Genetic discoveries of Alzheimer's disease are the drivers of our understanding, and together with polygenetic risk stratification can contribute towards planning of feasible and efficient preventive and curative clinical trials. We first perform a large genetic association study by merging all available case-control datasets and by-proxy study results (discovery n = 409,435 and validation size n = 58,190). Here, we add six variants associated with Alzheimer's disease risk (near APP, CHRNE, PRKD3/NDUFAF7, PLCG2 and two exonic variants in the SHARPIN gene). Assessment of the polygenic risk score and stratifying by APOE reveal a 4 to 5.5 years difference in median age at onset of Alzheimer's disease patients in APOE ɛ4 carriers. Because of this study, the underlying mechanisms of APP can be studied to refine the amyloid cascade and the polygenic risk score provides a tool to select individuals at high risk of Alzheimer's disease.

Since the beginning of the coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic, there has been increasing urgency to identify pathophysiological characteristics leading to severe clinical course in patients infected with severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Human leukocyte antigen alleles (HLA) have been suggested as potential genetic host factors that affect individual immune response to SARS-CoV-2. We sought to evaluate this hypothesis by conducting a multicenter study using HLA sequencing.We analyzed the association between COVID-19 severity and HLAs in 435 individuals from Germany (n = 135), Spain (n = 133), Switzerland (n = 20) and the United States (n = 147), who had been enrolled from March 2020 to August 2020. This study included patients older than 18 years, diagnosed with COVID-19 and representing the full spectrum of the disease. Finally, we tested our results by meta-analysing data from prior genome-wide association studies (GWAS).We describe a potential association of HLA-C*04:01 with severe clinical course of COVID-19. Carriers of HLA-C*04:01 had twice the risk of intubation when infected with SARS-CoV-2 (risk ratio 1.5 [95% CI 1.1-2.1], odds ratio 3.5 [95% CI 1.9-6.6], adjusted p-value = 0.0074). These findings are based on data from four countries and corroborated by independent results from GWAS. Our findings are biologically plausible, as HLA-C*04:01 has fewer predicted bindings sites for relevant SARS-CoV-2 peptides compared to other HLA alleles.HLA-C*04:01 carrier state is associated with severe clinical course in SARS-CoV-2. Our findings suggest that HLA class I alleles have a relevant role in immune defense against SARS-CoV-2.Funded by Roche Sequencing Solutions, Inc.

The aim of this study was to assess the immunogenicity of SARS-CoV-2 available vaccines among people living with HIV (PLWH) after a complete vaccination scheme, and determine predictors of seroconversion.This multicentre prospective cohort study included 420 PLWH who had received a standard immunization, either with mRNA or adenoviral-vectored COVID-19 vaccines. Antibody response was evaluated within 1 to 2 months after the last dose of the vaccine with a quantitative determination of antitrimeric spike protein-specific IgG antibodies and IgG neutralizing antibodies.Overall, 384 of 420 PLWH (91%) showed antibody response to vaccination. Seroconversion was observed in 308 of 326 individuals with cluster of differentiation 4 (CD4) counts ≥350 cells/mm3 (95%), 55 of 61 PLWH with 200 to 349 cells/mm3 (90%), and 21 of 33 PLWH with CD4 counts <200 cells/mm3 (64%; p < 0.001). The median log10 IgG neutralization levels were 2.4 IU/mL (Q1-Q3, 1.0-3.1) among PLWH with CD4 counts <200 cells/mm3, 3.1 IU/mL (Q1-Q3, 2.8-3.4) for the 200 to 349 cells/mm3 group, and 3.1 IU/mL (Q1-Q3, 2.7-3.4) for PLWH with CD4 counts ≥350 cells/mm3 (p = 0.016). In the multivariate analysis, CD4 counts ≥350 cells/mm3 (OR: 7.10; 95% CI, 1.91-26.46; p = 0.004) and receiving mRNA-vectored COVID-19 vaccines (OR: 8.19; 95% CI, 3.24-20.70; p ≤ 0.001) were independently associated with a higher probability of response to vaccination.HIV-related immunosuppression impairs the antibody response to SARS-CoV-2 vaccines. Specific vaccination schemes should be urgently tailored in this setting, particularly in patients with CD4 cell counts <200 cells/μL. Adenoviral-vectored vaccines should be avoided in PLWH whenever possible.

