Healthy Research Rewards
ResearchHub is incentivizing healthy research behavior. At this time, first authors of open access papers are eligible for rewards. Visit the publications tab to view your eligible publications.
Got it
BY
Barney Yoo
Author with expertise in Ribosome Structure and Translation Mechanisms
Achievements
Cited Author
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
3
(33% Open Access)
Cited by:
275
h-index:
19
/
i10-index:
30
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

A general LC/MS-based RNA sequencing method for direct analysis of multiple-base modifications in RNA mixtures

Ning Zhang et al.May 20, 2019
A complete understanding of the structural and functional potential of RNA requires understanding of chemical modifications and noncanonical bases; this in turn requires advances in current sequencing methods to be able to sequence not only canonical ribonucleotides, but at the same time directly sequence these nonstandard moieties. Here, we present the first direct and modification type-independent RNA sequencing method via integration of a hydrophobic end-labeling strategy with of 2-D mass-retention time LC/MS analysis to allow de novo sequencing of RNA mixtures and enhance sample usage efficiency. Our method can directly read out the complete sequence, while identifying, locating, and quantifying base modifications accurately in both single and mixed RNA samples containing multiple different modifications at single-base resolution. Our method can also quantify stoichiometry/percentage of modified RNA vs. its canonical counterpart RNA, simulating a real biological sample where modifications exist but may not be 100% at a particular site of the RNA. This method is a critical step towards fully sequencing real complex cellular RNA samples of any type and containing any modification types and can also be used in the quality control of modified therapeutic RNAs.