Richard Houlston, Melissa Bondy and colleagues identify variants at five loci associated with glioma susceptibility, providing insights into the etiology of this primary brain tumor. The risk loci include common variants near TERT, CDKN2A-CDKN2B and RTEL1. To identify risk variants for glioma, we conducted a meta-analysis of two genome-wide association studies by genotyping 550K tagging SNPs in a total of 1,878 cases and 3,670 controls, with validation in three additional independent series totaling 2,545 cases and 2,953 controls. We identified five risk loci for glioma at 5p15.33 (rs2736100, TERT; P = 1.50 × 10−17), 8q24.21 (rs4295627, CCDC26; P = 2.34 × 10−18), 9p21.3 (rs4977756, CDKN2A-CDKN2B; P = 7.24 × 10−15), 20q13.33 (rs6010620, RTEL1; P = 2.52 × 10−12) and 11q23.3 (rs498872, PHLDB1; P = 1.07 × 10−8). These data show that common low-penetrance susceptibility alleles contribute to the risk of developing glioma and provide insight into disease causation of this primary brain tumor.

Breast cancer patients with tumors that are estrogen receptor (ER)-positive and/or progesterone receptor (PR)-positive have lower risks of mortality after their diagnosis compared to women with ER- and/or PR-negative disease. However, few studies have evaluated variations in the risks of breast cancer-specific mortality across ER/PR status by either demographic or clinical characteristics.Using data from 11 population-based cancer registries that participate in the SEER (Surveillance, Epidemiology, and End Results) program, 155,175 women at least 30 years old with a primary diagnosis of invasive breast carcinoma from 1990 to 2001 were included in the study. Associations between joint hormone receptor status and breast cancer mortality risk within categories of diagnosis age, diagnosis year, race/ethnicity, histologic tumor type, stage, grade, size, and axillary lymph node status were evaluated using the Cox proportional hazards model.Compared to ER+/PR+ cases, elevations in risk of mortality were observed across all subcategories of age at diagnosis, ranging from 1.2- to 1.5-fold differences for ER+/PR- cases, 1.5- to 2.1-fold differences for ER-/PR+ cases, and 2.1- to 2.6-fold differences for ER-/PR- cases. Greater differences were observed in analyses stratified by grade; among women with low-grade lesions, ER-/PR- patients had a 2.6-fold (95% confidence interval [CI] 1.7 to 3.9) to 3.1-fold (95% CI 2.8 to 3.4) increased risk of mortality compared to ER+/PR+ patients, but among women with high-grade lesions, they had a 2.1-fold (95% CI 1.9 to 2.2) to 2.3-fold (95% CI 1.8 to 2.8) increased risk.Compared to women with ER+/PR+ tumors, women with ER+/PR-, ER-/PR+, or ER-/PR- tumors experienced higher risks of mortality, which were largely independent of the various demographic and clinical tumor characteristics assessed in this study. The higher relative mortality risks identified among ER-/PR- patients with small or low-grade tumors raise the question of whether there may be a beneficial role for adjuvant chemotherapy in this population.

Case reports and the results of a recent case-control study have raised questions about the potential neoplastic effects of medications used as treatment for infertility.

Common variation on 14q24.1, close to RAD51B, has been associated with breast cancer: rs999737 and rs2588809 with the risk of female breast cancer and rs1314913 with the risk of male breast cancer. The aim of this study was to investigate the role of RAD51B variants in breast cancer predisposition, particularly in the context of familial breast cancer in Finland. We sequenced the coding region of RAD51B in 168 Finnish breast cancer patients from the Helsinki region for identification of possible recurrent founder mutations. In addition, we studied the known rs999737, rs2588809, and rs1314913 SNPs and RAD51B haplotypes in 44,791 breast cancer cases and 43,583 controls from 40 studies participating in the Breast Cancer Association Consortium (BCAC) that were genotyped on a custom chip (iCOGS). We identified one putatively pathogenic missense mutation c.541C>T among the Finnish cancer patients and subsequently genotyped the mutation in additional breast cancer cases (n = 5259) and population controls (n = 3586) from Finland and Belarus. No significant association with breast cancer risk was seen in the meta-analysis of the Finnish datasets or in the large BCAC dataset. The association with previously identified risk variants rs999737, rs2588809, and rs1314913 was replicated among all breast cancer cases and also among familial cases in the BCAC dataset. The most significant association was observed for the haplotype carrying the risk-alleles of all the three SNPs both among all cases (odds ratio (OR): 1.15, 95% confidence interval (CI): 1.11-1.19, P = 8.88 x 10-16) and among familial cases (OR: 1.24, 95% CI: 1.16-1.32, P = 6.19 x 10-11), compared to the haplotype with the respective protective alleles. Our results suggest that loss-of-function mutations in RAD51B are rare, but common variation at the RAD51B region is significantly associated with familial breast cancer risk.

