ABSTRACT Shigella sonnei , the main cause of bacillary dysentery in high-income countries, has become increasingly resistant to antibiotics. We monitored the antimicrobial susceptibility of 7,121 S. sonnei isolates collected in France between 2005 and 2021. We identified a dramatic increase in the proportion of extensively drug-resistant (XDR) isolates (i.e., simultaneously resistant to ciprofloxacin, third-generation cephalosporins and azithromycin), to 22.3% of all S. sonnei isolates in 2021. Our genomic analysis identified 13 different clusters of XDR isolates descended from a ciprofloxacin-resistant sublineage originating from South Asia. The 164 XDR isolates detected were resistant to azithromycin, principally through a pKSR100-like plasmid, and to third-generation cephalosporins through various genes and plasmids. This rapid emergence of XDR S. sonnei in different transmission networks, particularly among men who have sex with men, is a matter of concern, and good laboratory-based surveillance of Shigella infections will be crucial for informed decision-making and appropriate public health action.

ABSTRACT The laboratory surveillance of bacillary dysentery is based on a standardised Shigella typing scheme that classifies Shigella strains into four serogroups and more than 50 serotypes on the basis of biochemical tests and lipopolysaccharide O-antigen serotyping. Real-time genomic surveillance of Shigella infections has been implemented in several countries, but without the use of a standardised typing scheme. We studied over 4,000 reference strains and clinical isolates of Shigella , covering all serotypes, with both the current serotyping scheme and the standardised EnteroBase core-genome multilocus sequence typing scheme (cgMLST). The Shigella genomes were grouped into eight phylogenetically distinct clusters, within the E. coli species. The cgMLST hierarchical clustering (HC) analysis at different levels of resolution (HC2000 to HC400) recognised the natural groupings for Shigella . By contrast, the serotyping scheme was affected by horizontal gene transfer, leading to a conflation of genetically unrelated Shigella strains and a separation of genetically related strains. The use of this cgMLST scheme will enhance the laboratory surveillance of Shigella infections.