The impact of drug-drug interactions (DDI) between ritonavir-boosted lopinavir (LPV-r) to treat patients with coronavirus disease 2019 (COVID-19) and commonly used drugs in clinical practice is not well-known. Thus, we evaluated the rate and severity of DDI between LPV-r for COVID-19 treatment and concomitant medications. This was a cross-sectional study including all individuals diagnosed of SARS-CoV-2 infection treated with LPV-r and attended at a single center in Southern Spain (March 1st to April 30th, 2020). The frequency [95% confidence interval (95% CI)] of potential and major DDI were calculated. Overall, 469 patients were diagnosed of COVID-19, 125 (27%) of them were prescribed LPV-r. LPV-r had potential DDI with concomitant medications in 97 (78%, 95% CI 69-85%) patients, and in 33 (26%, 95% CI 19-35%) individuals showed major DDI. Twelve (36%) patients with major DDI and 14 (15%) individuals without major DDI died (p = 0.010). After adjustment, only the Charlson index was independently associated with death [adjusted OR (95% CI) for Charlson index ≥ 5: 85 (10-731), p < 0.001]. LPV-r was discontinued due to side effects in 31 (25%) patients. Management by the Infectious Diseases Unit was associated with a lower likelihood of major DDI [adjusted odds ratio (95% CI): 0.14 (0.04-0.53), p = 0.003). In conclusion, a high frequency of DDI between LPV-r for treating COVID-19 and concomitant medications was found, including major DDI. Patients with major DDI showed worse outcomes, but this association was explained by the older age and comorbidities. Patients managed by the Infectious Diseases Unit had lower risk of major DDI.

Primary aim was to assess prevalence and severity of potential and real drug-drug interactions (DDIs) among therapies for COVID-19 and concomitant medications in hospitalized patients with confirmed SARS-CoV-2 infection. The secondary aim was to analyze factors associated with rDDIs. An observational single center cohort study conducted at a tertiary hospital in Spain from March 1st to April 30th. rDDIs refer to interaction with concomitant drugs prescribed during hospital stay whereas potential DDIs (pDDIs) refer to those with domiciliary medication. DDIs checked with The University of Liverpool resource. Concomitant medications were categorized according to the Anatomical Therapeutic Chemical classification system. Binomial logistic regression was carried out to identify factors associated with rDDIs. A total of 174 patients were analyzed. DDIs were detected in 152 patients (87.4%) with a total of 417 rDDIs between COVID19-related drugs and involved hospital concomitant medication (60 different drugs) while pDDIs were detected in 105 patients (72.9%) with a total of 553 pDDIs. From all 417 rDDIs, 43.2% (n = 180) were associated with lopinavir/ritonavir and 52.9% (n = 221) with hydroxychloroquine, both of them the most prescribed (106 and 165 patients, respectively). The main mechanism of interaction observed was QTc prolongation. Clinically relevant rDDIs were identified among 81.1% (n = 338) ('potential interactions') and 14.6% (n = 61) (contraindicated) of the patients. Charlson index (OR 1.34, 95% IC 1.02-1.76) and number of drugs prescribed during admission (OR 1.42, 95% IC 1.12-1.81) were independently associated with rDDIs. Prevalence of patients with real and pDDIs was high, especially those clinically relevant. Both comorbidities and polypharmacy were found as risk factors independently associated with DDIs development.

The aim of this study was to assess the immunogenicity of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) vaccines among people living with HIV (PLWH) with severe immunosuppression, after a booster dose. The design was a case-control study nested in a prospective cohort of PLWH. All patients with CD4 cell count <200 cells/mm3 who had received additional dose of messenger RNA (mRNA) COVID-19 vaccine, after a standard immunization scheme were included. Control group: patients age- and sex-matched, with CD4 ≥ 200 cells/mm3 , in the ratio of 2:1. Antibody response to a booster dose (anti-S levels 33.8 ≥ BAU/mL) and neutralizing activity against SARS-CoV-2 B.1, B.1.617.2, and Omicron BA.1, BA.2, and BA.5 strains were assessed after the booster shot. Fifty-four PLWH were included, 18 with CD4 counts < 200 cells/mm3 . Fifty-one (94%) showed response to a booster dose. Response was less frequent in PLWH with CD4 < 200 cells/mm3 than in those with CD4 counts ≥ 200 cells/mm3 (15 [83%] vs. 36 [100%], p = 0.033). In the multivariate analysis, CD4 counts ≥ 200 cells/mm3 [incidence rate ratio (IRR) = 18.1 (95% confidence interval [CI]: 16.8-19.5), p < 0.001] was associated with a higher probability of showing antibody response. Neutralization activity against SARS-CoV-2 B.1, B.1.617, BA.1, and BA.2 strains was significantly inferior among individuals with CD4 counts < 200 cells/mm3 . In conclusion, among PLWH with CD4 counts < 200 cells/mm3 , the immune response elicited by mRNA additional vaccine dose is reduced.

Abstract Background A low proportion of individuals repeatedly exposed to the hepatitis C virus (HCV) remain uninfected. This condition could have a genetic basis but it is not known whether or not it is mainly driven by a high‐penetrance common allele. Objective To explore whether low susceptibility to HCV infection is mainly driven by a high‐penetrance common allele . Methods In this genome‐wide association study (GWAS), a total of 804 HCV‐seropositive individuals and 27 high‐risk HCV‐seronegative (HRSN) subjects were included. Plink and Magma software were used to carry out single nucleotide polymorphism (SNP)‐based and gene‐based association analyses respectively. Results No SNP nor any gene was associated with low susceptibility to HCV infection after multiple testing correction. However, SNPs previously associated with this trait and allocated within the LDLR gene, rs5925 and rs688, were also associated with this condition in our study under a dominant model (24 out of 27 [88.9%] rs5925‐C carriers in the HRSN group vs 560 of 804 [69.6%] rs5925‐C carriers in the HCV‐seropositive group, P = 0.031, odds ratio [OR] = 3.48; 95% confidence interval [CI] = 1.04‐11.58; and 24 out of 27 [88.9%] rs688‐T carriers in the HRSN group vs 556 of 804 [69.1%] rs688‐T carriers in the HCV‐seropositive group, P = 0.028, OR = 3.57, 95% CI = 1.65‐11.96). Conclusions Low susceptibility to HCV infection does not seem to be mainly driven by a high‐penetrant common allele. By contrast, it seems a multifactorial trait where genes such as LDLR could be involved.