Stig Bojesen, Georgia Chenevix-Trench, Alison Dunning and colleagues report common variants at the TERT-CLPTM1L locus associated with mean telomere length measured in whole blood. They also identify associations at this locus to breast or ovarian cancer susceptibility and report functional studies in breast and ovarian cancer tissue and cell lines. TERT-locus SNPs and leukocyte telomere measures are reportedly associated with risks of multiple cancers. Using the Illumina custom genotyping array iCOGs, we analyzed ∼480 SNPs at the TERT locus in breast (n = 103,991), ovarian (n = 39,774) and BRCA1 mutation carrier (n = 11,705) cancer cases and controls. Leukocyte telomere measurements were also available for 53,724 participants. Most associations cluster into three independent peaks. The minor allele at the peak 1 SNP rs2736108 associates with longer telomeres (P = 5.8 × 10−7), lower risks for estrogen receptor (ER)-negative (P = 1.0 × 10−8) and BRCA1 mutation carrier (P = 1.1 × 10−5) breast cancers and altered promoter assay signal. The minor allele at the peak 2 SNP rs7705526 associates with longer telomeres (P = 2.3 × 10−14), higher risk of low-malignant-potential ovarian cancer (P = 1.3 × 10−15) and greater promoter activity. The minor alleles at the peak 3 SNPs rs10069690 and rs2242652 increase ER-negative (P = 1.2 × 10−12) and BRCA1 mutation carrier (P = 1.6 × 10−14) breast and invasive ovarian (P = 1.3 × 10−11) cancer risks but not via altered telomere length. The cancer risk alleles of rs2242652 and rs10069690, respectively, increase silencing and generate a truncated TERT splice variant.

Data for multiple common susceptibility alleles for breast cancer may be combined to identify women at different levels of breast cancer risk. Such stratification could guide preventive and screening strategies. However, empirical evidence for genetic risk stratification is lacking. We investigated the value of using 77 breast cancer-associated single nucleotide polymorphisms (SNPs) for risk stratification, in a study of 33 673 breast cancer cases and 33 381 control women of European origin. We tested all possible pair-wise multiplicative interactions and constructed a 77-SNP polygenic risk score (PRS) for breast cancer overall and by estrogen receptor (ER) status. Absolute risks of breast cancer by PRS were derived from relative risk estimates and UK incidence and mortality rates. There was no strong evidence for departure from a multiplicative model for any SNP pair. Women in the highest 1% of the PRS had a three-fold increased risk of developing breast cancer compared with women in the middle quintile (odds ratio [OR] = 3.36, 95% confidence interval [CI] = 2.95 to 3.83). The ORs for ER-positive and ER-negative disease were 3.73 (95% CI = 3.24 to 4.30) and 2.80 (95% CI = 2.26 to 3.46), respectively. Lifetime risk of breast cancer for women in the lowest and highest quintiles of the PRS were 5.2% and 16.6% for a woman without family history, and 8.6% and 24.4% for a woman with a first-degree family history of breast cancer. The PRS stratifies breast cancer risk in women both with and without a family history of breast cancer. The observed level of risk discrimination could inform targeted screening and prevention strategies. Further discrimination may be achievable through combining the PRS with lifestyle/environmental factors, although these were not considered in this report.

