The majority of JAK2 V617F -negative myeloproliferative neoplasms (MPNs) have disease-initiating frameshift mutations in calreticulin ( CALR ), resulting in a common carboxyl-terminal mutant fragment (CALR MUT ), representing an attractive source of neoantigens for cancer vaccines. However, studies have shown that CALR MUT -specific T cells are rare in patients with CALR MUT MPN for unknown reasons. We examined class I major histocompatibility complex (MHC-I) allele frequencies in patients with CALR MUT MPN from two independent cohorts. We observed that MHC-I alleles that present CALR MUT neoepitopes with high affinity are underrepresented in patients with CALR MUT MPN. We speculated that this was due to an increased chance of immune-mediated tumor rejection by individuals expressing one of these MHC-I alleles such that the disease never clinically manifested. As a consequence of this MHC-I allele restriction, we reasoned that patients with CALR MUT MPN would not efficiently respond to a CALR MUT fragment cancer vaccine but would when immunized with a modified CALR MUT heteroclitic peptide vaccine approach. We found that heteroclitic CALR MUT peptides specifically designed for the MHC-I alleles of patients with CALR MUT MPN efficiently elicited a CALR MUT cross-reactive CD8 + T cell response in human peripheral blood samples but not to the matched weakly immunogenic CALR MUT native peptides. We corroborated this effect in vivo in mice and observed that C57BL/6J mice can mount a CD8 + T cell response to the CALR MUT fragment upon immunization with a CALR MUT heteroclitic, but not native, peptide. Together, our data emphasize the therapeutic potential of heteroclitic peptide–based cancer vaccines in patients with CALR MUT MPN.

We report the two-year end-of-study results from the phase 2 COMBI II clinical trial (#EudraCT2018-004150-13) investigating the combination treatment of ruxolitinib and low-dose pegylated interferon-α2a in patients with newly diagnosed polycythemia vera. The primary outcome was safety and key secondary endpoints were efficacy, based on hematological parameters, quality of life measurements, and JAK2V617F variant allele frequency (VAF). We used the 2013 ELN and IWG-MRT remission criteria. The remission criteria included remissions in symptoms, splenomegaly, peripheral blood counts, and bone marrow. We included 25 patients with PV with a median age of 70 years; 5 of those had prior thromboembolic events and three had CT-verified splenomegaly. Two patients stopped both study drugs, one of these due to progression to post-PV myelofibrosis; only that patient had a grade 3 infection. No events of herpes zoster infections were observed. No patients discontinued treatment due to psychiatric symptoms. The peripheral blood cell count remission rate was 92% at 24 months. Using the 2013 ELN and IWG-MRT remission criteria, 14 (56%) achieved remission at 24 months; 3 (12%) achieved complete remission, and 11 (44%) achieved partial remission. The following items from the Myeloproliferative Neoplasm Symptom Total Symptom Score were significantly reduced: abdominal discomfort, night sweats, itching, and bone pain. The median JAK2V617F VAF decreased from 47% (95%CI, 35-59%) to 7% (95%CI, 3-15%), and 60% of patients achieved molecular remission. In conclusion, combination treatment improved cell counts; bone marrow cellularity, and fibrosis; and decreased JAK2V617F VAF; with acceptable toxicity in patients with polycythemia vera. EudraCT2018-004150-13.