Healthy Research Rewards
ResearchHub is incentivizing healthy research behavior. At this time, first authors of open access papers are eligible for rewards. Visit the publications tab to view your eligible publications.
Got it
RT
Richard Taylor
Author with expertise in Therapeutic Antibodies: Development, Engineering, and Applications
Achievements
Cited Author
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
6
(33% Open Access)
Cited by:
4,963
h-index:
21
/
i10-index:
28
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Improved protein–ligand docking using GOLD

Marcel Verdonk et al.Aug 1, 2003
Abstract The Chemscore function was implemented as a scoring function for the protein–ligand docking program GOLD, and its performance compared to the original Goldscore function and two consensus docking protocols, “Goldscore‐CS” and “Chemscore‐GS,” in terms of docking accuracy, prediction of binding affinities, and speed. In the “Goldscore‐CS” protocol, dockings produced with the Goldscore function are scored and ranked with the Chemscore function; in the “Chemscore‐GS” protocol, dockings produced with the Chemscore function are scored and ranked with the Goldscore function. Comparisons were made for a “clean” set of 224 protein–ligand complexes, and for two subsets of this set, one for which the ligands are “drug‐like,” the other for which they are “fragment‐like.” For “drug‐like” and “fragment‐like” ligands, the docking accuracies obtained with Chemscore and Goldscore functions are similar. For larger ligands, Goldscore gives superior results. Docking with the Chemscore function is up to three times faster than docking with the Goldscore function. Both combined docking protocols give significant improvements in docking accuracy over the use of the Goldscore or Chemscore function alone. “Goldscore‐CS” gives success rates of up to 81% (top‐ranked GOLD solution within 2.0 Å of the experimental binding mode) for the “clean list,” but at the cost of long search times. For most virtual screening applications, “Chemscore‐GS” seems optimal; search settings that give docking speeds of around 0.25–1.3 min/compound have success rates of about 78% for “drug‐like” compounds and 85% for “fragment‐like” compounds. In terms of producing binding energy estimates, the Goldscore function appears to perform better than the Chemscore function and the two consensus protocols, particularly for faster search settings. Even at docking speeds of around 1–2 min/compound, the Goldscore function predicts binding energies with a standard deviation of ∼10.5 kJ/mol. Proteins 2003;52:609–623. © 2003 Wiley‐Liss, Inc.
0

Intramuscular triglyceride and muscle insulin sensitivity: Evidence for a relationship in nondiabetic subjects

David Phillips et al.Aug 1, 1996
Intracellular triglyceride (TG) is an important energy source for skeletal muscle. However, recent evidence suggests that if muscle contains abnormally high TG stores its sensitivity to insulin may be reduced, and this could predispose to type II diabetes. To test this hypothesis, we measured muscle lipid content in 27 women aged 47 to 55 years (mean, 52) and related it to their glucose tolerance, insulin resistance, and muscle insulin sensitivity as measured by insulin activation of glycogen synthase, an insulin-regulated enzyme that is rate-limiting for insulin action in muscle. Both muscle TG content and intracellular lipid determined by Oil red O staining of muscle fibers were negatively associated with glycogen synthase activation (r = .43, P = .03 and r = -.47, P = .02, respectively). In addition, intracellular lipid correlated with features of the insulin resistance syndrome, including an increased waist to hip ratio (r = .47, P = .01) and fasting nonesterified fatty acids ([NEFA] r = .44, P = .04). These data demonstrate that increased muscle TG stores are associated with decreased insulin-stimulated glycogen synthase activity. Intracellular fat may underlie a major part of the insulin resistance in normal subjects, as well as type II diabetics.
1

The chemical synthesis of knob domain antibody fragments

Alex Macpherson et al.Jun 17, 2021
Abstract Cysteine-rich knob domains found in the ultralong complementarity determining regions of a subset of bovine antibodies, are capable of functioning autonomously as 3-6 kDa peptides. While they can be expressed recombinantly in cellular systems, in this paper we show that knob domains are also readily amenable to chemical synthesis, with a co-crystal structure of a chemically synthesised knob domain in complex with antigen showing structural equivalence to the biological product. For drug discovery, following immunisation of cattle, knob domain peptides can be synthesised directly from antibody sequence data, combining the power and diversity of the bovine immune repertoire with the ability to rapidly incorporate non-biological modifications. We demonstrate that, through rational design with non-natural amino acids, paratope diversity can be massively expanded, in this case improving the efficacy of an allosteric peptide. As a potential route to further improve stability, we also performed head-to-tail cyclisation, exploiting the unusual proximity of the N- and C-termini to synthesise functional, fully cyclic antibody fragments. Lastly, we highlight the stability of knob domains in plasma and, through pharmacokinetic studies, use palmitoylation as a route to extend the plasma half-life of knob domains in vivo . This study presents an antibody-derived medicinal chemistry platform, with protocols for solid-phase synthesis of knob domains; together with characterisation of their molecular structures, in vitro pharmacology and pharmacokinetics.