DS
David Szmulewicz
Author with expertise in Mitochondrial Dynamics and Reactive Oxygen Species Regulation
Achievements
Cited Author
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
4
(25% Open Access)
Cited by:
204
h-index:
22
/
i10-index:
35
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Bioinformatics-Based Identification of Expanded Repeats: A Non-reference Intronic Pentamer Expansion in RFC1 Causes CANVAS

Haloom Rafehi et al.Jun 20, 2019
Genomic technologies such as next-generation sequencing (NGS) are revolutionizing molecular diagnostics and clinical medicine. However, these approaches have proven inefficient at identifying pathogenic repeat expansions. Here, we apply a collection of bioinformatics tools that can be utilized to identify either known or novel expanded repeat sequences in NGS data. We performed genetic studies of a cohort of 35 individuals from 22 families with a clinical diagnosis of cerebellar ataxia with neuropathy and bilateral vestibular areflexia syndrome (CANVAS). Analysis of whole-genome sequence (WGS) data with five independent algorithms identified a recessively inherited intronic repeat expansion [(AAGGG)exp] in the gene encoding Replication Factor C1 (RFC1). This motif, not reported in the reference sequence, localized to an Alu element and replaced the reference (AAAAG)11 short tandem repeat. Genetic analyses confirmed the pathogenic expansion in 18 of 22 CANVAS-affected families and identified a core ancestral haplotype, estimated to have arisen in Europe more than twenty-five thousand years ago. WGS of the four RFC1-negative CANVAS-affected families identified plausible variants in three, with genomic re-diagnosis of SCA3, spastic ataxia of the Charlevoix-Saguenay type, and SCA45. This study identified the genetic basis of CANVAS and demonstrated that these improved bioinformatics tools increase the diagnostic utility of WGS to determine the genetic basis of a heterogeneous group of clinically overlapping neurogenetic disorders.
0
Citation204
0
Save
0

Validation of new bioinformatic tools to identify expanded repeats: a non-reference intronic pentamer expansion in RFC1 causes CANVAS

Haloom Rafehi et al.Apr 4, 2019
Genomic technologies such as Next Generation Sequencing (NGS) are revolutionizing molecular diagnostics and clinical medicine. However, these approaches have proven inefficient at identifying pathogenic repeat expansions. Here, we apply a collection of bioinformatics tools that can be utilized to identify either known or novel expanded repeat sequences in NGS data. We performed genetic studies of a cohort of 35 individuals from 22 families with a clinical diagnosis of cerebellar ataxia with neuropathy and bilateral vestibular areflexia syndrome (CANVAS). Analysis of whole genome sequence (WGS) data with five independent algorithms identified a recessively inherited intronic repeat expansion [(AAGGG)exp] in the gene encoding Replication Factor C1 ( RFC1 ). This motif, not reported in the reference sequence, localized to an Alu element and replaced the reference (AAAAG)[11][1] short tandem repeat. Genetic analyses confirmed the pathogenic expansion in 18 of 22 CANVAS families and identified a core ancestral haplotype, estimated to have arisen in Europe over twenty-five thousand years ago. WGS of the four RFC1 negative CANVAS families identified plausible variants in three, with genomic re-diagnosis of SCA3, spastic ataxia of the Charlevoix-Saguenay type and SCA45. This study identified the genetic basis of CANVAS and demonstrated that these improved bioinformatics tools increase the diagnostic utility of WGS to determine the genetic basis of a heterogeneous group of clinically overlapping neurogenetic disorders. [1]: #ref-11
0

Goal‐Directed Rehabilitation Versus Standard Care for Individuals with Hereditary Cerebellar Ataxia: A Multicenter, Single‐Blind, Randomized Controlled Superiority Trial

Sarah Milne et al.Nov 9, 2024
Objective Rehabilitation is thought to reduce ataxia severity in individuals with hereditary cerebellar ataxia (HCA). This multicenter, randomized controlled superiority trial aimed to examine the efficacy of a 30‐week goal‐directed rehabilitation program compared with 30 weeks of standard care on function, ataxia, health‐related quality of life, and balance in individuals with an HCA. Methods Individuals with an autosomal dominant or recessive ataxia (aged ≥15 years) were enrolled at 5 sites in Australia. Participants were randomized (1:1) to receive rehabilitation (6 weeks of outpatient physiotherapy followed by a 24‐week home exercise program) (n = 39) or continued their usual activity (n = 37). The primary outcome measure was the motor domain of the Functional Independence Measure (mFIM) at 7 weeks. Secondary outcomes included the Scale for the Assessment and Rating of Ataxia (SARA) and the SF‐36v2, assessed at 7, 18, and 30 weeks. Outcome assessors were blinded to treatment allocation. Results Seventy‐one participants (rehabilitation, 37; standard‐care, 34) were included in the intention‐to‐treat analysis. At 7 weeks, mFIM (mean difference 2.26, 95% confidence interval [CI]: 0.26 to 4.26, p = 0.028) and SARA (−1.21, 95% CI: −2.32 to −0.11, p = 0.032) scores improved after rehabilitation compared with standard care. Compared with standard care, rehabilitation improved SARA scores at 30 weeks (mean difference −1.51, 95% CI: −2.76 to −0.27, p = 0.017), but not mFIM scores (1.74, 95% CI: −0.32 to 3.81, p = 0.098). Frequent adverse events in both groups were fatigue, pain, and falls. Interpretation Goal‐directed rehabilitation improved function at 7 weeks, with improvement in ataxia and health‐related quality of life maintained at 30 weeks in individuals with HCA, beyond that of standard care. ANN NEUROL 2024