Abstract Diffuse large B cell lymphoma (DLBCL) is an aggressive malignancy that accounts for nearly 40% of all lymphoid tumors. This heterogeneous disease can be divided into germinal center B cell‐like (GCB) and activated B cell‐like (ABC) subtypes by gene expression and immunohistochemical profiling. Using microarray analysis on prototypic cell lines, we identified microRNAs ( miR‐155 , miR‐21 and miR‐221 ) that were more highly expressed in ABC‐type than GCB‐type cell lines. These microRNAs were over‐expressed in de novo DLBCL ( n = 35), transformed DLBCL ( n = 14) and follicular center lymphoma cases ( n = 27) compared to normal B cells. Consistent with the cell line model, expression levels were higher in DLBCL cases with an ABC‐type immunophenotype than those that were GCB‐type ( p < 0.05). Moreover, using multivariate analysis we found that expression of miR‐21 was an independent prognostic indicator in de novo DLBCL ( p < 0.05). Interestingly, expression levels of both miR‐155 and miR‐21 were also higher in nonmalignant ABC than in GCB cells. As we also demonstrate that expression of microRNAs can be measured reliably from routine paraffin‐embedded biopsies of more than 8‐years‐old ( p < 0.001), we suggest that microRNAs could be clinically useful molecular markers for DLBCL as well as other cancers. © 2007 Wiley‐Liss, Inc.

Producing purified human proteins with high yield and purity remains a considerable challenge. We describe the methods utilized in the Structural Genomics Consortium (SGC) in Oxford, resulting in successful purification of 48% of human proteins attempted; of those, the structures of ∼40% were solved by X-ray crystallography. The main driver has been the parallel processing of multiple (typically 9–20) truncated constructs of each target; modest diversity in vectors and host systems; and standardized purification procedures. We provide method details as well as data on the properties of the constructs leading to crystallized proteins and the impact of methodological variants. These can be used to formulate guidelines for initial approaches to expression of new eukaryotic proteins.

The generation of affinity reagents to large numbers of human proteins depends on the ability to express the target proteins as high-quality antigens. The Structural Genomics Consortium (SGC) focuses on the production and structure determination of human proteins. In a 7-year period, the SGC has deposited crystal structures of >800 human protein domains, and has additionally expressed and purified a similar number of protein domains that have not yet been crystallised. The targets include a diversity of protein domains, with an attempt to provide high coverage of protein families. The family approach provides an excellent basis for characterising the selectivity of affinity reagents. We present a summary of the approaches used to generate purified human proteins or protein domains, a test case demonstrating the ability to rapidly generate new proteins, and an optimisation study on the modification of >70 proteins by biotinylation in vivo. These results provide a unique synergy between large-scale structural projects and the recent efforts to produce a wide coverage of affinity reagents to the human proteome.

Cells reactivate compromised DNA replication forks using enzymes that include DNA helicases for separating DNA strands and remodelling protein-DNA complexes. HelQ helicase promotes replication-coupled DNA repair in mammals in a network of interactions with other proteins. We report newly identified HelQ helicase activities, when acting alone and when interacting with RPA. HelQ helicase was strongly inhibited by a DNA-protein barrier (BamHIE111A), and by an abasic site in the translocating DNA strand. Interaction of HelQ with RPA activated DNA unwinding through the protein barrier, but not through the abasic site. Activation was lost when RPA was replaced with bacterial SSB or DNA binding-defective RPA, RPAARO1. We observed stable HelQ-RPA-DNA ternary complex formation, and present evidence that an intrinsically disordered N-terminal region of HelQ (N-HelQ) interacts with RPA, destabilising RPA-DNA binding. Additionally, SEC-MALS showed that HelQ multimers are converted into catalytically active dimers when ATP-Mg2+ is bound. HelQ and RPA are proposed to jointly promote replication fork recovery by helicase-catalysed displacement of DNA-bound proteins, after HelQ gains access to ssDNA through its N-terminal domain interaction with RPA.