PG
Patrick Gillevet
Author with expertise in Epidemiology and Management of NAFLD
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
21
(86% Open Access)
Cited by:
7,888
h-index:
64
/
i10-index:
150
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Characterization of the Oral Fungal Microbiome (Mycobiome) in Healthy Individuals

Mahmoud Ghannoum et al.Jan 8, 2010
The oral microbiome–organisms residing in the oral cavity and their collective genome–are critical components of health and disease. The fungal component of the oral microbiota has not been characterized. In this study, we used a novel multitag pyrosequencing approach to characterize fungi present in the oral cavity of 20 healthy individuals, using the pan-fungal internal transcribed spacer (ITS) primers. Our results revealed the “basal” oral mycobiome profile of the enrolled individuals, and showed that across all the samples studied, the oral cavity contained 74 culturable and 11 non-culturable fungal genera. Among these genera, 39 were present in only one person, 16 genera were present in two participants, and 5 genera were present in three people, while 15 genera (including non-culturable organisms) were present in ≥4 (20%) participants. Candida species were the most frequent (isolated from 75% of participants), followed by Cladosporium (65%), Aureobasidium, Saccharomycetales (50% for both), Aspergillus (35%), Fusarium (30%), and Cryptococcus (20%). Four of these predominant genera are known to be pathogenic in humans. The low-abundance genera may represent environmental fungi present in the oral cavity and could simply be spores inhaled from the air or material ingested with food. Among the culturable genera, 61 were represented by one species each, while 13 genera comprised between 2 and 6 different species; the total number of species identified were 101. The number of species in the oral cavity of each individual ranged between 9 and 23. Principal component (PCO) analysis of the obtained data set followed by sample clustering and UniFrac analysis revealed that White males and Asian males clustered differently from each other, whereas both Asian and White females clustered together. This is the first study that identified the “basal mycobiome” of healthy individuals, and provides the basis for a detailed characterization of the oral mycobiome in health and disease.
0
Citation984
0
Save
0

Altered profile of human gut microbiome is associated with cirrhosis and its complications

Jasmohan Bajaj et al.Dec 25, 2013
Background & Aims The gut microbiome is altered in cirrhosis; however its evolution with disease progression is only partly understood. We aimed to study changes in the microbiome over cirrhosis severity, its stability over time and its longitudinal alterations with decompensation. Methods Controls and age-matched cirrhotics (compensated/decompensated/hospitalized) were included. Their stool microbiota was quantified using multi-tagged pyrosequencing. The ratio of autochthonous to non-autochthonous taxa was calculated as the cirrhosis dysbiosis ratio (CDR); a low number indicating dysbiosis. Firstly, the microbiome was compared between controls and cirrhotic sub-groups. Secondly, for stability assessment, stool collected twice within 6 months in compensated outpatients was analyzed. Thirdly, changes after decompensation were assessed using (a) longitudinal comparison in patients before/after hepatic encephalopathy development (HE), (b) longitudinal cohort of hospitalized infected cirrhotics MELD-matched to uninfected cirrhotics followed for 30 days. Results 244 subjects [219 cirrhotics (121 compensated outpatients, 54 decompensated outpatients, 44 inpatients) and 25 age-matched controls] were included. CDR was highest in controls (2.05) followed by compensated (0.89), decompensated (0.66), and inpatients (0.32, p <0.0001) and negatively correlated with endotoxin. Microbiota and CDR remained unchanged in stable outpatient cirrhotics (0.91 vs. 0.86, p = 0.45). In patients studied before/after HE development, dysbiosis occurred post-HE (CDR: 1.2 to 0.42, p = 0.03). In the longitudinal matched-cohort, microbiota were significantly different between infected/uninfected cirrhotics at baseline and a low CDR was associated with death and organ failures within 30 days. Conclusions Progressive changes in the gut microbiome accompany cirrhosis and become more severe in the setting of decompensation. The cirrhosis dysbiosis ratio may be a useful quantitative index to describe microbiome alterations accompanying cirrhosis progression. The gut microbiome is altered in cirrhosis; however its evolution with disease progression is only partly understood. We aimed to study changes in the microbiome over cirrhosis severity, its stability over time and its longitudinal alterations with decompensation. Controls and age-matched cirrhotics (compensated/decompensated/hospitalized) were included. Their stool microbiota was quantified using multi-tagged pyrosequencing. The ratio of autochthonous to non-autochthonous taxa was calculated as the cirrhosis dysbiosis ratio (CDR); a low number indicating dysbiosis. Firstly, the microbiome was compared between controls and cirrhotic sub-groups. Secondly, for stability assessment, stool collected twice within 6 months in compensated outpatients was analyzed. Thirdly, changes after decompensation were assessed using (a) longitudinal comparison in patients before/after hepatic encephalopathy development (HE), (b) longitudinal cohort of hospitalized infected cirrhotics MELD-matched to uninfected cirrhotics followed for 30 days. 244 subjects [219 cirrhotics (121 compensated outpatients, 54 decompensated outpatients, 44 inpatients) and 25 age-matched controls] were included. CDR was highest in controls (2.05) followed by compensated (0.89), decompensated (0.66), and inpatients (0.32, p <0.0001) and negatively correlated with endotoxin. Microbiota and CDR remained unchanged in stable outpatient cirrhotics (0.91 vs. 0.86, p = 0.45). In patients studied before/after HE development, dysbiosis occurred post-HE (CDR: 1.2 to 0.42, p = 0.03). In the longitudinal matched-cohort, microbiota were significantly different between infected/uninfected cirrhotics at baseline and a low CDR was associated with death and organ failures within 30 days. Progressive changes in the gut microbiome accompany cirrhosis and become more severe in the setting of decompensation. The cirrhosis dysbiosis ratio may be a useful quantitative index to describe microbiome alterations accompanying cirrhosis progression.
0

