Abstract Microbial hitchhiking demonstrates that some nonmotile microbes utilize trans-species motility to traverse their environment; however, whether driving forces, such as plants and nitrogen, affect microbial hitchhiking is not clear. In our study, we explored the effects of plants and nitrogen fertilizer on Bacillus -hitchhiking by setting filter membranes and different nitrogen fertilizer concentration gradients. In the experimental treatment, we added a filter membrane to the soil to prevent hitchhiking. In the absence of plants, nitrogen alone had little influence on motile bacteria and hitchhiking. However, Bacillus contents were significantly impacted by the nitrogen concentration when the plants were rooted, leading to a great variation in cell motility function according to the functional analysis in the soil microbial community. After applying the filter membrane, there were no significant differences in Bacillus contents, microbial community structure or cell motility functional abundance, which illustrated that hitchhiking impacted the microbial community. Our analysis of co-occurrence between bulk soil motile bacteria ( Bacillus ) and rhizosphere bacteria also confirmed this. The correlation between bulk soil motile bacteria and the rhizosphere microbial community was strong in the groups with suitable nitrogen concentrations without filter membranes and was weak at all nitrogen levels in the no-membrane treatments. Thus, we concluded that plants and different nitrogen doses synergistically altered the soil microbiome by hitchhiking, whose effect depends on nitrogen.