VC
Vishal Chandan
Author with expertise in Genomic Landscape of Cancer and Mutational Signatures
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
6
(100% Open Access)
Cited by:
3,240
h-index:
63
/
i10-index:
101
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
6

Genomic and Functional Approaches to Understanding Cancer Aneuploidy

Alison Taylor et al.Apr 1, 2018
+736
G
J
A
Aneuploidy, whole chromosome or chromosome arm imbalance, is a near-universal characteristic of human cancers. In 10,522 cancer genomes from The Cancer Genome Atlas, aneuploidy was correlated with TP53 mutation, somatic mutation rate, and expression of proliferation genes. Aneuploidy was anti-correlated with expression of immune signaling genes, due to decreased leukocyte infiltrates in high-aneuploidy samples. Chromosome arm-level alterations show cancer-specific patterns, including loss of chromosome arm 3p in squamous cancers. We applied genome engineering to delete 3p in lung cells, causing decreased proliferation rescued in part by chromosome 3 duplication. This study defines genomic and phenotypic correlates of cancer aneuploidy and provides an experimental approach to study chromosome arm aneuploidy.
6
Citation873
0
Save
2

Genomic and Molecular Landscape of DNA Damage Repair Deficiency across The Cancer Genome Atlas

Mark Rubin et al.Apr 1, 2018
+753
M
L
M

Summary

 DNA damage repair (DDR) pathways modulate cancer risk, progression, and therapeutic response. We systematically analyzed somatic alterations to provide a comprehensive view of DDR deficiency across 33 cancer types. Mutations with accompanying loss of heterozygosity were observed in over 1/3 of DDR genes, including TP53 and BRCA1/2. Other prevalent alterations included epigenetic silencing of the direct repair genes EXO5MGMT, and ALKBH3 in ∼20% of samples. Homologous recombination deficiency (HRD) was present at varying frequency in many cancer types, most notably ovarian cancer. However, in contrast to ovarian cancer, HRD was associated with worse outcomes in several other cancers. Protein structure-based analyses allowed us to predict functional consequences of rare, recurrent DDR mutations. A new machine-learning-based classifier developed from gene expression data allowed us to identify alterations that phenocopy deleterious TP53 mutations. These frequent DDR gene alterations in many human cancers have functional consequences that may determine cancer progression and guide therapy.
2
Citation870
0
Save
4

Pathogenic Germline Variants in 10,389 Adult Cancers

Kuan‐lin Huang et al.Apr 1, 2018
+755
J
M
K
We conducted the largest investigation of predisposition variants in cancer to date, discovering 853 pathogenic or likely pathogenic variants in 8% of 10,389 cases from 33 cancer types. Twenty-one genes showed single or cross-cancer associations, including novel associations of SDHA in melanoma and PALB2 in stomach adenocarcinoma. The 659 predisposition variants and 18 additional large deletions in tumor suppressors, including ATM, BRCA1, and NF1, showed low gene expression and frequent (43%) loss of heterozygosity or biallelic two-hit events. We also discovered 33 such variants in oncogenes, including missenses in MET, RET, and PTPN11 associated with high gene expression. We nominated 47 additional predisposition variants from prioritized VUSs supported by multiple evidences involving case-control frequency, loss of heterozygosity, expression effect, and co-localization with mutations and modified residues. Our integrative approach links rare predisposition variants to functional consequences, informing future guidelines of variant classification and germline genetic testing in cancer.
4
Citation687
0
Save
4

A Comprehensive Pan-Cancer Molecular Study of Gynecologic and Breast Cancers

Zhenlin Ju et al.Apr 1, 2018
+740
S
H
Z
We analyzed molecular data on 2,579 tumors from The Cancer Genome Atlas (TCGA) of four gynecological types plus breast. Our aims were to identify shared and unique molecular features, clinically significant subtypes, and potential therapeutic targets. We found 61 somatic copy-number alterations (SCNAs) and 46 significantly mutated genes (SMGs). Eleven SCNAs and 11 SMGs had not been identified in previous TCGA studies of the individual tumor types. We found functionally significant estrogen receptor-regulated long non-coding RNAs (lncRNAs) and gene/lncRNA interaction networks. Pathway analysis identified subtypes with high leukocyte infiltration, raising potential implications for immunotherapy. Using 16 key molecular features, we identified five prognostic subtypes and developed a decision tree that classified patients into the subtypes based on just six features that are assessable in clinical laboratories.
4
Citation535
0
Save
3

Genomic, Pathway Network, and Immunologic Features Distinguishing Squamous Carcinomas

Joshua Campbell et al.Apr 1, 2018
+751
R
C
J
This integrated, multiplatform PanCancer Atlas study co-mapped and identified distinguishing molecular features of squamous cell carcinomas (SCCs) from five sites associated with smoking and/or human papillomavirus (HPV). SCCs harbor 3q, 5p, and other recurrent chromosomal copy-number alterations (CNAs), DNA mutations, and/or aberrant methylation of genes and microRNAs, which are correlated with the expression of multi-gene programs linked to squamous cell stemness, epithelial-to-mesenchymal differentiation, growth, genomic integrity, oxidative damage, death, and inflammation. Low-CNA SCCs tended to be HPV(+) and display hypermethylation with repression of TET1 demethylase and FANCF, previously linked to predisposition to SCC, or harbor mutations affecting CASP8, RAS-MAPK pathways, chromatin modifiers, and immunoregulatory molecules. We uncovered hypomethylation of the alternative promoter that drives expression of the ΔNp63 oncogene and embedded miR944. Co-expression of immune checkpoint, T-regulatory, and Myeloid suppressor cells signatures may explain reduced efficacy of immune therapy. These findings support possibilities for molecular classification and therapeutic approaches.
3
Citation275
0
Save
0

Limitations of the Location-Based and Polyp-Based Resect and Discard Strategies

Barnabas Yik et al.Jun 1, 2024
W
V
N
B
Background and AimsLocation-Based Resect and Discard (LBRD) and Polyp-Based Resect and Discard (PBRD) are two recently proposed strategies to minimize the cost of colonoscopy screening and surveillance. Our study applied these strategies to our colonoscopy database retrospectively to determine the applicability of these strategies in our screening and surveillance colonoscopy population.Methods6024 elective screening, surveillance, or diagnostic colonoscopies performed at the University of California, Irvine, were analyzed. We compared the LBRD and PBRD recommendations with long and short 2020 USMSTF surveillance interval recommendations. The primary outcome was the achievement of the 90% agreement threshold set by the American Society of Gastrointestinal Endoscopy (ASGE) Preservation and Incorporation of Valuable Endoscopic Innovations (PIVI).ResultsThe LBRD strategy achieved 88.0% and 71.6% concordance with the longer and shorter 2020 USMSTF recommendation guidelines, respectively. The PBRD strategy only applied to 65.4% of procedures, with the remaining third still requiring pathological evaluation. Among the applicable procedures, the PBRD strategy achieved 94.2% and 38.6% concordance with the longer and shorter USMSTF recommendation guidelines, respectively.ConclusionsThe PBRD strategy met the 90% PIVI threshold only when using the longer USMSTF recommendations, but concordance dropped to 38.6% when using the shorter surveillance intervals, which are commonly used in the United States. While resect and discard may decrease reliance on pathology, these two strategies do not achieve the level of concordance required to replace the use of pathology for diminutive polyps in our population.