Colonic microbiome is altered in alcoholism

Ece Mutlu et al.Jan 13, 2012
Several studies indicate the importance of colonic microbiota in metabolic and inflammatory disorders and importance of diet on microbiota composition. The effects of alcohol, one of the prominent components of diet, on colonic bacterial composition is largely unknown. Mounting evidence suggests that gut-derived bacterial endotoxins are cofactors for alcohol-induced tissue injury and organ failure like alcoholic liver disease (ALD) that only occur in a subset of alcoholics. We hypothesized that chronic alcohol consumption results in alterations of the gut microbiome in a subgroup of alcoholics, and this may be responsible for the observed inflammatory state and endotoxemia in alcoholics. Thus we interrogated the mucosa-associated colonic microbiome in 48 alcoholics with and without ALD as well as 18 healthy subjects. Colonic biopsy samples from subjects were analyzed for microbiota composition using length heterogeneity PCR fingerprinting and multitag pyrosequencing. A subgroup of alcoholics have an altered colonic microbiome (dysbiosis). The alcoholics with dysbiosis had lower median abundances of Bacteroidetes and higher ones of Proteobacteria. The observed alterations appear to correlate with high levels of serum endotoxin in a subset of the samples. Network topology analysis indicated that alcohol use is correlated with decreased connectivity of the microbial network, and this alteration is seen even after an extended period of sobriety. We show that the colonic mucosa-associated bacterial microbiome is altered in a subset of alcoholics. The altered microbiota composition is persistent and correlates with endotoxemia in a subgroup of alcoholics.
0
Citation661
0
Save
0

