Background ? Aims The efficacy and safety of lenvatinib ( LEN ) as a second/third-line treatment for unresectable hepatocellular carcinoma (HCC) after sorafenib (SOR) therapy remains unknown. We evaluated the outcomes of second/third-line treatment of LEN, investigated the sensitivity of SOR-resistant HCC cell line (PLC/PRF5-R2) to LEN, and their signal transduction pathway by protein array analysis. Methods We retrospectively enrolled 57 unresectable HCC patients. Radiologic responses in 53 patients were evaluated by modified Response Evaluation Criteria in Solid Tumors. Active signal transduction pathways in cells were identified by protein array analysis, including 1205 proteins. Results Patients comprised 34 tyrosine kinase inhibitor (TKI)-naive (first-line), nine SOR-intolerant (second-line), and ten resistant to regorafenib (third-line). Objective response rates (ORRs) were 61.8% (21/34) in TKI-naive, 33.3% (3/9) in second-line, and 20.0% (2/10) in third-line groups. The overall survival (OS) and the progression free survival (PFS) in the first-line was significantly longer than those in third-line group ( p <0.05). Patients with better liver functional reserve (Child score, ALBI grade) exhibited higher ORR and longer OS. LEN was well-tolerated as second/third-line treatment. The IC 50 value of LEN against PLC/PRF5-R2 cells (30 μM) was significantly higher than that against PLC/PRF5 cells (6.4 μM). LEN inhibited significantly more signal transduction pathways related to FRS2, a crucial FGFR downstream molecule, in PLC/PRF5 than PLC/PRF5-R2 cells. Conclusions LEN was active and safe as a second/third-line treatment for unresectable HCC. LEN seems to be more effective for HCC patients with better hepatic reserve function or before TKI-resistance is acquired because of partial cross-resistance to SOR.