Aneuploidy, whole chromosome or chromosome arm imbalance, is a near-universal characteristic of human cancers. In 10,522 cancer genomes from The Cancer Genome Atlas, aneuploidy was correlated with TP53 mutation, somatic mutation rate, and expression of proliferation genes. Aneuploidy was anti-correlated with expression of immune signaling genes, due to decreased leukocyte infiltrates in high-aneuploidy samples. Chromosome arm-level alterations show cancer-specific patterns, including loss of chromosome arm 3p in squamous cancers. We applied genome engineering to delete 3p in lung cells, causing decreased proliferation rescued in part by chromosome 3 duplication. This study defines genomic and phenotypic correlates of cancer aneuploidy and provides an experimental approach to study chromosome arm aneuploidy.

Summary

 DNA damage repair (DDR) pathways modulate cancer risk, progression, and therapeutic response. We systematically analyzed somatic alterations to provide a comprehensive view of DDR deficiency across 33 cancer types. Mutations with accompanying loss of heterozygosity were observed in over 1/3 of DDR genes, including TP53 and BRCA1/2. Other prevalent alterations included epigenetic silencing of the direct repair genes EXO5, MGMT, and ALKBH3 in ∼20% of samples. Homologous recombination deficiency (HRD) was present at varying frequency in many cancer types, most notably ovarian cancer. However, in contrast to ovarian cancer, HRD was associated with worse outcomes in several other cancers. Protein structure-based analyses allowed us to predict functional consequences of rare, recurrent DDR mutations. A new machine-learning-based classifier developed from gene expression data allowed us to identify alterations that phenocopy deleterious TP53 mutations. These frequent DDR gene alterations in many human cancers have functional consequences that may determine cancer progression and guide therapy.

We conducted the largest investigation of predisposition variants in cancer to date, discovering 853 pathogenic or likely pathogenic variants in 8% of 10,389 cases from 33 cancer types. Twenty-one genes showed single or cross-cancer associations, including novel associations of SDHA in melanoma and PALB2 in stomach adenocarcinoma. The 659 predisposition variants and 18 additional large deletions in tumor suppressors, including ATM, BRCA1, and NF1, showed low gene expression and frequent (43%) loss of heterozygosity or biallelic two-hit events. We also discovered 33 such variants in oncogenes, including missenses in MET, RET, and PTPN11 associated with high gene expression. We nominated 47 additional predisposition variants from prioritized VUSs supported by multiple evidences involving case-control frequency, loss of heterozygosity, expression effect, and co-localization with mutations and modified residues. Our integrative approach links rare predisposition variants to functional consequences, informing future guidelines of variant classification and germline genetic testing in cancer.

We analyzed molecular data on 2,579 tumors from The Cancer Genome Atlas (TCGA) of four gynecological types plus breast. Our aims were to identify shared and unique molecular features, clinically significant subtypes, and potential therapeutic targets. We found 61 somatic copy-number alterations (SCNAs) and 46 significantly mutated genes (SMGs). Eleven SCNAs and 11 SMGs had not been identified in previous TCGA studies of the individual tumor types. We found functionally significant estrogen receptor-regulated long non-coding RNAs (lncRNAs) and gene/lncRNA interaction networks. Pathway analysis identified subtypes with high leukocyte infiltration, raising potential implications for immunotherapy. Using 16 key molecular features, we identified five prognostic subtypes and developed a decision tree that classified patients into the subtypes based on just six features that are assessable in clinical laboratories.

