Aneuploidy, whole chromosome or chromosome arm imbalance, is a near-universal characteristic of human cancers. In 10,522 cancer genomes from The Cancer Genome Atlas, aneuploidy was correlated with TP53 mutation, somatic mutation rate, and expression of proliferation genes. Aneuploidy was anti-correlated with expression of immune signaling genes, due to decreased leukocyte infiltrates in high-aneuploidy samples. Chromosome arm-level alterations show cancer-specific patterns, including loss of chromosome arm 3p in squamous cancers. We applied genome engineering to delete 3p in lung cells, causing decreased proliferation rescued in part by chromosome 3 duplication. This study defines genomic and phenotypic correlates of cancer aneuploidy and provides an experimental approach to study chromosome arm aneuploidy.

Summary

 DNA damage repair (DDR) pathways modulate cancer risk, progression, and therapeutic response. We systematically analyzed somatic alterations to provide a comprehensive view of DDR deficiency across 33 cancer types. Mutations with accompanying loss of heterozygosity were observed in over 1/3 of DDR genes, including TP53 and BRCA1/2. Other prevalent alterations included epigenetic silencing of the direct repair genes EXO5, MGMT, and ALKBH3 in ∼20% of samples. Homologous recombination deficiency (HRD) was present at varying frequency in many cancer types, most notably ovarian cancer. However, in contrast to ovarian cancer, HRD was associated with worse outcomes in several other cancers. Protein structure-based analyses allowed us to predict functional consequences of rare, recurrent DDR mutations. A new machine-learning-based classifier developed from gene expression data allowed us to identify alterations that phenocopy deleterious TP53 mutations. These frequent DDR gene alterations in many human cancers have functional consequences that may determine cancer progression and guide therapy.

Hepatic metastases from neuroendocrine tumors have a protracted natural history and are associated with endocrinopathies. Resection is indicated for symptom control. Previous reports have suggested improvement in survival for patients undergoing debulking procedures.The records of all consecutive patients undergoing resection of hepatic metastases from neuroendocrine tumors between 1977 and 1998 were reviewed. Tumors were classified according to histology, endocrine activity, and primary location. Patients lost to followup before 1 year were excluded. Followups were based on outpatient evaluations and were updated by correspondence. The Kaplan-Meier method was used to generate survival and recurrence curves, and the log-rank test was used for comparison.A total of 170 patients fulfilled the inclusion criteria, of whom 73 were men. Mean age (+/-SD) was 57 (+/-11.5) years. Carcinoid (n = 120) and nonfunctioning islet cell tumors (n = 18) predominated; the ileum (n = 85) and the pancreas (n = 52) were the most common primary sites. Major hepatectomy (one or more lobes) was performed in 91 patients (54%). The postoperative complication rate was 14%, and two patients died (1.2%). Operation controlled symptoms in 104 of 108 patients, but the recurrence rate at 5 years was 59%. Operation decreased 5-hydroxyindoleacetic acid levels considerably, and no patient experienced carcinoid heart disease postoperatively. Recurrence rate was 84% at 5 years. Overall survival was 61% and 35% at 5 and 10 years, respectively, with no difference between carcinoid and islet cell tumors.Hepatic resection for metastatic neuroendocrine tumors is safe and achieves symptom control in most patients. Debulking extends survival, although recurrence is expected. Hepatic resection is justified by its effects on survival and quality of life.

We conducted the largest investigation of predisposition variants in cancer to date, discovering 853 pathogenic or likely pathogenic variants in 8% of 10,389 cases from 33 cancer types. Twenty-one genes showed single or cross-cancer associations, including novel associations of SDHA in melanoma and PALB2 in stomach adenocarcinoma. The 659 predisposition variants and 18 additional large deletions in tumor suppressors, including ATM, BRCA1, and NF1, showed low gene expression and frequent (43%) loss of heterozygosity or biallelic two-hit events. We also discovered 33 such variants in oncogenes, including missenses in MET, RET, and PTPN11 associated with high gene expression. We nominated 47 additional predisposition variants from prioritized VUSs supported by multiple evidences involving case-control frequency, loss of heterozygosity, expression effect, and co-localization with mutations and modified residues. Our integrative approach links rare predisposition variants to functional consequences, informing future guidelines of variant classification and germline genetic testing in cancer.