Modulation of the fecal bile acid profile by gut microbiota in cirrhosis

Genta Kakiyama et al.Jan 16, 2013
Background & Aims The 7α-dehydroxylation of primary bile acids (BAs), chenodeoxycholic (CDCA) and cholic acid (CA) into the secondary BAs, lithocholic (LCA) and deoxycholic acid (DCA), is a key function of the gut microbiota. We aimed at studying the linkage between fecal BAs and gut microbiota in cirrhosis since this could help understand cirrhosis progression. Methods Fecal microbiota were analyzed by culture-independent multitagged-pyrosequencing, fecal BAs using HPLC and serum BAs using LC–MS in controls, early (Child A) and advanced cirrhotics (Child B/C). A subgroup of early cirrhotics underwent BA and microbiota analysis before/after eight weeks of rifaximin. Results Cross-sectional: 47 cirrhotics (24 advanced) and 14 controls were included. In feces, advanced cirrhotics had the lowest total, secondary, secondary/primary BA ratios, and the highest primary BAs compared to early cirrhotics and controls. Secondary fecal BAs were detectable in all controls but in a significantly lower proportion of cirrhotics (p <0.002). Serum primary BAs were higher in advanced cirrhotics compared to the rest. Cirrhotics, compared to controls, had a higher Enterobacteriaceae (potentially pathogenic) but lower Lachonospiraceae, Ruminococcaceae and Blautia (7α-dehydroxylating bacteria) abundance. CDCA was positively correlated with Enterobacteriaceae (r = 0.57, p <0.008) while Ruminococcaceae were positively correlated with DCA (r = 0.4, p <0.05). A positive correlation between Ruminococcaceae and DCA/CA (r = 0.82, p <0.012) and Blautia with LCA/CDCA (r = 0.61, p <0.03) was also seen. Prospective study: post-rifaximin, six early cirrhotics had reduction in Veillonellaceae and in secondary/primary BA ratios. Conclusions Cirrhosis, especially advanced disease, is associated with a decreased conversion of primary to secondary fecal BAs, which is linked to abundance of key gut microbiome taxa. The 7α-dehydroxylation of primary bile acids (BAs), chenodeoxycholic (CDCA) and cholic acid (CA) into the secondary BAs, lithocholic (LCA) and deoxycholic acid (DCA), is a key function of the gut microbiota. We aimed at studying the linkage between fecal BAs and gut microbiota in cirrhosis since this could help understand cirrhosis progression. Fecal microbiota were analyzed by culture-independent multitagged-pyrosequencing, fecal BAs using HPLC and serum BAs using LC–MS in controls, early (Child A) and advanced cirrhotics (Child B/C). A subgroup of early cirrhotics underwent BA and microbiota analysis before/after eight weeks of rifaximin. Cross-sectional: 47 cirrhotics (24 advanced) and 14 controls were included. In feces, advanced cirrhotics had the lowest total, secondary, secondary/primary BA ratios, and the highest primary BAs compared to early cirrhotics and controls. Secondary fecal BAs were detectable in all controls but in a significantly lower proportion of cirrhotics (p <0.002). Serum primary BAs were higher in advanced cirrhotics compared to the rest. Cirrhotics, compared to controls, had a higher Enterobacteriaceae (potentially pathogenic) but lower Lachonospiraceae, Ruminococcaceae and Blautia (7α-dehydroxylating bacteria) abundance. CDCA was positively correlated with Enterobacteriaceae (r = 0.57, p <0.008) while Ruminococcaceae were positively correlated with DCA (r = 0.4, p <0.05). A positive correlation between Ruminococcaceae and DCA/CA (r = 0.82, p <0.012) and Blautia with LCA/CDCA (r = 0.61, p <0.03) was also seen. Prospective study: post-rifaximin, six early cirrhotics had reduction in Veillonellaceae and in secondary/primary BA ratios. Cirrhosis, especially advanced disease, is associated with a decreased conversion of primary to secondary fecal BAs, which is linked to abundance of key gut microbiome taxa.
0
Citation653
0
Save
0

Fecal Microbiome and Volatile Organic Compound Metabolome in Obese Humans With Nonalcoholic Fatty Liver Disease

Maitreyi Raman et al.Feb 27, 2013

Background & Aims

 The histopathology of nonalcoholic fatty liver disease (NAFLD) is similar to that of alcoholic liver disease. Colonic bacteria are a source of many metabolic products, including ethanol and other volatile organic compounds (VOC) that may have toxic effects on the human host after intestinal absorption and delivery to the liver via the portal vein. Recent data suggest that the composition of the gut microbiota in obese human beings is different from that of healthy-weight individuals. The aim of this study was to compare the colonic microbiome and VOC metabolome of obese NAFLD patients (n = 30) with healthy controls (n = 30). 

Methods

 Multitag pyrosequencing was used to characterize the fecal microbiota. Fecal VOC profiles were measured by gas chromatography–mass spectrometry. 

Results

 There were statistically significant differences in liver biochemistry and metabolic parameters in NAFLD. Deep sequencing of the fecal microbiome revealed over-representation of Lactobacillus species and selected members of phylum Firmicutes (Lachnospiraceae; genera, DoreaRobinsoniella, and Roseburia) in NAFLD patients, which was statistically significant. One member of phylum Firmicutes was under-represented significantly in the fecal microbiome of NAFLD patients (Ruminococcaceae; genus, Oscillibacter). Fecal VOC profiles of the 2 patient groups were different, with a significant increase in fecal ester compounds observed in NAFLD patients. 

