Aneuploidy, whole chromosome or chromosome arm imbalance, is a near-universal characteristic of human cancers. In 10,522 cancer genomes from The Cancer Genome Atlas, aneuploidy was correlated with TP53 mutation, somatic mutation rate, and expression of proliferation genes. Aneuploidy was anti-correlated with expression of immune signaling genes, due to decreased leukocyte infiltrates in high-aneuploidy samples. Chromosome arm-level alterations show cancer-specific patterns, including loss of chromosome arm 3p in squamous cancers. We applied genome engineering to delete 3p in lung cells, causing decreased proliferation rescued in part by chromosome 3 duplication. This study defines genomic and phenotypic correlates of cancer aneuploidy and provides an experimental approach to study chromosome arm aneuploidy.

Summary

 DNA damage repair (DDR) pathways modulate cancer risk, progression, and therapeutic response. We systematically analyzed somatic alterations to provide a comprehensive view of DDR deficiency across 33 cancer types. Mutations with accompanying loss of heterozygosity were observed in over 1/3 of DDR genes, including TP53 and BRCA1/2. Other prevalent alterations included epigenetic silencing of the direct repair genes EXO5, MGMT, and ALKBH3 in ∼20% of samples. Homologous recombination deficiency (HRD) was present at varying frequency in many cancer types, most notably ovarian cancer. However, in contrast to ovarian cancer, HRD was associated with worse outcomes in several other cancers. Protein structure-based analyses allowed us to predict functional consequences of rare, recurrent DDR mutations. A new machine-learning-based classifier developed from gene expression data allowed us to identify alterations that phenocopy deleterious TP53 mutations. These frequent DDR gene alterations in many human cancers have functional consequences that may determine cancer progression and guide therapy.

We conducted the largest investigation of predisposition variants in cancer to date, discovering 853 pathogenic or likely pathogenic variants in 8% of 10,389 cases from 33 cancer types. Twenty-one genes showed single or cross-cancer associations, including novel associations of SDHA in melanoma and PALB2 in stomach adenocarcinoma. The 659 predisposition variants and 18 additional large deletions in tumor suppressors, including ATM, BRCA1, and NF1, showed low gene expression and frequent (43%) loss of heterozygosity or biallelic two-hit events. We also discovered 33 such variants in oncogenes, including missenses in MET, RET, and PTPN11 associated with high gene expression. We nominated 47 additional predisposition variants from prioritized VUSs supported by multiple evidences involving case-control frequency, loss of heterozygosity, expression effect, and co-localization with mutations and modified residues. Our integrative approach links rare predisposition variants to functional consequences, informing future guidelines of variant classification and germline genetic testing in cancer.

Purpose An increasing proportion of patients (> 30%) with node-positive breast cancer will obtain an axillary pathologic complete response after neoadjuvant chemotherapy (NAC). If sentinel node (SN) biopsy (SNB) is accurate in this setting, completion node dissection (CND) morbidity could be avoided. Patients and Methods In the prospective multicentric SN FNAC study, patients with biopsy-proven node-positive breast cancer (T0-3, N1-2) underwent both SNB and CND. Immunohistochemistry (IHC) use was mandatory, and SN metastases of any size, including isolated tumor cells (ypN0[i+], ≤ 0.2 mm), were considered positive. The optimal SNB identification rate (IR) ≥ 90% and false-negative rate (FNR) ≤ 10% were predetermined. Results From March 2009 to December 2012, 153 patients were accrued to the study. The SNB IR was 87.6% (127 of 145; 95% CI, 82.2% to 93.0%), and the FNR was 8.4% (seven of 83; 95% CI, 2.4% to 14.4%). If SN ypN0(i+)s had been considered negative, the FNR would have increased to 13.3% (11 of 83; 95% CI, 6.0% to 20.6%). There was no correlation between size of SN metastases and rate of positive non-SNs. Using this method, 30.3% of patients could potentially avoid CND. Conclusion In biopsy-proven node-positive breast cancer after NAC, a low SNB FNR (8.4%) can be achieved with mandatory use of IHC. SN metastases of any size should be considered positive. The SNB IR was 87.6%, and in the presence of a technical failure, axillary node dissection should be performed. We recommend that SN evaluation with IHC be further evaluated before being included in future guidelines on the use of SNB after NAC in this setting.

We analyzed molecular data on 2,579 tumors from The Cancer Genome Atlas (TCGA) of four gynecological types plus breast. Our aims were to identify shared and unique molecular features, clinically significant subtypes, and potential therapeutic targets. We found 61 somatic copy-number alterations (SCNAs) and 46 significantly mutated genes (SMGs). Eleven SCNAs and 11 SMGs had not been identified in previous TCGA studies of the individual tumor types. We found functionally significant estrogen receptor-regulated long non-coding RNAs (lncRNAs) and gene/lncRNA interaction networks. Pathway analysis identified subtypes with high leukocyte infiltration, raising potential implications for immunotherapy. Using 16 key molecular features, we identified five prognostic subtypes and developed a decision tree that classified patients into the subtypes based on just six features that are assessable in clinical laboratories.