We analyzed molecular data on 2,579 tumors from The Cancer Genome Atlas (TCGA) of four gynecological types plus breast. Our aims were to identify shared and unique molecular features, clinically significant subtypes, and potential therapeutic targets. We found 61 somatic copy-number alterations (SCNAs) and 46 significantly mutated genes (SMGs). Eleven SCNAs and 11 SMGs had not been identified in previous TCGA studies of the individual tumor types. We found functionally significant estrogen receptor-regulated long non-coding RNAs (lncRNAs) and gene/lncRNA interaction networks. Pathway analysis identified subtypes with high leukocyte infiltration, raising potential implications for immunotherapy. Using 16 key molecular features, we identified five prognostic subtypes and developed a decision tree that classified patients into the subtypes based on just six features that are assessable in clinical laboratories.

Metastatic neuroendocrine malignancies frequently cause incapacitating endocrinopathies, and metastases predominant in the liver. Hepatic resection of metastases from such tumors is attractive because the natural history of neuroendocrine tumors is protracted, clinical severity of the endocrinopathy correlates with tumor volume, and local and intrahepatic growth characteristics often allow complete resection.To define the role of hepatic resection for metastatic neuroendocrine tumors, the records of 74 patients who underwent hepatic resection for such tumors between 1984 and 1992 were reviewed. Neuroendocrine tumors were classified by site of origin and clinical endocrinopathy. Survival, and type and duration of symptomatic response, were assessed as the major outcomes of this study.There were 50 carcinoid, 23 islet-cell, and 1 atypical neuroendocrine tumors. Resections included 36 hemihepatectomies or extended hepatectomies and 38 nonanatomic resections. Thirty-eight primary tumors were resected concomitantly. Perioperative mortality was 2.7% and morbidity was 24%. Four-year survival was 73%. Overall postoperative symptomatic response rate was 90% with a mean duration of response of 19.3 months.Hepatic resection for metastatic neuroendocrine malignancies is safe, provides effective palliation, and probably prolongs survival.

In Brief Objective: To directly compare the oncologic outcomes of TLPD and OPD in the setting of pancreatic ductal adenocarcinoma. Background: Total laparoscopic pancreaticoduodenectomy (TLPD) has been demonstrated to be feasible and may have several potential advantages over open pancreaticoduodenectomy (OPD), including lower blood loss and shorter hospital stay. Whether potential advantages could allow patients to recover in a timelier manner and pursue adjuvant treatment options remains to be answered. Methods: We reviewed data for all patients undergoing TLPD (N = 108) or OPD (N = 214) for pancreatic ductal adenocarcinoma at our institution between January 2008 and July 2013. Results: Neoadjuvant therapy, tumor size, node positivity, and margin-positive resection were not significantly different between the 2 groups. Median length of hospital stay was significantly longer in the OPD group (9 days; range, 5–73 days) than in the TLPD group (6 days; range, 4–118 days; P < 0.001). There was a significantly higher proportion of patients in the OPD group (12%) who had a delay of greater than 90 days or who did not receive adjuvant chemotherapy at all compared with that in the TLPD group (5%; P = 0.04). There was no significant difference in overall survival between the 2 groups (P = 0.22). A significantly longer progression-free survival was seen in the TLPD group than in the OPD group (P = 0.03). Conclusions: TLPD is not only feasible in the setting of pancreatic ductal adenocarcinoma but also has advantages such as shorter hospital stay and faster recovery, allowing patients to recover in a timelier manner and pursue adjuvant treatment options. This study also demonstrated a longer progression-free survival in patients undergoing TLPD than those undergoing OPD. The oncologic outcomes of total laparoscopic pancreaticoduodenenctomy (TLPD) and open pancreaticoduodenectomy (OPD) in the treatment of pancreatic ductal adenocarcinoma were compared. There was a lower proportion of patients in the TLPD group (5%) who had a delay of greater than 90 days or who did not receive adjuvant chemotherapy compared with that in the OPD group (12%).

This integrated, multiplatform PanCancer Atlas study co-mapped and identified distinguishing molecular features of squamous cell carcinomas (SCCs) from five sites associated with smoking and/or human papillomavirus (HPV). SCCs harbor 3q, 5p, and other recurrent chromosomal copy-number alterations (CNAs), DNA mutations, and/or aberrant methylation of genes and microRNAs, which are correlated with the expression of multi-gene programs linked to squamous cell stemness, epithelial-to-mesenchymal differentiation, growth, genomic integrity, oxidative damage, death, and inflammation. Low-CNA SCCs tended to be HPV(+) and display hypermethylation with repression of TET1 demethylase and FANCF, previously linked to predisposition to SCC, or harbor mutations affecting CASP8, RAS-MAPK pathways, chromatin modifiers, and immunoregulatory molecules. We uncovered hypomethylation of the alternative promoter that drives expression of the ΔNp63 oncogene and embedded miR944. Co-expression of immune checkpoint, T-regulatory, and Myeloid suppressor cells signatures may explain reduced efficacy of immune therapy. These findings support possibilities for molecular classification and therapeutic approaches.