An American Hepato-Pancreato-Biliary Association (AHPBA)-sponsored consensus meeting of expert panellists was convened on 15 January 2014 to review current evidence on the management of gallbladder carcinoma in order to establish practice guidelines. In summary, within high incidence areas, the assessment of routine gallbladder specimens should include the microscopic evaluation of a minimum of three sections and the cystic duct margin; specimens with dysplasia or proven cancer should be extensively sampled. Provided the patient is medically fit for surgery, data support the resection of all gallbladder polyps of >1.0 cm in diameter and those with imaging evidence of vascular stalks. The minimum staging evaluation of patients with suspected or proven gallbladder cancer includes contrasted cross-sectional imaging and diagnostic laparoscopy. Adequate lymphadenectomy includes assessment of any suspicious regional nodes, evaluation of the aortocaval nodal basin, and a goal recovery of at least six nodes. Patients with confirmed metastases to N2 nodal stations do not benefit from radical resection and should receive systemic and/or palliative treatments. Primary resection of patients with early T-stage (T1b–2) disease should include en bloc resection of adjacent liver parenchyma. Patients with T1b, T2 or T3 disease that is incidentally identified in a cholecystectomy specimen should undergo re-resection unless this is contraindicated by advanced disease or poor performance status. Re-resection should include complete portal lymphadenectomy and bile duct resection only when needed to achieve a negative margin (R0) resection. Patients with preoperatively staged T3 or T4 N1 disease should be considered for clinical trials of neoadjuvant chemotherapy. Following R0 resection of T2–4 disease in N1 gallbladder cancer, patients should be considered for adjuvant systemic chemotherapy and/or chemoradiotherapy.

In Brief Objective: The authors sought to validate the ISGPF classification scheme in a large cohort of patients following pancreaticoduodenectomy (PD) in a pancreaticobiliary surgical specialty unit. Summary Background Data: Definitions of postoperative pancreatic fistula vary widely, precluding accurate comparisons of surgical techniques and experiences. The ISGPF has proposed a classification scheme for pancreatic fistula based on clinical parameters; yet it has not been rigorously tested or validated. Methods: Between October 2001 and 2005, 176 consecutive patients underwent PD with a single drain placed. Pancreatic fistula was defined by ISGPF criteria. Cases were divided into four categories: no fistula; biochemical fistula without clinical sequelae (grade A), fistula requiring any therapeutic intervention (grade B), and fistula with severe clinical sequelae (grade C). Clinical and economic outcomes were analyzed across all grades. Results: More than two thirds of all patients had no evidence of fistula. Grade A fistulas occurred 15% of the time, grade B 12%, and grade C 3%. All measurable outcomes were equivalent between the no fistula and grade A classes. Conversely, costs, duration of stay, ICU duration, and disposition acuity progressively increased from grade A to C. Resource utilization similarly escalated by grade. Conclusions: Biochemical evidence of pancreatic fistula alone has no clinical consequence and does not result in increased resource utilization. Increasing fistula grades have negative clinical and economic impacts on patients and their healthcare resources. These findings validate the ISGPF classification scheme for pancreatic fistula. Widely varying definitions of postoperative pancreatic fistula preclude accurate and objective comparisons of surgical techniques and clinical outcomes. The International Study Group on Pancreatic Fistula (ISGPF) classification scheme, originally proposed to establish consensus, is validated herein according to numerous clinical and economic parameters.

In Brief BACKGROUND: The decision as to whether a patient can tolerate surgery is often subjective and can misjudge a patient's true physiologic state. The concept of frailty is an important assessment tool in the geriatric medical population, but has only recently gained attention in surgical patients. Frailty potentially represents a measureable phenotype, which, if quantified with a standardized protocol, could reliably estimate the risk of adverse surgical outcomes. STUDY DESIGN: Frailty was prospectively evaluated in the clinic setting in patients consenting for major general, oncologic, and urologic procedures. Evaluation included an established assessment tool (Hopkins Frailty Score), self-administered questionnaires, clinical assessment of performance status, and biochemical measures. Primary outcome was 30-day postoperative complications. RESULTS: There were189 patients evaluated: 117 from urology, 52 from surgical oncology, and 20 from general surgery clinics. Mean age was 62 years, 59.8% were male, and 71.4% were Caucasian. Patients who scored intermediately frail or frail on the Hopkins Frailty Score were more likely to experience postoperative complications (odds ratio [OR] 2.07, 95% CI 1.05 to 4.08, p = 0.036). Of all other preoperative assessment tools, only higher hemoglobin (p = 0.033) had a significant association and was protective for 30-day complications. CONCLUSIONS: The aggregate score of patients as “intermediately frail or frail” on the Hopkins Frailty Score was predictive of a patient experiencing a postoperative complication. This preoperative assessment tool may prove beneficial when weighing the risks and benefits of surgery, allowing objective data to guide surgical decision-making and patient counseling. The aggregate score of patients as “intermediately frail or frail” on the Hopkins Frailty Score was predictive of a patient experiencing a postoperative complication. This preoperative assessment tool may prove beneficial when weighing the risks and benefits of surgery, allowing objective data to guide surgical decision-making and patient counseling.

