As a canonical adaptor for Toll-like receptor (TLR) family, MyD88 has crucial roles in host defence against infection of microbial pathogens and its dysregulation might induce autoimmune diseases. Here we demonstrate that the Cullin 3-based ubiquitin ligase adaptor SPOP recognizes the intermediate domain and degrades chMyD88 through the proteasome pathway. Knockdown or genetic ablation of chSPOP leads to aberrant elevation of the chMyD88 protein. Consequently, ChSPOP negatively regulates the activity of NF-κB pathway and thus the production of IL-1β and IL-8 upon LPS challenge. Furthermore, SPOP deficiency mice are more susceptible to infection of Salmonella typhimurium. Collectively, these findings demonstrate chMyD88 as a bona fide substrate of chSPOP and uncover a mechanism by which chSPOP suppresses the innate immune signaling.