Conclusions

 A significant increase in fecal ester VOC is associated with compositional shifts in the microbiome of obese NAFLD patients. These novel bacterial metabolomic and metagenomic factors are implicated in the etiology and complications of obesity.
0
Citation608
0
Save
0

Linkage of gut microbiome with cognition in hepatic encephalopathy

Jasmohan Bajaj et al.Sep 23, 2011
Hepatic encephalopathy (HE) has been related to gut bacteria and inflammation in the setting of intestinal barrier dysfunction. We aimed to link the gut microbiome with cognition and inflammation in HE using a systems biology approach. Multitag pyrosequencing (MTPS) was performed on stool of cirrhotics and age-matched controls. Cirrhotics with/without HE underwent cognitive testing, inflammatory cytokines, and endotoxin analysis. Patients with HE were compared with those without HE using a correlation-network analysis. A select group of patients with HE (n = 7) on lactulose underwent stool MTPS before and after lactulose withdrawal over 14 days. Twenty-five patients [17 HE (all on lactulose, 6 also on rifaximin) and 8 without HE, age 56 ± 6 yr, model for end-stage liver disease score 16 ± 6] and ten controls were included. Fecal microbiota in cirrhotics were significantly different (higher Enterobacteriaceae, Alcaligeneceae, and Fusobacteriaceae and lower Ruminococcaceae and Lachnospiraceae) compared with controls. We found altered flora (higher Veillonellaceae), poor cognition, endotoxemia, and inflammation (IL-6, TNF-α, IL-2, and IL-13) in HE compared with cirrhotics without HE. In the cirrhosis group, Alcaligeneceae and Porphyromonadaceae were positively correlated with cognitive impairment. Fusobacteriaceae, Veillonellaceae, and Enterobacteriaceae were positively and Ruminococcaceae negatively related to inflammation. Network-analysis comparison showed robust correlations (all P < 1E-5) only in the HE group between the microbiome, cognition, and IL-23, IL-2, and IL-13. Lactulose withdrawal did not change the microbiome significantly beyond Fecalibacterium reduction. We concluded that cirrhosis, especially when complicated with HE, is associated with significant alterations in the stool microbiome compared with healthy individuals. Specific bacterial families (Alcaligeneceae, Porphyromonadaceae, Enterobacteriaceae) are strongly associated with cognition and inflammation in HE.
0
Citation492
0
Save
0

Fecal microbiota transplant from a rational stool donor improves hepatic encephalopathy: A randomized clinical trial

Jasmohan Bajaj et al.Jun 6, 2017
Recurrent hepatic encephalopathy (HE) is a leading cause of readmission despite standard of care (SOC) associated with microbial dysbiosis. Fecal microbiota transplantation (FMT) may improve dysbiosis; however, it has not been studied in HE. We aimed to define whether FMT using a rationally derived stool donor is safe in recurrent HE compared to SOC alone. An open‐label, randomized clinical trial with a 5‐month follow‐up in outpatient men with cirrhosis with recurrent HE on SOC was conducted with 1:1 randomization. FMT‐randomized patients received 5 days of broad‐spectrum antibiotic pretreatment, then a single FMT enema from the same donor with the optimal microbiota deficient in HE. Follow‐up occurred on days 5, 6, 12, 35, and 150 postrandomization. The primary outcome was safety of FMT compared to SOC using FMT‐related serious adverse events (SAEs). Secondary outcomes were adverse events, cognition, microbiota, and metabolomic changes. Participants in both arms were similar on all baseline criteria and were followed until study end. FMT with antibiotic pretreatment was well tolerated. Eight (80%) SOC participants had a total of 11 SAEs compared to 2 (20%) FMT participants with SAEs (both FMT unrelated; P = 0.02). Five SOC and no FMT participants developed further HE ( P = 0.03). Cognition improved in the FMT, but not the SOC, group. Model for End‐Stage Liver Disease (MELD) score transiently worsened postantibiotics, but reverted to baseline post‐FMT. Postantibiotics, beneficial taxa, and microbial diversity reduction occurred with Proteobacteria expansion. However, FMT increased diversity and beneficial taxa. SOC microbiota and MELD score remained similar throughout. Conclusion: FMT from a rationally selected donor reduced hospitalizations, improved cognition, and dysbiosis in cirrhosis with recurrent HE. (H epatology 2017;66:1727–1738)
0

Colonic mucosal microbiome differs from stool microbiome in cirrhosis and hepatic encephalopathy and is linked to cognition and inflammation