Highlights•SCCs show chromosome or methylation alterations affecting multiple related genes•These regulate squamous stemness, differentiation, growth, survival, and inflammation•Copy-quiet SCCs have hypermethylated (FANCF, TET1) or mutated (CASP8, MAPK-RAS) genes•Potential targets include ΔNp63, WEE1, IAPs, PI3K-mTOR/MAPK, and immune responsesSummaryThis integrated, multiplatform PanCancer Atlas study co-mapped and identified distinguishing molecular features of squamous cell carcinomas (SCCs) from five sites associated with smoking and/or human papillomavirus (HPV). SCCs harbor 3q, 5p, and other recurrent chromosomal copy-number alterations (CNAs), DNA mutations, and/or aberrant methylation of genes and microRNAs, which are correlated with the expression of multi-gene programs linked to squamous cell stemness, epithelial-to-mesenchymal differentiation, growth, genomic integrity, oxidative damage, death, and inflammation. Low-CNA SCCs tended to be HPV(+) and display hypermethylation with repression of TET1 demethylase and FANCF, previously linked to predisposition to SCC, or harbor mutations affecting CASP8, RAS-MAPK pathways, chromatin modifiers, and immunoregulatory molecules. We uncovered hypomethylation of the alternative promoter that drives expression of the ΔNp63 oncogene and embedded miR944. Co-expression of immune checkpoint, T-regulatory, and Myeloid suppressor cells signatures may explain reduced efficacy of immune therapy. These findings support possibilities for molecular classification and therapeutic approaches.Graphical abstract

Abstract Background Grade 1/2 PanNETs are mostly managed similarly, typically without any adjunct treatment with the belief that their overall metastasis rate is low. In oncology literature, Ki67-index of 10% is increasingly being used as the cutoff in stratifying patients to different protocols, although there are no systematic pathology-based studies supporting this approach. Methods Ki67-index was correlated with clinicopathologic parameters in 190 resected PanNETs. A validation cohort ( n = 145) was separately analyzed. Results In initial cohort, maximally selected rank statistics method revealed 12% to be the discriminatory cutoff (close to 10% rule of thumb). G2b cases had liver/distant metastasis rate of almost threefold higher than that of G2a and showed significantly higher frequency of all histopathologic signs of aggressiveness (tumor size, perineural/vascular invasion, infiltrative growth pattern, lymph node metastasis). In validation cohort, these figures were as striking. When all cases were analyzed together, compared with G1, the G2b category had nine times higher liver/distant metastasis rate (6.1 vs. 58.5%; p < 0.001) and three times higher lymph node metastasis rate (20.5 vs. 65.1%; p < 0.001). Conclusions G2b PanNETs act very similar to G3, supporting management protocols that regard them as potential therapy candidates. Concerning local management, metastatic behavior in G2b cases indicate they may not be as amenable for conservative approaches, such as watchful waiting or enucleation. This substaging should be considered into diagnostic guidelines, and clinical trials need to be devised to determine the more appropriate management protocols for G2b (10% to ≤ 20%) group, which shows liver/distant metastasis in more than half of the cases, which at minimum warrants closer follow-up.