Abstract Azithromycin (AZM), a macrolide antibiotic used for the treatment of Chlamydial conjunctivitis, is less effective for the treatment of this disease due to its poor bioavailability (38%). Various alternatives have been developed for improving the physico-chemical properties (i.e., solubility) of the AZM without much success. To overcome the problems associated with AZM, an inclusion complex employing a modified cyclodextrin i.e., sulfobutylether-β-cyclodextrin (SBE-β-CD) was prepared and characterized by phase solubility studies, pXRD and FTIR techniques. The results portrayed the formation of the inclusion complex of AZM with sulfobutylether β-cyclodextrin (SBE-β-CD) in 1:2 molar stoichiometric ratios. This inclusion complex was later incorporated into a polymer matrix to prepare an in situ gel. Various combinations of carbopol 934P and hydroxypropyl methylcellulose (HPMC K4M) polymers were used and evaluated by rheological and in vitro drug release studies. The optimized formulation (F4), containing carbopol 934P 0.2% (w/v) and HPMC K4M 0.2% (w/v), was evaluated for clarity, pH, gelling capacity, drug content, rheological properties, in vitro drug release pattern, ocular irritation test and antimicrobial efficacy. Finally, owing to the improved antimicrobial efficacy and increased residence time, AZM:SBE-β-CD in situ gel was found to be a promising formulation for the efficient treatment of bacterial ocular disease.