Introduction To date, for all non-small cell lung cancer (NSCLC) cases, it is recommended to test for driver alterations to identify actionable therapeutic targets. In this light, comprehensive genomic profiling (CGP) with next generation sequencing (NGS) has progressively gained increasing importance in clinical practice. Here, with the aim of assessing the distribution and the real-world frequency of gene alterations and their correlation with patient characteristics, we present the outcomes obtained using FoundationOne (F1CDx) and FoundationLiquid CDx (F1L/F1LCDx) NGS-based profiling in a nationwide initiative for advanced NSCLC patients. Methods F1CDx (324 genes) was used for tissue samples, and F1L (70 genes) or F1LCDx (324 genes) for liquid biopsy, aiming to explore the real-world occurrence of molecular alterations in aNSCLC and their relationship with patients’ characteristics. Results Overall, 232 advanced NSCLC patients from 11 Institutions were gathered [median age 63 years; never/former or current smokers 29.3/65.9%; adenocarcinoma/squamous 79.3/12.5%; F1CDx/F1L+F1LCDx 59.5/40.5%]. Alterations were found in 170 different genes. Median number of mutated genes per sample was 4 (IQR 3–6) and 2 (IQR 1–3) in the F1CDx and F1L/F1LCDx cohorts, respectively. TP53 (58%), KRAS (22%), CDKN2A/B (19%), and STK11 (17%) alterations were the most frequently detected. Actionability rates (tier I and II) were comparable: 36.2% F1CDx vs. 34% ctDNA NGS assays (29.5% and 40.9% F1L and F1LCDx, respectively). Alterations in KEAP1 were significantly associated with STK11 and KRAS , so as TP53 with RB1 . Median tumor mutational burden was 6 (IQR 3–10) and was significantly higher in smokers. Median OS from metastatic diagnosis was 23 months (IQR 18.5–19.5) and significantly lower in patients harboring ≥3 gene mutations. Conditional three-year survival probabilities increased over time for patients profiled at initial diagnosis and exceeded those of individuals tested later in their clinical history after 12 months. Conclusion This study confirms that NGS-based molecular profiling of aNSCLC on tissue or blood samples offers valuable predictive and prognostic insights.

e15599 Background: Colorectal cancer (CRC) is the second most common cause of cancer death in the United State. Despite advancements in screening, diagnosis, and treatment, the disease remains a formidable public health issue. In 2023, approximately 153020 individuals were diagnosed with CRC and 52550 will die from the disease. In order to meet early diagnostic, we developed this multiomics assay to enable clinical triage for liquid biopsy screening. Methods: Xenonucleic acid (XNAs) are artificial genetic polymers that retain the Watson-Crick base-pairing capability and exhibit high chemical and biological stability. They can be employed as molecular clamps in RT-qPCR due to the stronger hybridizing/binding capability seen in XNA/DNA duplexes than DNA/DNA duplexes. We are developing an XNA-based multiplex RT-qPCR assay for APC, BRAF, CTNNB1, KRAS, NRAS, PIK3CA, SMAD4 and TP53 gene mutation panel and CRC 9 genes methylation panel combined with multiplex protein panel, called Coloscape TM Plus. We enrolled in FIT positive subjects of both genders, aged 50-74, attending the CRC screening program, we tested 152 plasma samples, 75 health, 50 AA and 27 early CRC with this multiomics assay. Results: The assay results showed that its sensitivity was about 44% (95% CI: 0.302- 0.587) and specificity about 80% (95%CI: 0.689- 0.880) for advanced adenoma (AA). For CRC stage I and II, its sensitivity is about 63% and 78% with 80% specificity separately. Conclusions: The primary data has shown that this low cost and rapid turnaround time multiomics assay has a comparable sensitivity for early colorectal cancer diagnostic.

ABSTRACT Early ascertainment of metastatic tumour phases is crucial to improve cancer survival, formulate an accurate prognostic report of disease advancement and, most important, quantify the metastatic progression and malignancy state of primary cancer cells with a universal numerical indexing system. This work proposes an early improvement of cancer detection with 97 nm spatial resolution by indexing the metastatic cancer phases from the analysis of atomic force microscopy images of human colorectal cancer histological sections. The procedure applies variograms of residuals of Gaussian filtering and theta statistics of colorectal cancer tissue image settings. The methodology elucidates the early metastatic progression at the nanoscale level by setting metastatic indexes and critical thresholds from relatively large histological sections and categorising the malignancy state of a few suspicious cells not identified with optical image analysis. In addition, we sought to detect early tiny morphological differentiations indicating potential cell transition from epithelial cell phenotypes of low to high metastatic potential. The metastatic differentiation, also identified by higher moments of variograms, sets different hierarchical levels for the metastatic progression dynamic, potentially impacting therapeutic cancer protocols.

Background: A comparison of the operations of Clinical Cancer Centers and Comprehensive Cancer Centers across Europe provides novel data on the interrelation between different factors in care delivery. Method: The analysis is based on a survey of key dimensions in care delivery, comparing routine treatment, advanced technology integration, research participation, and innovation adoption across the two types of centers. Results: Clinical Cancer Centers excel in providing routine cancer treatment through multidisciplinary teams but struggle with advanced technology integration and research participation. In contrast, Comprehensive Cancer Centers offer robust infrastructure and focus on research, advanced diagnostics, and innovative therapies, yet they face challenges in fully integrating these technologies into patient care. Conclusion: Collaboration between the two types of centers could enhance overall cancer care effectiveness, leveraging the routine efficiency of Clinical Centers and the innovative capabilities of Comprehensive Centers. By addressing gaps in technology adoption, supportive care integration, and research involvement, a more holistic cancer care network can be established, ensuring that patients across Europe access both foundational care and the latest therapeutic options.