ZC
Zhixin Chai
Author with expertise in Genomic Selection in Plant and Animal Breeding
Achievements
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
4
(75% Open Access)
Cited by:
0
h-index:
15
/
i10-index:
21
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
1

pCMLM: Genome Wide Association Study of Body Size Traits in Multiple Regions of Yak Based on the Provided Compressed Mixed Linear Model

Xinrui Liu et al.Sep 27, 2022
Abstract Objective Yak is a unique large animal species living in the Qinghai-Tibet Plateau and the surrounding Hengduan Mountains, and has evolved several regional variety resources due to the special geographical and ecological environment in which it lives. Therefore, it is of great importance to investigate the genetic composition of body size traits among breeds in multiple regions for yak breeding and production. Method A genome-wide association analysis was performed on 94 yak individuals (a total of 31 variety resources) for five body size traits (body height, body weight, body length, chest circumference, and circumference of cannon bone). The individuals were clustered following known population habitat. The kinship of grouping individuals was used in the CMLM. This provided compressed mixed linear model was named pCMLM method. Result Total of 3,584,464 high-quality SNP markers were obtained on 30 chromosomes. Principal component analysis using the whole SNPs do not accurately classify all populations into multiple subpopulations, a result that is not the same as the population habitat. Six SNP loci were identified in the pCMLM-based GWAS with statistically significant correlation with body height, and four candidate genes ( FXYD6, SOHLH2, ADGRB2 , and OSBPL6 ), which in the vicinity of the variant loci, were screened and annotated. Two of these genes, ADGRB2 and OSBPL6 , are involved in biological regulatory processes such as body height regulation, adipocyte proliferation and differentiation. Conclusion Based on the previous population information, the pCMLM can provide more sufficient associated results when the conventional CMLM can not catch optimum clustering groups. The fundamental information for quantitative trait gene localization or candidate gene cloning in the mechanism of yak body size trait formation.
1

Integrative Analysis of Phenomic, Genomic, and Transcriptomic to Identify Potential Functional Genes of Yaks in Plain and Plateau

Jiabo Wang et al.Nov 30, 2020
Abstract Background The yak is an important source of livelihood for the people living in the Qinghai-Tibet Plateau. Most genetics detection studies have focused on the comparison between different tissues of different breeds, both living in the Plateau and in the plains. The genetic background and complex regulatory relationship have frequently puzzled researchers. In this study, we divided a population of 10 yaks into two subgroups, namely Plateau (living in the Plateau) and Plain (living in the plains). Phenomic, genomic, and transcriptomic analyses were used to reveal the molecular genetic type in the body weight, slaughter, and beef quality of yaks. Results We found a significant difference (P <0.01) between the third (60 days), fourth (90 days), fifth (120 days), and sixth (150 days) weights of Plateau and plain subpopulations. The difference in body weight was due to differences in kidney weight, meat weight, fur weight, and head weight. However, the beef quality was not significantly different. We identified 540 Differentially Expressed Genes (DEGs). Using weighted gene co-expression network analysis (WGCNA), we have constructed a co-express network, and the modules were strongly related to traits. In the genome-wide association studies (GWAS), we detected significant 156, 52, 33, 15, and 3 signals in the meat weight, head weight, fur weight, liver weight, and the last body weight traits. Based on the epigenome-wide association studies (eWAS) results, we created a link relationship between the DEGs expression level and genotype. Conclusion In summary, our study demonstrated the effectiveness and representative of multidimensional data from a finite number of yak populations. The study highlights the underlying way, as well as a related network, to yield new information on genome genetics and pathogen-host interactions of both the living Plateau and plain yak populations.