Abstract The composition of the gut microbiome has been associated with clinical responses to immune checkpoint inhibitor (ICI) treatment, but there is limited consensus on the specific microbiome characteristics linked to the clinical benefits of ICIs. We performed shotgun metagenomic sequencing of stool samples collected before ICI initiation from five observational cohorts recruiting ICI-naive patients with advanced cutaneous melanoma ( n = 165). Integrating the dataset with 147 metagenomic samples from previously published studies, we found that the gut microbiome has a relevant, but cohort-dependent, association with the response to ICIs. A machine learning analysis confirmed the link between the microbiome and overall response rates (ORRs) and progression-free survival (PFS) with ICIs but also revealed limited reproducibility of microbiome-based signatures across cohorts. Accordingly, a panel of species, including Bifidobacterium pseudocatenulatum , Roseburia spp. and Akkermansia muciniphila , associated with responders was identified, but no single species could be regarded as a fully consistent biomarker across studies. Overall, the role of the human gut microbiome in ICI response appears more complex than previously thought, extending beyond differing microbial species simply present or absent in responders and nonresponders. Future studies should adopt larger sample sizes and take into account the complex interplay of clinical factors with the gut microbiome over the treatment course.

Recently, TERT promoter mutations were identified at high frequencies in cutaneous melanoma tumor samples and cell lines. The mutations were found to have a UV-signature and to lead to increased TERT gene expression. We analyzed a large cohort of melanoma patients for the presence and distribution of TERT promoter mutations and their association with clinico-pathological characteristics.410 melanoma tumor samples were analyzed by Sanger sequencing for the presence of TERT promoter mutations. An analysis of associations between mutation status and various clinical and pathologic variables was performed.TERT promoter mutations were identified in 154 (43%) of 362 successfully sequenced melanomas. Mutation frequencies varied between melanoma subtype, being most frequent in melanomas arising in nonacral skin (48%) and melanomas with occult primary (50%), and less frequent in mucosal (23%), and acral (19%) melanomas. Mutations carried a UV signature (C>T or CC>TT). The presence of TERT promoter mutations was associated with factors such as BRAF or NRAS mutation (P < .001), histologic type (P = .002), and Breslow thickness (P < .001). TERT promoter mutation was independently associated with poorer overall survival in patients with nonacral cutaneous melanomas (median survival 80 months vs 291 months for wild-type; hazard ratio corrected for other covariates 2.47; 95% confidence interval [CI] = 1.29 to 4.74; P = .006).UV-induced TERT promoter mutations are one of the most frequent genetic alterations in melanoma, with frequencies varying depending on melanoma subtype. In nonacral cutaneous melanomas, presence of TERT promoter mutations is independently associated with poor prognosis.

Background: 5 to 10% of all cutaneous melanomas develop in melanoma families with an autosomal dominant inheritance pattern with incomplete penetrance. The first gene associated with melanoma susceptibility was cyclin dependent kinase inhibitor 2A (CDKN2A). Between 5 and 20% of melanoma families have CDKN2A germline mutations. Within melanoma families with germline mutated CDKN2A, some members do not carry the mutation but develop melanoma, these cases are called phenocopies. The aim of the study is to analyze the characteristics of phenocopies within melanoma families with germline mutations in CDKN2A. Methods: A retrospective cohort study was conducted. All the phenocopies in the context of melanoma families with germline mutations in CDKN2A, from 2010 to 2023, were included. We analyzed the basal clinical characteristics, phenotype, and studied the following melanoma susceptibility genes: CDK4 (exon 2), MC1R, MITF (exon 9), BAP1, POT1, ACD, TERF2IP, TERT promoter and include the opportunistic testing of BRCA1, BRCA2, MLH1, MSH2, MSH6. Results: In the period of the study 9 phenocopies were identified. Women were predominant (66%) and the median age at diagnosis of cutaneous melanoma was 33 years. Concerning the phenotype, all the patients were Caucasians and most had high total body nevus count. MC1R polymorphisms were found in 100% of the phenocopies with no other genetic mutations identified. Conclusions: The fact that there are phenocopies within melanoma families with CDKN2A mutations, shows that the known mutation is not the only factor that led to the development of melanoma, but that there are other aspects related such as fair skin, high total body nevus count and MC1R polymorphisms, among others. Due to the multifactorial etiology, in the case of a family member with a negative genetic test, the risk of developing melanoma should not be underestimated. Clinical follow-up, total body photography and digital dermoscopy should be carried out, according to individual risk factors, for the early detection of melanoma.