The kinase inhibitor p27Kip1 regulates the G1 cell cycle phase. Here, we present data indicating that the oncogenic kinase Src regulates p27 stability through phosphorylation of p27 at tyrosine 74 and tyrosine 88. Src inhibitors increase cellular p27 stability, and Src overexpression accelerates p27 proteolysis. Src-phosphorylated p27 is shown to inhibit cyclin E-Cdk2 poorly in vitro, and Src transfection reduces p27-cyclin E-Cdk2 complexes. Our data indicate that phosphorylation by Src impairs the Cdk2 inhibitory action of p27 and reduces its steady-state binding to cyclin E-Cdk2 to facilitate cyclin E-Cdk2-dependent p27 proteolysis. Furthermore, we find that Src-activated breast cancer lines show reduced p27 and observe a correlation between Src activation and reduced nuclear p27 in 482 primary human breast cancers. Importantly, we report that in tamoxifen-resistant breast cancer cell lines, Src inhibition can increase p27 levels and restore tamoxifen sensitivity. These data provide a new rationale for Src inhibitors in cancer therapy.

Highlights•SCCs show chromosome or methylation alterations affecting multiple related genes•These regulate squamous stemness, differentiation, growth, survival, and inflammation•Copy-quiet SCCs have hypermethylated (FANCF, TET1) or mutated (CASP8, MAPK-RAS) genes•Potential targets include ΔNp63, WEE1, IAPs, PI3K-mTOR/MAPK, and immune responsesSummaryThis integrated, multiplatform PanCancer Atlas study co-mapped and identified distinguishing molecular features of squamous cell carcinomas (SCCs) from five sites associated with smoking and/or human papillomavirus (HPV). SCCs harbor 3q, 5p, and other recurrent chromosomal copy-number alterations (CNAs), DNA mutations, and/or aberrant methylation of genes and microRNAs, which are correlated with the expression of multi-gene programs linked to squamous cell stemness, epithelial-to-mesenchymal differentiation, growth, genomic integrity, oxidative damage, death, and inflammation. Low-CNA SCCs tended to be HPV(+) and display hypermethylation with repression of TET1 demethylase and FANCF, previously linked to predisposition to SCC, or harbor mutations affecting CASP8, RAS-MAPK pathways, chromatin modifiers, and immunoregulatory molecules. We uncovered hypomethylation of the alternative promoter that drives expression of the ΔNp63 oncogene and embedded miR944. Co-expression of immune checkpoint, T-regulatory, and Myeloid suppressor cells signatures may explain reduced efficacy of immune therapy. These findings support possibilities for molecular classification and therapeutic approaches.Graphical abstract

Background In 2017, the Canadian Partnership Against Cancer, a Canadian federally sponsored organisation, initiated a national multijurisdictional quality improvement (QI) initiative to maximise the use of synoptic data to drive cancer system improvements, known as the Evidence for Surgical Synoptic Quality Improvement Programme. The goal of our study was to evaluate the outcomes, determinants and learning of this nationally led initiative across six jurisdictions in Canada, integrating a mix of cancer surgery disease sites and clinicians. Methods A mixed-methods evaluation (surveys, semistructured interviews and focus groups) of this initiative was focused on the ability of each jurisdiction to use synoptic reporting data to successfully implement and sustain QI projects to beyond the completion of the initiative and the lessons learnt in the process. Resources provided to the jurisdictions included operational funding, training in QI methodology, national forums, expert coaches, and ad hoc monitoring and support. The programme emphasised foundational concepts of the QI process including data literacy, audit and feedback reports, communities of practice (CoP) and positive deviance methodology. Results 101 CoP meetings were held and 337 clinicians received feedback reports. There were 23 projects, and 22 of 23 (95%) showed improvements with 15 of 23 (65%) achieving the proposed targets. Enablers of effective data utilisation/feedback reports for QI included the need for clinicians to trust the data, have comparative data for feedback, and the engagement of both data scientists and clinicians in designing feedback reports. Enablers of sustainability of QI within each jurisdiction included QI training for clinicians, the ability to continue CoP meetings, executive and broad stakeholder engagement, and the ability to use pre-existing organisational infrastructures and processes. Barriers to continue QI work included lack of funding for core team members, lack of automated data collection processes and lack of clinician incentives (financial and other). Conclusion Success and sustainability in data-driven QI in cancer surgery require skills in QI methodology, data literacy and feedback, dedicated supportive personnel and an environment that promotes the process of collective learning and shared accountability. Building these capabilities in jurisdictional teams, tailoring interventions to facility contexts and strong leadership engagement will create the capacity for continued success in QI for cancer surgery.

As healthcare embraces the transformative potential of Artificial Intelligence (AI), it is imperative to safeguard patient and provider safety, equity, and trust in the healthcare system. This article outlines the approach taken by the British Columbia (BC) Provincial Health Services Authority (PHSA) to establish clinical governance for the responsible deployment of AI tools in healthcare. Leveraging its province-wide mandate and expertise, PHSA establishes the infrastructure and processes to proactively and systematically intake, assess, prioritize, and evaluate AI tools. PHSA proposes a coordinated approach in AI tool deployment in collaboration with regional health authorities to prevent duplication of efforts and ensure equitable access to existing and emerging AI tools across the province of BC, incorporating principles of anti-Indigenous racism, cultural safety, and humility. The proposed governance structure underscores the identification of clinical needs, proactive ethics review, rigorous risk assessment, data validation, transparent communication, provider training, and ongoing evaluation to ensure success.