To determine potential, long-term deficits associated with early childhood diarrhea and parasitic infections, we studied the physical fitness (by the Harvard Step Test) and cognitive function (by standardized tests noted below) of 26 children who had complete surveillance for diarrhea in their first 2 years of life and who had continued surveillance until 6-9 years of age in a poor urban community (favela) in Fortaleza in northeast Brazil. Early childhood diarrhea at 0-2 years of age correlated with reduced fitness by the Harvard Step Test at 6-9 years of age (P = 0.03) even after controlling for anthropometric and muscle area effects, anemia, intestinal helminths, Giardia infections, respiratory illnesses, and socioeconomic variables. Early childhood cryptosporidial infections (6 with diarrhea and 3 without diarrhea) were also associated with reduced fitness at 6-9 year of age, even when controlling for current nutritional status. Early diarrhea did not correlate with activity scores (P = 0.697), and early diarrhea remained significantly correlated with fitness scores (P = 0.035) after controlling for activity scores. Early diarrhea burdens also correlated in pilot studies with impaired cognitive function using a McCarthy Draw-A-Design (P = 0.01; P = 0.017 when controlling for early helminth infections), Wechsler Intelligence Scale for Children coding tasks (P = 0.031), and backward digit span tests (P = 0.045). These findings document for the first time a potentially substantial impact of early childhood diarrhea and cryptosporidial infections on subsequent functional status. If confirmed, these findings have major implications for calculations of global disability adjusted life years and for the importance and potential cost effectiveness of targeted interventions for early childhood diarrhea.

Environmental enteric dysfunction (EED) is an asymptomatic acquired disorder characterized by upper small bowel inflammation, villus blunting, and gut permeability. It is a major contributor to poor growth in childhood as well as other highly consequential outcomes such as delayed neuorcognitive development. After decades of intermittent interest in this entity, we are now seeing a resurgence in the field of EED. However, recent studies have been hampered by a lack of investigation of the target tissue-the upper small bowel. In 2016, the EEDBI (Environmental Enteric Dysfunction Biopsy Initiative) Consortium was established as a common scientific platform across 3 independent EED biopsy cohort studies in Bangladesh, Pakistan, and Zambia. Two centers in the United States recruited comparison groups of children undergoing endoscopy for clinical indications. The EEDBI Consortium goal was to augment the contributions of the individual centers and answer high-level questions amenable to analysis and interpretation across the studies. Here, we describe the Consortium and its cohorts and recruitment procedures across studies. We also offer details applicable to all papers in this supplement, which describe EED mucosal histology, morphometry, immunohistochemistry, and transcriptomics as well as histology relationship to pathogens and biomarkers.

Environmental enteric dysfunction (EED) is an asymptomatic intestinal disorder associated with growth impairment, delayed neurocognitive development, and impaired oral vaccine responses.

Environmental enteric dysfunction (EED) is an inflammatory condition of the small intestine that is prevalent in children residing in low- and middle-income countries. EED is accompanied by profound histopathologic changes in the small bowel, loss of absorptive capacity, increased intestinal permeability, increased microbial translocation, and nutrient loss.

Environmental enteric dysfunction (EED) is characterized by reduced absorptive capacity and barrier function of the small intestine, leading to poor ponderal and linear childhood growth.

Environmental enteric dysfunction (EED) is a precursor of growth faltering in children living in impoverished conditions who are frequently exposed to environmental toxins and enteropathogens, leading to small bowel inflammatory, malabsorptive, and permeability derangements and low-grade chronic systemic inflammation.

Abstract Circadian rhythms regulate diverse aspects of gastrointestinal physiology ranging from the composition of microbiota to motility. However, development of the intestinal circadian clock and detailed molecular mechanisms regulating circadian physiology of the intestine remain largely unknown. The lack of appropriate human model systems that enable organ- and/or diseasespecific interrogation of clock functions is a major obstacle hindering advancements of translational applications using chronotherapy. In this report, we show that both pluripotent stem cell-derived human intestinal organoids engrafted into mice and patient-derived human intestinal enteroids (HIEs) possess robust circadian rhythms, and demonstrate circadian phase-dependent necrotic cell death responses to Clostridium difficile toxin B (TcdB). Intriguingly, mouse and human enteroids demonstrate anti-phasic necrotic cell death responses. RNA-Seq data show ~4% of genes are rhythmically expressed in HIEs. Remarkably, we observe anti-phasic gene expression of Rac1 , a small GTPase directly inactivated by TcdB, between mouse and human enteroids. Importantly, the observed circadian time-dependent necrotic cell death response is abolished in both mouse enteroids and human intestinal organoids (HIOs) lacking robust circadian rhythms. Our findings uncover robust functions of circadian rhythms regulating critical clock-controlled genes (CCGs) in human enteroids governing organism-specific, circadian phasedependent necrotic cell death responses. Our data highlight unique differences between mouse and human enteroids, and lay a foundation for human organ- and disease-specific investigation of clock functions using human organoids for translational applications.