Abnormal cell proliferation and growth leading to cancer primarily result from cumulative genome mutations. Single gene mutations alone do not fully explain cancer onset and progression; instead, clustered mutations—simultaneous occurrences of multiple mutations—are considered to be pivotal in cancer development and advancement. These mutations can affect different genes and pathways, resulting in cells undergoing malignant transformation with multiple functional abnormalities. Clustered mutations influence cancer growth rates, metastatic potential, and drug treatment sensitivity. This summary highlights the various types and characteristics of clustered mutations to understand their associations with carcinogenesis and discusses their potential clinical significance in cancer. As a unique mutation type, clustered mutations may involve genomic instability, DNA repair mechanism defects, and environmental exposures, potentially correlating with responsiveness to immunotherapy. Understanding the characteristics and underlying processes of clustered mutations enhances our comprehension of carcinogenesis and cancer progression, providing new diagnostic and therapeutic approaches for cancer.

Stomach adenocarcinoma (STAD) is one of the most common malignancies. Infection of helicobacter pylori (

Abstract Somatic mutations are a major source of cancer development. Many driver mutations have been identified in protein coding regions. However, the function of mutations located in microRNAs (miRNAs) and their target binding sites along the human genome remains largely unknown. Here, we built comprehensive cancer-specific miRNA regulatory networks across 30 cancer types to systematically analyze the effect of mutations on miRNA related pathways. 3,518,261 mutations from 9,819 samples were mapped to miRNA-gene interactions (mGI), and mutations in miRNAs versus in their target genes show a mutually exclusive pattern in almost all cancer types. Using a linear regression method, we further identified 89 driver mutations in 14 cancer types that can significantly perturb miRNA regulatory networks. We find that driver mutations play their roles by altering RNA binding energy and the expression of target genes. Finally, we demonstrate that mutated driver gene targets are significantly down-regulated in cancer and function as tumor suppressors during cancer progression, suggesting potential miRNA candidates with significant clinical implications. We provide this data resource (CanVar-mGI) through a user-friendly, open-access web portal. Together, our results will facilitate novel non-coding biomarker identification and therapeutic drug design.

Telomere length function serves as a critical biomarker for biological aging and overall health. Its maintenance is linked to cancer, neurodegenerative conditions, and reproductive health. This review mainly examines genetic variations and environmental influences on telomere dynamics, highlighting key regulatory genes and mechanisms. Advances in telomere measurement methodologies are also reviewed, underscoring the importance of precise telomere assessment for disease prevention and treatment. Telomerase activation offers potential for cellular lifespan extension and anti-aging effects, whereas its inhibition emerges as a promising therapeutic approach for cancer. Regulatory mechanisms of tumor suppressor genes on telomerase activity are analyzed, with a comprehensive overview of the current state and future potential of telomerase inhibitors. In addition, the association between telomeres and neurodegenerative diseases is discussed, detailing how telomere attrition heightens disease risk and outlining multiple pathways by which telomerase protects neurons from damage and apoptosis.

Single-cell proteomics (SCP) detected based on different technologies always involves batch-specific variations because of differences in sample processing and other potential biases. How to integrate SCP data effectively has become a great challenge. Integration of SCP data not only requires the conservation of true biological variances, but also realizes the removal of unwanted batch effects. In this study, benchmarking analysis of popular data integration methods was conducted to determine the most suitable method for SCP data. To comprehensively evaluate the performance of these integration methods, a novel evaluation system was proposed for integrating SCP data. This evaluation system consists of three objective measures from different perspectives: category (a), the efficacy of correcting batch effects; category (b), the power of conserving biological variances; and category (c), the ability to identify consistent markers. For this comprehensive evaluation, five benchmark data sets under different scenarios (containing substantial proteins, substantial cells, multiple batches, multiple cell types, and unbalanced data) were utilized for selecting the most suitable data integration method. As a result, three methods, ComBat, Scanorama, and Seurat version 3 CCA, were identified as the most recommended methods for integrating SCP data. Overall, this systematic evaluation might provide valuable guidance in choosing the appropriate method for data integration in the SCP.

A 60-year-old woman with bilateral lower extremity oedema for several days was admitted to the hospital on 21 November 2023. Previously, after receiving rectal cancer resection in February 2023, she had been receiving drug chemotherapy, during which she had normal urinalysis and renal function. However, 10 days before admission, after the drug regimen was adjusted to tislelizumab + fruquintinib, she developed bilateral lower extremity oedema with foamy urine; this was later extended to facial oedema. After a histologic examination of renal biopsy, it was judged as drug-induced glomerular microangiopathy (GMA) with focal segmental glomerulosclerosis-like lesions accompanied by immune complex-mediated glomerulonephritis. The condition was controlled by stopping the anti-tumour drug, lowering glucose with linagliptin, and providing renal protection with Nephritis Rehabilitation Tablets, and the patient recovered well at the follow-up visit after 6 months. This case may be GMA induced by tislelizumab or fruquintinib and was examined in this study.