Abstract Background Opioid withdrawal is a key driver of opioid addiction and an obstacle to recovery. However, withdrawal effects on opioid reinforcement and mesolimbic neuroadaptation are understudied and the role of sex is largely unknown. Methods Male (n=10) and female (n=9) rats responded under a fentanyl-vs.-food “choice” procedure during daily 2h sessions. In addition to the daily choice sessions, rats were provided extended access to fentanyl during 12h sessions. After two weeks of this self-administration regimen, the nucleus accumbens (NAc) and ventral tegmental area (VTA) of a subset of rats were subjected to RNA sequencing. In the remaining rats, a third week of this self-administration regimen was conducted, during which methadone effects on fentanyl-vs.-food choice were determined. Results Prior to opioid dependence, male and female rats similarly allocated responding between fentanyl and food. Abstinence from extended fentanyl access elicited a similar increase in somatic withdrawal signs in both sexes. Despite similar withdrawal signs and extended access fentanyl intake, opioid withdrawal was accompanied by a maladaptive increase in fentanyl choice in males, but not females. Behavioral sex differences corresponded with transcriptional hyperfunction in the NAc and VTA of opioid-withdrawn females relative to males. Methadone blocked withdrawal-associated increases in fentanyl choice in males, but failed to further decrease fentanyl choice in females. Conclusions These results provide foundational evidence of sex-specific neuroadaptations to opioid withdrawal, which may be relevant to the female-specific resilience to withdrawal-associated increases in opioid choice and aid in the identification of novel therapeutic targets.