Beatrice Melin, Richard Houlston, Melissa Bondy and colleagues report results of a large-scale genome-wide association study of glioma. They identify five new risk loci for glioblastoma and eight new risk loci for non-glioblastoma tumors, highlighting distinct genetic etiologies for these two glioma subtypes. Genome-wide association studies (GWAS) have transformed our understanding of glioma susceptibility, but individual studies have had limited power to identify risk loci. We performed a meta-analysis of existing GWAS and two new GWAS, which totaled 12,496 cases and 18,190 controls. We identified five new loci for glioblastoma (GBM) at 1p31.3 (rs12752552; P = 2.04 × 10−9, odds ratio (OR) = 1.22), 11q14.1 (rs11233250; P = 9.95 × 10−10, OR = 1.24), 16p13.3 (rs2562152; P = 1.93 × 10−8, OR = 1.21), 16q12.1 (rs10852606; P = 1.29 × 10−11, OR = 1.18) and 22q13.1 (rs2235573; P = 1.76 × 10−10, OR = 1.15), as well as eight loci for non-GBM tumors at 1q32.1 (rs4252707; P = 3.34 × 10−9, OR = 1.19), 1q44 (rs12076373; P = 2.63 × 10−10, OR = 1.23), 2q33.3 (rs7572263; P = 2.18 × 10−10, OR = 1.20), 3p14.1 (rs11706832; P = 7.66 × 10−9, OR = 1.15), 10q24.33 (rs11598018; P = 3.39 × 10−8, OR = 1.14), 11q21 (rs7107785; P = 3.87 × 10−10, OR = 1.16), 14q12 (rs10131032; P = 5.07 × 10−11, OR = 1.33) and 16p13.3 (rs3751667; P = 2.61 × 10−9, OR = 1.18). These data substantiate that genetic susceptibility to GBM and non-GBM tumors are highly distinct, which likely reflects different etiology.

Turner syndrome is characterized by complete or partial X chromosome monosomy. It is associated with substantial morbidity, but mortality risks and causes of death are not well described.Our objective was to investigate mortality and causes of death in women with Turner syndrome.We constructed a cohort of women diagnosed with Turner syndrome at almost all cytogenetic centers in Great Britain and followed them for mortality.A total of 3,439 women diagnosed between 1959-2002 were followed to the end of 2006.Standardized mortality ratios (SMRs) and absolute excess risks were evaluated.In total, 296 deaths occurred. Mortality was significantly raised overall [SMR = 3.0; 95% confidence interval (CI) = 2.7-3.4] and was raised for nearly all major causes of death. Circulatory disease accounted for 41% of excess mortality, with greatest SMRs for aortic aneurysm (SMR = 23.6; 95% CI = 13.8-37.8) and aortic valve disease (SMR = 17.9; 95% CI = 4.9-46.0), but SMRs were also raised for other circulatory conditions. Other major contributors to raised mortality included congenital cardiac anomalies, diabetes, epilepsy, liver disease, noninfectious enteritis and colitis, renal and ureteric disease, and pneumonia. Absolute excess risks of death were considerably greater at older than younger ages.Mortality in women with Turner syndrome is 3-fold higher than in the general population, is raised for almost all major causes of death, and is raised at all ages, with the greatest excess mortality in older adulthood. These risks need consideration in follow-up and counseling of patients and add to reasons for continued follow-up and preventive measures in adult, not just pediatric, care.

Importance

 The association between increasing body mass index (BMI; calculated as weight in kilograms divided by height in meters squared) and risk of breast cancer is unique in cancer epidemiology in that a crossover effect exists, with risk reduction before and risk increase after menopause. The inverse association with premenopausal breast cancer risk is poorly characterized but might be important in the understanding of breast cancer causation. 

Objective

 To investigate the association of BMI with premenopausal breast cancer risk, in particular by age at BMI, attained age, risk factors for breast cancer, and tumor characteristics. 

