The Ehlers–Danlos syndromes (EDS) are a clinically and genetically heterogeneous group of heritable connective tissue disorders (HCTDs) characterized by joint hypermobility, skin hyperextensibility, and tissue fragility. Over the past two decades, the Villefranche Nosology, which delineated six subtypes, has been widely used as the standard for clinical diagnosis of EDS. For most of these subtypes, mutations had been identified in collagen‐encoding genes, or in genes encoding collagen‐modifying enzymes. Since its publication in 1998, a whole spectrum of novel EDS subtypes has been described, and mutations have been identified in an array of novel genes. The International EDS Consortium proposes a revised EDS classification, which recognizes 13 subtypes. For each of the subtypes, we propose a set of clinical criteria that are suggestive for the diagnosis. However, in view of the vast genetic heterogeneity and phenotypic variability of the EDS subtypes, and the clinical overlap between EDS subtypes, but also with other HCTDs, the definite diagnosis of all EDS subtypes, except for the hypermobile type, relies on molecular confirmation with identification of (a) causative genetic variant(s). We also revised the clinical criteria for hypermobile EDS in order to allow for a better distinction from other joint hypermobility disorders. To satisfy research needs, we also propose a pathogenetic scheme, that regroups EDS subtypes for which the causative proteins function within the same pathway. We hope that the revised International EDS Classification will serve as a new standard for the diagnosis of EDS and will provide a framework for future research purposes. © 2017 Wiley Periodicals, Inc.

The genomics era has facilitated discovery of new genes predisposing to bone marrow failure (BMF) and hematological malignancy (HM). We report the discovery of ERG as a novel autosomal dominant BMF/HM predisposition gene. ERG is a highly constrained transcription factor critical for definitive hematopoiesis, stem cell function and platelet maintenance. ERG colocalizes with other transcription factors including RUNX1 and GATA2 on promoters/enhancers of genes orchestrating hematopoiesis. We identified a rare heterozygous ERG missense variant in 3 thrombocytopenic individuals from one family and 14 additional ERG variants in unrelated individuals with BMF/HM including 2 de novo cases and 3 truncating variants. Phenotypes associated with pathogenic germline ERG variants included cytopenias (thrombocytopenia, neutropenia, pancytopenia) and HMs (acute myeloid leukemia, myelodysplastic syndrome, acute lymphoblastic leukemia) with onset before 40 years. Twenty ERG variants (19 missense, 1 truncating) including 3 missense population variants were functionally characterized. Thirteen potentially pathogenic ETS domain missense variants displayed loss-of-function characteristics disrupting transcriptional transactivation, DNA-binding and/or nuclear localization. Selected variants overexpressed in mouse fetal liver cells failed to drive myeloid differentiation and cytokine-independent growth in culture, and to promote acute erythroleukemia when transplanted into mice, concordant with these variants being loss-of-function. Four individuals displayed somatic genetic rescue by copy neutral loss of heterozygosity. Identification of predisposing germline ERG variants has clinical implications for patient/family diagnosis, counselling, surveillance, and treatment strategies including selection of bone marrow donors or cell/gene therapy.

Motivation: Untargeted metabolomics is an emerging technology in the laboratory diagnosis of inborn errors of metabolism (IEM). In order to judge if metabolite levels are abnormal, analysis of a large number of reference samples is crucial to correct for variations in metabolite concentrations resulting from factors such as diet, age and gender. However, a large number of controls requires the use of out-of-batch controls, which is hampered by the semi-quantitative nature of untargeted metabolomics data, i.e. technical variations between batches. Methods to merge and accurately normalize data from multiple batches are urgently needed. Methods & results: Based on six metrics, we compared existing normalization methods on their ability to reduce batch effects from eight independently processed batches. Many of those showed marginal performances, which motivated us to develop Metchalizer, a normalization method which uses 17 stable isotope-labeled internal standards and a mixed effect model. In addition, we propose a regression model with age- and sex as covariates fitted on control samples obtained from all eight batches. Metchalizer applied on log-transformed data showed the most promising performance on batch effect removal as well as in the detection of 178 known biomarkers across 45 IEM patient samples and performed at least similar to an approach using 15 within-batch controls. Furthermore, our regression model indicates that 10-24% of the considered features showed significant age-dependent variations. Conclusions: Our comprehensive comparison of normalization methods showed that our Log-Metchalizer approach enables the use out-of-batch controls to establish clinically-relevant reference values for metabolite concentrations. These findings opens possibilities to use large scale out-of-batch control samples in a clinical setting, increasing throughput and detection accuracy. Availability: Metchalizer is available at https://github.com/mbongaerts/Metchalizer/### Competing Interest StatementThe authors have declared no competing interest.

