Small interfering RNA (siRNA) holds therapeutic promise for silencing dominantly acting disease genes, particularly if mutant alleles can be targeted selectively. In mammalian cell models we demonstrate that allele-specific silencing of disease genes with siRNA can be achieved by targeting either a linked single-nucleotide polymorphism (SNP) or the disease mutation directly. For a polyglutamine neurodegenerative disorder in which we first determined that selective targeting of the disease-causing CAG repeat is not possible, we took advantage of an associated SNP to generate siRNA that exclusively silenced the mutant Machado–Joseph disease/spinocerebellar ataxia type 3 allele while sparing expression of the WT allele. Allele-specific suppression was accomplished with all three approaches currently used to deliver siRNA: in vitro -synthesized duplexes as well as plasmid and viral expression of short hairpin RNA. We further optimized siRNA to specifically target a missense Tau mutation, V337M, that causes frontotemporal dementia. These studies establish that siRNA can be engineered to silence disease genes differing by a single nucleotide and highlight a key role for SNPs in extending the utility of siRNA in dominantly inherited disorders.

Abstract Background Primary familial brain calcification (PFBC) is a monogenic disorder characterized by bilateral calcifications in the brain. The genetic basis remains unknown in over half of the PFBC patients, indicating the existence of additional novel causative genes. NAA60 was a recently reported novel causative gene for PFBC. Objective The aim was to identify the probable novel causative gene in an autosomal recessive inherited PFBC family. Methods We performed a comprehensive genetic study on a consanguineous Chinese family with 3 siblings diagnosed with PFBC. We evaluated the effect of the variant in a probable novel causative gene on the protein level using Western blot, immunofluorescence, and coimmunoprecipitation. Possible downstream pathogenic mechanisms were further explored in gene knockout (KO) cell lines and animal models. Results We identified a PFBC co‐segregated homozygous variant of c.460_461del (p.D154Lfs*113) in NAA60 . Functional assays showed that this variant disrupts NAA60 protein localization to Golgi and accelerated protein degradation. The mutant NAA60 protein alters its interaction with the PFBC‐related proteins PiT2 and XPR1, affecting intracellular phosphate homeostasis. Further mass spectrometry analysis in NAA60 KO cell lines revealed decreased expression of multiple brain calcification–associated proteins, including reduced folate carrier (RFC), a folate metabolism–related protein. Conclusions Our study replicated the identification of NAA60 as a novel causative gene for autosomal recessive PFBC, demonstrating our causative variant leads to NAA60 loss of function. The NAA60 loss of function disrupts not only PFBC‐related proteins (eg, PiT2 and XPR1) but also a wide range of other brain calcification–associated membrane protein substrates (eg, RFC), and provided a novel probable pathogenic mechanism for PFBC. © 2024 International Parkinson and Movement Disorder Society.

Increases in de novo lipogenesis that disturb lipid homeostasis and caused lipid accumulation are a major cause of NAFLD and obesity. SREBP1 is a crucial regulatory factor controlling the expression of rate-limiting enzymes of lipid synthesis. A reduction in SREBP1expression can reduce lipid accumulation. Thus, we utilized an SREBP1-luciferase-KI HEK293 cell line constructed by our lab to screen 200 kinds of epigenetic drugs for their ability to downregulate SREBP1expression. BI-7273, an inhibitor of bromodomain-containing protein 9 (BRD9), was screened and found to decrease SREBP1 expression. What is more, BI-7273 has been confirmed that it could reduce lipid accumulation in HepG2 cells by BODIPY staining, and significantly decrease the protein expression of SREBP1 and FASN. To explore the potential mechanism BI-7273 reducing lipid accumulation, RNA sequencing (RNA-seq) was performed and demonstrated that BI-7273 reduced lipid accumulation by downregulating the AKT/mTOR/SREBP1 pathway in vitro. Finally, these results were verified in NAFLD and obesity mouse model induced by high fat diet (HFD). The results indicated that BI-7273 could decrease mouse body weight and improve insulin sensitivity, but also exhibited a strong negative correlation with serum lipid levels, and also demonstrated that BI-7273 reduced lipid accumulation via AKT/mTOR/SREBP1 pathway in vivo. In conclusion, our results revealed that BI-7273 decreases lipid accumulation by downregulating the AKT/mTOR/SREBP1 pathway in vivo and in vitro. This is the first report demonstrating the protective effect of this BRD9 inhibitor against NAFLD and obesity. BRD9 may be a novel target for the discovery of effective drugs to treat lipid metabolism disorders.

Abstract FAM76B has been reported to be a nuclear speckle localized protein with unknown function. In this study, FAM76B was first demonstrated to inhibit the NF-κB-mediated inflammatory pathway by affecting the translocation of hnRNPA2B1 in vitro. We further showed that FAM76B suppressed inflammation by regulating the NF-κB pathway in vivo using a traumatic brain injury (TBI) model in FAM76B knockout mice. Lastly, FAM76B was shown to interact with hnRNPA2B1 in human tissues taken from patients with acute, organizing, and chronic TBI, and with different neurodegenerative diseases. The results suggested that FAM76B mediates neuroinflammation by influencing the translocation of hnRNPA2B1 in vivo during TBI repair and neurodegenerative diseases. In summary, we for the first time demonstrated the role of FAM76B in regulating inflammation and further showed that FAM76B could regulate the NF-κB-mediated inflammatory pathway by affecting hnRNPA2B1 translocation, which provides new information for studying the mechanism of inflammation regulation.

The pentanucleotide (TTTCA) repeat expansion (exp) insertion, along with the accompanying (TTTTA)exp, causes familial cortical myoclonic tremor with epilepsy (FCMTE). The genotype-phenotype correlations and intergenerational instabilities related to (TTTCA)exp and (TTTTA)exp are still unclear.