Design, Setting, and Participants

 This multicenter analysis used pooled individual-level data from 758 592 premenopausal women from 19 prospective cohorts to estimate hazard ratios (HRs) of premenopausal breast cancer in association with BMI from ages 18 through 54 years using Cox proportional hazards regression analysis. Median follow-up was 9.3 years (interquartile range, 4.9-13.5 years) per participant, with 13 082 incident cases of breast cancer. Participants were recruited from January 1, 1963, through December 31, 2013, and data were analyzed from September 1, 2013, through December 31, 2017. 

Exposures

 Body mass index at ages 18 to 24, 25 to 34, 35 to 44, and 45 to 54 years. 

Main Outcomes and Measures

 Invasive or in situ premenopausal breast cancer. 

Results

 Among the 758 592 premenopausal women (median age, 40.6 years; interquartile range, 35.2-45.5 years) included in the analysis, inverse linear associations of BMI with breast cancer risk were found that were stronger for BMI at ages 18 to 24 years (HR per 5 kg/m²[5.0-U] difference, 0.77; 95% CI, 0.73-0.80) than for BMI at ages 45 to 54 years (HR per 5.0-U difference, 0.88; 95% CI, 0.86-0.91). The inverse associations were observed even among nonoverweight women. There was a 4.2-fold risk gradient between the highest and lowest BMI categories (BMI≥35.0 vs <17.0) at ages 18 to 24 years (HR, 0.24; 95% CI, 0.14-0.40). Hazard ratios did not appreciably vary by attained age or between strata of other breast cancer risk factors. Associations were stronger for estrogen receptor–positive and/or progesterone receptor–positive than for hormone receptor–negative breast cancer for BMI at every age group (eg, for BMI at age 18 to 24 years: HR per 5.0-U difference for estrogen receptor–positive and progesterone receptor–positive tumors, 0.76 [95% CI, 0.70-0.81] vs hormone receptor–negative tumors, 0.85 [95% CI: 0.76-0.95]); BMI at ages 25 to 54 years was not consistently associated with triple-negative or hormone receptor–negative breast cancer overall. 

Conclusions and Relevance

 The results of this study suggest that increased adiposity is associated with a reduced risk of premenopausal breast cancer at a greater magnitude than previously shown and across the entire distribution of BMI. The strongest associations of risk were observed for BMI in early adulthood. Understanding the biological mechanisms underlying these associations could have important preventive potential.

Genome-wide association studies have identified several common genetic variants associated with breast cancer risk. It is likely, however, that a substantial proportion of such loci have not yet been discovered. We compared 296 114 tagging single-nucleotide polymorphisms in 1694 breast cancer case subjects (92% with two primary cancers or at least two affected first-degree relatives) and 2365 control subjects, with validation in three independent series totaling 11 880 case subjects and 12 487 control subjects. Odds ratios (ORs) and associated 95% confidence intervals (CIs) in each stage and all stages combined were calculated using unconditional logistic regression. Heterogeneity was evaluated with Cochran Q and I 2 statistics. All statistical tests were two-sided. We identified a novel risk locus for breast cancer at 9q31.2 (rs865686: OR = 0.89, 95% CI = 0.85 to 0.92, P = 1.75 × 10−10). This single-nucleotide polymorphism maps to a gene desert, the nearest genes being Kruppel-like factor 4 (KLF4, 636 kb centromeric), RAD23 homolog B (RAD23B, 794 kb centromeric), and actin-like 7A (ACTL7A, 736 kb telomeric). We also identified two variants (rs3734805 and rs9383938) mapping to 6q25.1 estrogen receptor 1 (ESR1), which were associated with breast cancer in subjects of northern European ancestry (rs3734805: OR = 1.19, 95% CI = 1.11 to 1.27, P = 1.35 × 10−7; rs9383938: OR = 1.18, 95% CI = 1.11 to 1.26, P = 1.41 × 10−7). A variant mapping to 10q26.13, approximately 300 kb telomeric to the established risk locus within the second intron of FGFR2, was also associated with breast cancer risk, although not at genome-wide statistical significance (rs10510102: OR = 1.12, 95% CI = 1.07 to 1.17, P = 1.58 × 10−6). These findings provide further evidence on the role of genetic variation in the etiology of breast cancer. Fine mapping will be needed to identify causal variants and to determine their functional effects.