Abstract The Ehlers-Danlos syndromes (EDS) represent a group of genetically diverse disorders characterized by the variable combination of joint hypermobility, hyperextensibility of the skin, and connective tissue fragility affecting the skin and other organs. Based on clinical features, 13 different types of EDS have been delineated, 12 of which represent monogenic conditions caused by pathogenic variants in 21 confirmed genes. Pathogenesis is related to disturbances of collagen formation and/or stability. No monogenic cause has been identified for hypermobile EDS (hEDS), a more common EDS type, which is unlikely to represent a single gene disorder in the majority of affected individuals and at present cannot be diagnosed by genetic investigations. Here we summarize the clinical features and the molecular bases of the monogenic EDS types, highlight diagnostic challenges, and provide guidance for the molecular work-up of affected individuals. In general, genetic tests are indicated if clinical features suggest a monogenic EDS type but are usually unrewarding for other cases of hypermobility.

X-linked osteoporosis, caused by PLS3 genetic variants, is a rare bone disease, clinically affecting mainly men. Limited data are available on bone microarchitecture and genotype-phenotype correlations in this disease. Our aims were to assess bone microarchitecture and strength in adults with PLS3 variants using high-resolution peripheral quantitative computed tomography (HR-pQCT) and to explore differences in the phenotype from HR-pQCT between PLS3 variants. HR-pQCT scans were obtained from the distal radius and tibia of 13 men and three women with PLS3 variants. Results were compared with age- and sex-matched controls from a normative dataset from literature and expressed as Z-scores. Median age was 46 years for men and 48 years for women. In men, total bone area was large (median Z-score: 1.33 radius; 1.46 tibia) due to a large trabecular area (+1.73 radius; +1.87 tibia), while the cortical area was small (-2.61 radius; -2.84 tibia). Total volumetric bone mineral density (BMD) was low due to low trabecular (-3.46 radius; -3.37 tibia) and cortical BMD (-2.87 radius; -2.26 tibia). Regarding bone microarchitecture, the largest deviations were found in trabecular number (-2.18 radius; -1.64 tibia), trabecular separation (+2.32 radius; +1.65 tibia), and cortical thickness (-2.99 radius; -2.46 tibia), whereas trabecular thickness and cortical porosity were normal (-0.36 and -0.58 radius; 0.09 and -0.79 tibia). Additionally, failure load was low (-2.39 radius; -2.2 tibia). Results in the women deviated less from normative data. Men with frameshift/nonsense variants seemed to have more deviant trabecular and cortical microarchitecture and strength, at both scan locations, than those with missense/in-frame insertion variants. In conclusion, HR-pQCT provides valuable insights into bone area, BMD, microarchitecture, and strength in adults with PLS3 variants and can be used to explore genotype-phenotype relationships. Longitudinal analyses in larger groups are needed to study the natural course of the disease and treatment effects.

Background: Classical-like Ehlers Danlos Syndrome type 1 (clEDS1) is a very rare form of Ehlers Danlos Syndrome (EDS) caused by tenascin-X (TNX) deficiency, with only 56 individuals reported. TNX is an extracellular matrix protein needed for collagen stability. Previous publications propose that individuals with clEDS1 might be at risk for gastrointestinal (GI) tract perforations and/or tracheal ruptures. Aim: To characterize complications resulting from perforations of the GI tract and/or tracheal rupture in an international case series of individuals with clEDS1 due to disease-related tissue fragility. Methods: This case series includes individuals with confirmed clEDS1 and GI perforations and/or tracheal ruptures from participating centres. Researchers who previously reported such individuals were contacted for additional information. A retrospective assessment of clinical features was performed. Results: Fifteen individuals were included. Ten had spontaneous GI perforations, seven of whom had multiple GI perforations. Almost all had severe diverticulosis. Three individuals experienced iatrogenic tracheal ruptures. Conclusion: Severe GI complications, such as perforation, and tracheal rupture were observed in a substantial number of individuals with clEDS1. As these features seem significantly more common in clEDS1 than in the average population, we advise vigilance during intubation and GI endoscopic interventions of individuals with clEDS1. Routine referrals to clinical geneticists are recommended for patients with symptoms indicative of clEDS1, especially with unexplained GI perforations and connective tissue symptoms. Our findings offer valuable insights for the clinical management of clEDS1 and underscore the importance of specialized care, providing a foundation for improved clinical guidelines and preventive strategies.

Abstract Monogenic Ehlers-Danlos syndromes (EDS) are a group of inherited connective tissue conditions that are clinically characterised by joint hypermobility, skin hyperextensibility and/or fragility, and generalised tissue fragility. Gene panel testing with massively parallel sequencing is currently gold standard to confirm diagnoses of the monogenic EDS types. We aim to report on the (combination of) clinical features of the monogenic EDS types through text and photographs, to aid clinical diagnosis as despite the significant progress in genetic testing possibilities, a thorough clinical assessment which includes medical history, family history and physical examination remains important in the diagnostic process. In addition, in those cases where no molecular diagnosis is possible, a clinical diagnosis can still guide management and surveillance.