Abstract Hepatic steatosis (HS) is frequently observed in HIV-infected patients. It is not known whether HIV infection is an independent risk factor for HS development. We aimed to analyze whether HIV coinfection was associated with a higher frequency of HS in patients with chronic hepatitis C. This was a retrospective cross-sectional study. 574 subjects with chronic hepatitis C virus (HCV) infection were included, 246 (43%) of them coinfected with HIV. All of them underwent transient elastography with controlled attenuation parameter (CAP) measurement. HS was defined as CAP ≥ 248 dB/m. 147 individuals (45%) showed HS in the HCV-monoinfected group and 100 (40.7%) in the HIV/HCV-coinfected group (p = 0.318). HS was associated with body mass index (BMI) [<25 Kg/m 2 vs. ≥25 Kg/m 2 , 67 (23.5%) vs. 171 (62.9%); p = 0.001], with plasma HDL-cholesterol [<50 mg/dL vs. ≥50 mg/dL, 122 (48.6%) vs. 95 (37.5%), p = 0.012], with plasma triglycerides [<150 mg/dL vs. ≥150 mg/dL, 168 (40.2%) vs. 65 (52.4%); p = 0.016] and with plasma total cholesterol [<200 mg/dL vs. ≥200 mg/dL, 181 (41%) vs. 53 (52.5%); p = 0.035]. In the multivariate analysis, HS was associated with BMI [adjusted OR (AOR) = 1.264 (1.194–1.339); p = 0.001], age [AOR = 1.029 (1.001–1.058); p = 0.047] and HCV genotype 3 infection [AOR = 1.901 (1.081–2.594); p = 0.026]. HIV coinfection was not associated with HS [AOR = 1.166 (0.719–1.892); p = 0.534]. In conclusion, HIV coinfection is not related with an increased frequency of HS in HCV-infected patients.

Emerging studies have suggested several chromosomal regions as potential host genetic factors involved in the susceptibility to SARS-CoV-2 infection and disease outcome. We nested a COVID-19 genome-wide association study using the GR@ACE/DEGESCO study, searching for susceptibility factors associated with COVID-19 disease. To this end, we compared 221 COVID-19 confirmed cases with 17,035 individuals in whom the COVID-19 disease status was unknown. Then, we performed a meta-analysis with the publicly available data from the COVID-19 Host Genetics Initiative. Because the APOE locus has been suggested as a potential modifier of COVID-19 disease, we added sensitivity analyses stratifying by dementia status or by disease severity. We confirmed the existence of the 3p21.31 region (LZTFL1, SLC6A20) implicated in the susceptibility to SARS-CoV-2 infection and TYK2 gene might be involved in COVID-19 severity. Nevertheless, no statistically significant association was observed in the COVID-19 fatal outcome or in the stratified analyses (dementia-only and non-dementia strata) for the APOE locus not supporting its involvement in SARS-CoV-2 pathobiology or COVID-19 prognosis.

Whether people living with HIV (PLWH) are at greater risk of acquiring SARS-CoV-2 infection is currently unknown. Prospective serologic studies may allow seroincidence analyses, where all infections are accurately identified. Because of this, we evaluated the incidence of associated factors with and the clinical outcome of SARS-CoV-2 infection in PLWH in Southern Spain. This prospective cohort study included PLWH from a Tertiary University Hospital in Southern Spain. Patients were enrolled in the study if (1) they had attended as outpatients our Unit from 1 August 2019 to 8 February 2020 and (2) had two subsequent evaluations from 9 February 2020 to 4 March 2021. SARS-CoV-2 infections were diagnosed by PCR, antigen detection or serology. Seven hundred and nine PLWH were included in the study. Of them, 55 [7.8%, 95% confidence interval (95% CI) 5.9%-9.9%] patients developed SARS-CoV-2 infection. Between 18 May and 29 November 2020, the rate of seroconversion was 5.3% (95% CI: 3.1%-9.0%) for the general population in the area of Seville and 2.3% (95% CI: 1.3%-2.6%) for PLWH in this study (p = .001). After multivariable analysis, adjusted by age, sex, and risk factors for HIV infection, active tobacco use and CDC stage, active tobacco smoking was the only factor independently associated with lower risk of SARS-Cov-2 infection [Incidence rate ratio: 0.29 (95% CI 0.16-0.55) p < .001]. In conclusion, the incidence of SARS-CoV-2 infection among PLWH in Southern Spain during the ongoing pandemic was lower than that reported for the general population in the same area.