Healthy Research Rewards
ResearchHub is incentivizing healthy research behavior. At this time, first authors of open access papers are eligible for rewards. Visit the publications tab to view your eligible publications.
Got it
RM
Randall Morrison
Author with expertise in Cancer Immunotherapy
Achievements
Open Access Advocate
Cited Author
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
2
(100% Open Access)
Cited by:
927
h-index:
6
/
i10-index:
5
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Fecal microbiota transplant overcomes resistance to anti–PD-1 therapy in melanoma patients

Diwakar Davar et al.Feb 4, 2021
Anti-programmed cell death protein 1 (PD-1) therapy provides long-term clinical benefits to patients with advanced melanoma. The composition of the gut microbiota correlates with anti-PD-1 efficacy in preclinical models and cancer patients. To investigate whether resistance to anti-PD-1 can be overcome by changing the gut microbiota, this clinical trial evaluated the safety and efficacy of responder-derived fecal microbiota transplantation (FMT) together with anti-PD-1 in patients with PD-1-refractory melanoma. This combination was well tolerated, provided clinical benefit in 6 of 15 patients, and induced rapid and durable microbiota perturbation. Responders exhibited increased abundance of taxa that were previously shown to be associated with response to anti-PD-1, increased CD8+ T cell activation, and decreased frequency of interleukin-8-expressing myeloid cells. Responders had distinct proteomic and metabolomic signatures, and transkingdom network analyses confirmed that the gut microbiome regulated these changes. Collectively, our findings show that FMT and anti-PD-1 changed the gut microbiome and reprogrammed the tumor microenvironment to overcome resistance to anti-PD-1 in a subset of PD-1 advanced melanoma.
0
Citation927
0
Save
3

Cell-type-specific alternative polyadenylation (APA) genes reveal the function of dynamic APA in complex tissues

Yinge Bai et al.Jul 31, 2020
ABSTRACT Alternative polyadenylation (APA) causes shortening or lengthening of the 3’-untranslated region (3’-UTR) of genes across multiple cell types. Bioinformatic tools have been developed to identify genes that are affected by APA (APA genes) in single-cell RNA-Seq (scRNA-Seq) data. However, they suffer from low power, and they cannot identify APA genes specific to each cell type (cell-type-specific APA) when multiple cell types are analyzed. To address these limitations, we developed scMAPA that systematically integrates two novel steps. First, scMAPA quantifies 3’-UTR long and short isoforms without requiring assumptions on the read density shape of input data. Second, scMAPA estimates the significance of the APA genes for each cell type while controlling confounders. In the analyses on our novel simulation data and human peripheral blood mono cellular data, scMAPA showed enhanced power in identifying APA genes. Further, in mouse brain data, scMAPA identifies cell-type-specific APA genes, improving interpretability for the cell-type-specific function of APA. We further showed that this improved interpretability helps to understand a novel role of APA on the interaction between neurons and blood vessels, which is critical to maintaining the operational condition of brains. With high sensitivity and interpretability, scMAPA shed novel insights into the function of dynamic APA in complex tissues. Key Points We developed a bioinformatic tool, scMAPA, that identifies dynamic APA across multiple cell types and a novel simulation pipeline to assess performance of such tools in APA calling. In simulation data of various scenarios from our novel simulation pipeline, scMAPA achieves sensitivity with a minimal loss of specificity. In human peripheral blood monocellular data, scMAPA identifies APA genes accurately and robustly, finding unique associations of APA with hematological processes. scMAPA identifies APA genes specific to each cell type in mouse brain data while controlling confounders that sheds novel insights into the complex molecular processes.