Purpose There is no effective therapy for patients with advanced medullary thyroid carcinoma (MTC). Vandetanib, a once-daily oral inhibitor of RET kinase, vascular endothelial growth factor receptor, and epidermal growth factor receptor signaling, has previously shown antitumor activity in a phase II study of patients with advanced hereditary MTC. Patients and Methods Patients with advanced MTC were randomly assigned in a 2:1 ratio to receive vandetanib 300 mg/d or placebo. On objective disease progression, patients could elect to receive open-label vandetanib. The primary end point was progression-free survival (PFS), determined by independent central Response Evaluation Criteria in Solid Tumors (RECIST) assessments. Results Between December 2006 and November 2007, 331 patients (mean age, 52 years; 90% sporadic; 95% metastatic) were randomly assigned to receive vandetanib (231) or placebo (100). At data cutoff (July 2009; median follow-up, 24 months), 37% of patients had progressed and 15% had died. The study met its primary objective of PFS prolongation with vandetanib versus placebo (hazard ratio [HR], 0.46; 95% CI, 0.31 to 0.69; P < .001). Statistically significant advantages for vandetanib were also seen for objective response rate (P < .001), disease control rate (P = .001), and biochemical response (P < .001). Overall survival data were immature at data cutoff (HR, 0.89; 95% CI, 0.48 to 1.65). A final survival analysis will take place when 50% of the patients have died. Common adverse events (any grade) occurred more frequently with vandetanib compared with placebo, including diarrhea (56% v 26%), rash (45% v 11%), nausea (33% v 16%), hypertension (32% v 5%), and headache (26% v 9%). Conclusion Vandetanib demonstrated therapeutic efficacy in a phase III trial of patients with advanced MTC (ClinicalTrials.gov NCT00410761).

Everolimus, an oral inhibitor of the mammalian target of rapamycin (mTOR), has shown antitumour activity in patients with advanced pancreatic neuroendocrine tumours. We aimed to assess the combination of everolimus plus octreotide long-acting repeatable (LAR) in patients with low-grade or intermediate-grade neuroendocrine tumours (carcinoid).We did a randomised, double-blind, placebo-controlled, phase 3 study comparing 10 mg per day oral everolimus with placebo, both in conjunction with 30 mg intramuscular octreotide LAR every 28 days. Randomisation was by interactive voice response systems. Participants were aged 18 years or older, with low-grade or intermediate-grade advanced (unresectable locally advanced or distant metastatic) neuroendocrine tumours, and disease progression established by radiological assessment within the past 12 months. Our primary endpoint was progression-free survival. Adjusted for two interim analyses, the prespecified boundary at final analysis was p≤0·0246. This study is registered at ClinicalTrials.gov, number NCT00412061.429 individuals were randomly assigned to study groups; 357 participants discontinued study treatment and one was lost to follow-up. Median progression-free survival by central review was 16·4 (95% CI 13·7-21·2) months in the everolimus plus octreotide LAR group and 11·3 (8·4-14·6) months in the placebo plus octreotide LAR group (hazard ratio 0·77, 95% CI 0·59-1·00; one-sided log-rank test p=0·026). Drug-related adverse events (everolimus plus octreotide LAR vs placebo plus octreotide LAR) were mostly grade 1 or 2, and adverse events of all grades included stomatitis (62%vs 14%), rash (37%vs 12%), fatigue (31%vs 23%), and diarrhoea (27%vs 16%).Everolimus plus octreotide LAR, compared with placebo plus octreotide LAR, improved progression-free survival in patients with advanced neuroendocrine tumours associated with carcinoid syndrome.Novartis Pharmaceuticals.

Aneuploidy, whole chromosome or chromosome arm imbalance, is a near-universal characteristic of human cancers. In 10,522 cancer genomes from The Cancer Genome Atlas, aneuploidy was correlated with TP53 mutation, somatic mutation rate, and expression of proliferation genes. Aneuploidy was anti-correlated with expression of immune signaling genes, due to decreased leukocyte infiltrates in high-aneuploidy samples. Chromosome arm-level alterations show cancer-specific patterns, including loss of chromosome arm 3p in squamous cancers. We applied genome engineering to delete 3p in lung cells, causing decreased proliferation rescued in part by chromosome 3 duplication. This study defines genomic and phenotypic correlates of cancer aneuploidy and provides an experimental approach to study chromosome arm aneuploidy.

Summary

 DNA damage repair (DDR) pathways modulate cancer risk, progression, and therapeutic response. We systematically analyzed somatic alterations to provide a comprehensive view of DDR deficiency across 33 cancer types. Mutations with accompanying loss of heterozygosity were observed in over 1/3 of DDR genes, including TP53 and BRCA1/2. Other prevalent alterations included epigenetic silencing of the direct repair genes EXO5, MGMT, and ALKBH3 in ∼20% of samples. Homologous recombination deficiency (HRD) was present at varying frequency in many cancer types, most notably ovarian cancer. However, in contrast to ovarian cancer, HRD was associated with worse outcomes in several other cancers. Protein structure-based analyses allowed us to predict functional consequences of rare, recurrent DDR mutations. A new machine-learning-based classifier developed from gene expression data allowed us to identify alterations that phenocopy deleterious TP53 mutations. These frequent DDR gene alterations in many human cancers have functional consequences that may determine cancer progression and guide therapy.

