Abstract Motivation Fusarium langsethiae is a T-2 and HT-2 mycotoxins producing Fusarium species firstly characterised in 2004. It is commonly isolated from oats in Northern Europe. T-2 and HT-2 mycotoxins exhibit immunological and haemotological effects in animal health mainly through inhibition of protein, RNA and DNA synthesis. The development of a high-quality and comprehensively annotated assembly for this species is therefore essential in providing the molecular understanding and the mechanism of T-2 and HT-2 biosynthesis in F. langsethiae to help develop effective control strategies. Results The F. langsethiae assembly was produced using PacBio long reads, which were then assembled independently using Canu, SMARTdenovo and Flye; producing a genome assembly total length of 59Mb and N50 of 3.51Mb. A total of 19,336 coding genes were identified using RNA-Seq informed ab-initio gene prediction. Finally, predicting genes were annotated using the basic local alignment search tool (BLAST) against the NCBI non-redundant (NR) genome database and protein hits were annotated using InterProScan. Genes with blast hits were functionally annotated with Gene Ontology. Contact f.mohareb@cranfield.ac.uk Data availability Raw sequence reads and assembled genome can be downloaded from: GenBank under the accession JAFFKB000000000

Potato is the fourth most consumed crop in the world. More than half of the crop is stored for three to nine months at cold temperatures (3–10 °C) for the fresh and seed market. One of the main causes of fresh potato waste in the retail supply chain is the processing of fungal and bacterial rots during storage. Dry rot is a fungal disease that mainly affects the potato crop during storage and is responsible for 1% of tuber losses in the UK. It is produced by Fusarium spp., such as Fusarium sambucinum and F. oxysporum, which can lead to the accumulation of mycotoxins in the potato tuber. Little is known about the impact of environmental factors on the accumulation of mycotoxins in potato tubers. Understanding the ecophysiology of these fungi is key to mitigating their occurrence under commercial storage conditions. Therefore, this work aimed to elucidate the effect of three different temperatures (5, 10, and 15 °C) and two different water activities (aw; 0.97, 0.99) on the ecophysiology and mycotoxin accumulation of F. sambucinum and F. oxysporum in a potato-based semi-synthetic medium. The mycotoxin accumulation was then studied in vivo, in potato tubers cultivated under organic farming conditions, stored for 40 days at 8.5 °C. Results showed that higher temperatures and aw enhanced fungal growth, lag time, and mycotoxin accumulation in vitro. Growth rate was 2 and 3.6 times higher when the temperature increased from 5 to 10 and 15 °C, respectively. Six different mycotoxins (T-2, HT-2, diacetoxyscirpenol, 15-acetoxyscirpenol, neosolaniol, and beauvericin) were detected in vitro and in vivo. T-2 was the most abundant mycotoxin detected in vitro, observing 106 ng of T-2/g media after 21 days of incubation at 10 °C and 0.99 aw. Due to the long period of time that potato tubers spend in storage, the fluctuations of environmental factors, such as temperature and relative humidity, could promote the development of fungal rot, as well as mycotoxin accumulation. This could result in important food and economic losses for the potato market and a threat to food safety.

Oats are susceptible to contamination by Fusarium mycotoxins, including deoxynivalenol (DON), zearalenone (ZEN), and T-2/HT-2 toxins, posing food safety risks. This study analyses the variation in levels of 14 mycotoxins in 200 individual oat kernels from two DON-contaminated batch samples (mean = 3498 µg/kg) using LC-MS/MS. The samples also contained deoxynivalenol-3-glucoside (DON-3G), 3-acetyldeoxynivalenol (3-ADON), 15-acetyldeoxynivalenol (15-ADON), and ZEN. Contamination levels varied notably among individual kernels, with DON detected in 70% of them, followed by DON-3G (24.5%) and 3-ADON (20.5%). Importantly, 8% of kernels exceeded the EU legal limit for DON (1750 µg/kg), and some occasionally surpassed limits for ZEN and T-2/HT-2. Correlation analyses revealed strong associations between DON and its derivatives but weaker correlations with other toxins. Mycotoxin ratios varied widely, indicating that although they often co-occur, their concentrations differ between kernels. Contamination did not significantly impact kernel weight, though a slight trend toward lower weights in contaminated kernels was noted. Additionally, sampling statistics showed that as the percentage of selected kernels increased, the probability of batch sample rejection for DON contamination rose significantly. The study highlights the heterogeneity of mycotoxin contamination in oat batches, emphasising the importance of accurate detection and regulatory compliance to ensure safer oat-based products.