will facilitate the identification of genomic tracts that have been under selection during plant breeding in underutilized historical cultivar collections. Our results not only demonstrate the potential of using historical cultivar collections coupled with genomic data to identify chromosomal regions that have been under selection but to also guide future plant breeding strategies to maximise the rate of genetic gain and adaptation in crop improvement programs. Significance Statement 100 years of plant breeding have greatly improved crop adaptation, resilience, and productivity. Generating the trait data required for these studies is prohibitively expensive and can be impossible on large historical traits. This study reports using variety age and eigenvectors of the genomic relationship matrix as surrogate traits in GWAS to locate the genomic regions that have undergone selection during varietal development in wheat and barley. In several cases these were confirmed as associated with yield and other selected traits. The success and the simplicity of the approach means it can easily be extended to other crops with a recent recorded history of plant breeding and available genomic resources.

This study contributes new knowledge on quantitative trait loci (QTLs) and candidate genes for adaptive traits and yield in two-rowed spring barley. A meta-analysis of a network of field trials, varying in latitude and sowing date, with 151 cultivars across several European countries, increased QTL detection power compared to single-trial analyses. The traits analysed were heading date (HD), plant height (PH), thousand-grain weight (TGW), and grain yield (GY). Breaking down the analysis by the main genotype-by-environment trends revealed QTLs and candidate genes specific to conditions like sowing date and latitude. A historical look on the evolution of QTL frequencies revealed that early selection focused on PH and TGW, likely due to their high heritability. GY selection occurred later, facilitated by reduced variance in other traits. The study observed that favourable alleles for plant height were often fixed before those for grain yield and TGW. Some regions showed linkage in repulsion, suggesting targets for future breeding. Several candidate genes were identified, including known genes and new candidates based on orthology with rice. Remarkably, the deficiens allele of gene Vrs1 , appears associated to higher GY. These findings provide valuable insights for barley breeders aiming to improve yield, and other agronomic traits.

A targeted high-throughput sequencing (HTS) panel test for clinical diagnostics requires careful consideration of the inclusion of appropriate diagnostic-grade genes, the ability to detect multiple types of genomic variation with high levels of analytic sensitivity and reproducibility, and variant interpretation by a multi-disciplinary team (MDT) in the context of the clinical phenotype. We have sequenced 2,390 index patients using the ThromboGenomics HTS panel test of diagnostic-grade genes known to harbour variants associated with rare bleeding, thrombotic or platelet disorders (BPD). The diagnostic rate was determined by the clinical phenotype, with an overall rate of 50.4% for all thrombotic, coagulation, platelet count and function disorder patients and a rate of 6.2% for patients with unexplained bleeding disorders characterized by normal hemostasis test results. The MDT classified 756 unique variants, including copy number and intronic variants, as Pathogenic, Likely Pathogenic or Variants of Uncertain Significance. Almost half (49.7%) of these variants are novel and 41 unique variants were identified in 7 genes recently found to be implicated in BPD. Inspection of canonical hemostasis pathways identified 29 patients with evidence of oligogenic inheritance. A molecular diagnosis has been reported for 897 index patients providing evidence that introducing a HTS genetic test for BPD patients is meeting an important unmet clinical need.