ENETS Consensus Guidelines for the Management of Patients with Liver and Other Distant Metastases from Neuroendocrine Neoplasms of Foregut, Midgut, Hindgut, and Unknown Primary

We randomly assigned 304 patients with advanced adrenocortical carcinoma to receive mitotane plus either a combination of etoposide (100 mg per square meter of body-surface area on days 2 to 4), doxorubicin (40 mg per square meter on day 1), and cisplatin (40 mg per square meter on days 3 and 4) (EDP) every 4 weeks or streptozocin (streptozotocin) (1 g on days 1 to 5 in cycle 1; 2 g on day 1 in subsequent cycles) every 3 weeks. Patients with disease progression received the alternative regimen as second-line therapy. The primary end point was overall survival.

We conducted the largest investigation of predisposition variants in cancer to date, discovering 853 pathogenic or likely pathogenic variants in 8% of 10,389 cases from 33 cancer types. Twenty-one genes showed single or cross-cancer associations, including novel associations of SDHA in melanoma and PALB2 in stomach adenocarcinoma. The 659 predisposition variants and 18 additional large deletions in tumor suppressors, including ATM, BRCA1, and NF1, showed low gene expression and frequent (43%) loss of heterozygosity or biallelic two-hit events. We also discovered 33 such variants in oncogenes, including missenses in MET, RET, and PTPN11 associated with high gene expression. We nominated 47 additional predisposition variants from prioritized VUSs supported by multiple evidences involving case-control frequency, loss of heterozygosity, expression effect, and co-localization with mutations and modified residues. Our integrative approach links rare predisposition variants to functional consequences, informing future guidelines of variant classification and germline genetic testing in cancer.

Purpose No established treatment exists for pancreatic neuroendocrine tumor (NET) progression after failure of chemotherapy. Everolimus (RAD001), an oral inhibitor of mammalian target of rapamycin, in combination with octreotide has demonstrated encouraging antitumor activity in patients with NETs. Patients and Methods This open-label, phase II study assessed the clinical activity of everolimus in patients with metastatic pancreatic NETs who experienced progression on or after chemotherapy. Patients were stratified by prior octreotide therapy (stratum 1: everolimus 10 mg/d, n = 115; stratum 2: everolimus 10 mg/d plus octreotide long-acting release [LAR], n = 45). Tumor assessments (using Response Evaluation Criteria in Solid Tumors) were performed every 3 months. Chromogranin A (CgA) and neuron-specific enolase (NSE) were assessed monthly if elevated at baseline. Trough concentrations of everolimus and octreotide were assessed. Results By central radiology review, in stratum 1, there were 11 partial responses (9.6%), 78 patients (67.8%) with stable disease (SD), and 16 patients (13.9%) with progressive disease; median progression-free survival (PFS) was 9.7 months. In stratum 2, there were two partial responses (4.4%), 36 patients (80%) with SD, and no patients with progressive disease; median PFS was 16.7 months. Patients with an early CgA or NSE response had a longer PFS compared with patients without an early response. Coadministration of octreotide LAR and everolimus did not impact exposure to either drug. Most adverse events were mild to moderate and were consistent with those previously seen with everolimus. Conclusion Daily everolimus, with or without concomitant octreotide LAR, demonstrates antitumor activity as measured by objective response rate and PFS and is well tolerated in patients with advanced pancreatic NETs after failure of prior systemic chemotherapy.

Purpose To assess the yield and the clinical value of systematic screening of susceptibility genes for patients with pheochromocytoma (pheo) or functional paraganglioma (pgl). Patients and Methods We studied 314 patients with a pheo or a functional pgl, including 56 patients having a family history and/or a syndromic presentation and 258 patients having an apparently sporadic presentation. Clinical data and blood samples were collected, and all five major pheo-pgl susceptibility genes (RET, VHL, SDHB, SDHD, and SDHC) were screened. Neurofibromatosis type 1 was diagnosed from phenotypic criteria. Results We have identified 86 patients (27.4%) with a hereditary tumor. Among the 56 patients with a family/syndromic presentation, 13 have had neurofibromatosis type 1, and germline mutations on the VHL, RET, SDHD, and SDHB genes were present in 16, 15, nine, and three patients, respectively. Among the 258 patients with an apparently sporadic presentation, 30 (11.6%) had a germline mutation (18 patients on SDHB, nine patients on VHL, two patients on SDHD, and one patient on RET). Mutation carriers were younger and more frequently had bilateral or extra-adrenal tumors. In patients with an SDHB mutation, the tumors were larger, more frequently extra-adrenal, and malignant. Conclusion Genetic testing oriented by family/sporadic presentation should be proposed to all patients with pheo or functional pgl. We suggest an algorithm that would allow the confirmation of suspected inherited disease as well as the diagnosis of unexpected inherited disease.

We report a comprehensive molecular characterization of pheochromocytomas and paragangliomas (PCCs/PGLs), a rare tumor type. Multi-platform integration revealed that PCCs/PGLs are driven by diverse alterations affecting multiple genes and pathways. Pathogenic germline mutations occurred in eight PCC/PGL susceptibility genes. We identified CSDE1 as a somatically mutated driver gene, complementing four known drivers (HRAS, RET, EPAS1, and NF1). We also discovered fusion genes in PCCs/PGLs, involving MAML3, BRAF, NGFR, and NF1. Integrated analysis classified PCCs/PGLs into four molecularly defined groups: a kinase signaling subtype, a pseudohypoxia subtype, a Wnt-altered subtype, driven by MAML3 and CSDE1, and a cortical admixture subtype. Correlates of metastatic PCCs/PGLs included the MAML3 fusion gene. This integrated molecular characterization provides a comprehensive foundation for developing PCC/PGL precision medicine.