Healthy Research Rewards
ResearchHub is incentivizing healthy research behavior. At this time, first authors of open access papers are eligible for rewards. Visit the publications tab to view your eligible publications.
Got it
KL
Kaosheng Lv
Author with expertise in RNA Methylation and Modification in Gene Expression
Achievements
This user has not unlocked any achievements yet.
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
3
(33% Open Access)
Cited by:
0
h-index:
13
/
i10-index:
13
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
1

Control of Ribosomal RNA Synthesis by Hematopoietic Transcription Factors

Charles Antony et al.Jan 22, 2022
SUMMARY Ribosomal RNAs (rRNAs) are the most abundant cellular RNAs, and their synthesis from rDNA repeats by RNA Polymerase I accounts for the bulk of all transcription. Despite substantial variation in rRNA transcription rates across cell types, little is known about cell-type-specific factors that bind rDNA and regulate rRNA transcription to meet tissue-specific needs. Using hematopoiesis as a model system, we mapped about 2200 ChIP-Seq datasets for 250 transcription factors (TFs) and chromatin proteins to human and mouse rDNA, and identified robust binding of multiple TF families to canonical TF motifs on rDNA. Using a 47S-FISH-Flow assay developed for nascent rRNA quantification, we demonstrated that targeted degradation of CEBPA (C/EBP alpha), a critical hematopoietic TF with conserved rDNA binding, caused rapid reduction in rRNA transcription due to reduced Pol I occupancy. Our work identifies numerous potential rRNA regulators, and provides a template for dissection of TF roles in rRNA transcription. HIGHLIGHTS Multiple cell-type-specific transcription factors (TFs) bind canonical motifs on rDNA. The hematopoietic TF CEBPA binds to active rDNA alleles at a conserved site. CEBPA promotes Polymerase I occupancy and rRNA transcription in myeloid progenitors. We present â€˜47S-FISH-Flow,’ a sensitive assay to quantify nascent rRNA.