Jasmohan Bajaj et al.Jul 21, 2012
Although hepatic encephalopathy (HE) is linked to the gut microbiota, stool microbiome analysis has not found differences between HE and no-HE patients. This study aimed to compare sigmoid mucosal microbiome of cirrhotic patients to controls, between HE vs. no-HE patients, and to study their linkage with cognition and inflammation. Sixty cirrhotic patients (36 HE and 24 no-HE) underwent cognitive testing, stool collection, cytokine (Th1, Th2, Th17, and innate immunity), and endotoxin analysis. Thirty-six patients (19 HE and 17 no-HE) and 17 age-matched controls underwent sigmoid biopsies. Multitag pyrosequencing (including autochthonous genera, i.e., Blautia, Roseburia, Fecalibacterium, Dorea) was performed on stool and mucosa. Stool and mucosal microbiome differences within/between groups and correlation network analyses were performed. Controls had significantly higher autochthonous and lower pathogenic genera compared with cirrhotic patients, especially HE patients. HE patients had worse MELD (model for end-stage liver disease) score and cognition and higher IL-6 and endotoxin than no-HE. Mucosal microbiota was different from stool within both HE/no-HE groups. Between HE/no-HE patients, there was no difference in stool microbiota but mucosal microbiome was different with lower Roseburia and higher Enterococcus, Veillonella, Megasphaera, and Burkholderia abundance in HE. On network analysis, autochthonous genera (Blautia, Fecalibacterium, Roseburia, and Dorea) were associated with good cognition and decreased inflammation in both HE/no-HE, whereas genera overrepresented in HE (Enterococcus, Megasphaera, and Burkholderia) were linked to poor cognition and inflammation. Sigmoid mucosal microbiome differs significantly from stool microbiome in cirrhosis. Cirrhotic, especially HE, patients' mucosal microbiota is significantly different from controls with a lack of potentially beneficial autochthonous and overgrowth of potentially pathogenic genera, which are associated with poor cognition and inflammation.
0
Citation469
0
Save
0

Modulation of the Metabiome by Rifaximin in Patients with Cirrhosis and Minimal Hepatic Encephalopathy

Jasmohan Bajaj et al.Apr 2, 2013
Hepatic encephalopathy (HE) represents a dysfunctional gut-liver-brain axis in cirrhosis which can negatively impact outcomes. This altered gut-brain relationship has been treated using gut-selective antibiotics such as rifaximin, that improve cognitive function in HE, especially its subclinical form, minimal HE (MHE). However, the precise mechanism of the action of rifaximin in MHE is unclear. We hypothesized that modulation of gut microbiota and their end-products by rifaximin would affect the gut-brain axis and improve cognitive performance in cirrhosis. Aim To perform a systems biology analysis of the microbiome, metabolome and cognitive change after rifaximin in MHE. Methods Twenty cirrhotics with MHE underwent cognitive testing, endotoxin analysis, urine/serum metabolomics (GC and LC-MS) and fecal microbiome assessment (multi-tagged pyrosequencing) at baseline and 8 weeks post-rifaximin 550 mg BID. Changes in cognition, endotoxin, serum/urine metabolites (and microbiome were analyzed using recommended systems biology techniques. Specifically, correlation networks between microbiota and metabolome were analyzed before and after rifaximin. Results There was a significant improvement in cognition(six of seven tests improved,p<0.01) and endotoxemia (0.55 to 0.48 Eu/ml, p = 0.02) after rifaximin. There was a significant increase in serum saturated (myristic, caprylic, palmitic, palmitoleic, oleic and eicosanoic) and unsaturated (linoleic, linolenic, gamma-linolenic and arachnidonic) fatty acids post-rifaximin. No significant microbial change apart from a modest decrease in Veillonellaceae and increase in Eubacteriaceae was observed. Rifaximin resulted in a significant reduction in network connectivity and clustering on the correlation networks. The networks centered on Enterobacteriaceae, Porphyromonadaceae and Bacteroidaceae indicated a shift from pathogenic to beneficial metabolite linkages and better cognition while those centered on autochthonous taxa remained similar. Conclusions Rifaximin is associated with improved cognitive function and endotoxemia in MHE, which is accompanied by alteration of gut bacterial linkages with metabolites without significant change in microbial abundance. Trial Registration ClinicalTrials.gov NCT01069133
Load More