CZ
Caiming Zhang
Author with expertise in Regulation of Chromatin Structure and Function
Achievements
Cited Author
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
3
(0% Open Access)
Cited by:
562
h-index:
18
/
i10-index:
28
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Chromatin 3D structure reconstruction with consideration of adjacency relationship among genomic loci

Fangzhen Li et al.Aug 20, 2019
Chromatin 3D conformation plays important roles in regulating gene or protein functions. High-throughout chromosome conformation capture (3C)-based technologies, such as Hi-C, have been exploited to acquire the contact frequencies among genomic loci at genome-scale. Various computational tools have been proposed to recover the underlying chromatin 3D structures from in situ Hi-C contact map data. As connected residuals in a polymer, neighboring genomic loci have intrinsic mutual dependencies in building a 3D conformation. However, current methods seldom take this feature into account. We present a method called ShNeigh, which combines the classical MDS technique with local dependence of neighboring loci modelled by a Gaussian formula, to infer the best 3D structure from noisy and incomplete contact frequency matrices. The results obtained on simulations and real Hi-C data showed, while keeping the high-speed nature of classical MDS, ShNeigh is more accurate and robust than existing methods, especially for sparse contact maps. A Matlab implementation of the proposed method is available at https://github.com/fangzhen-li/ShNeigh.