Hyperacute rejection (HAR) and acute humoral rejection (AHR) remain recalcitrant conditions without effective treatments, and usually result in graft loss. Plasmapheresis (PP) has been shown to remove HLA- specific antibody (Ab) in many different clinical settings. Intravenous gamma globulin (IVIG) has been used to suppress alloantibody and modulate immune responses. Our hypothesis was that a combination of PP and IVIG could effectively and durably remove donor-specific, anti-HLA antibody (Ab), rescuing patients with established AHR and preemptively desensitizing recipients who had positive crossmatches with a potential live donor.The study patients consisted of seven live donor kidney transplant recipients who experienced AHR and had donor-specific Ab (DSA) for one or more mismatched donor HLA antigens. The patients segregated into two groups: three patients were treated for established AHR (rescue group) and four cross-match-positive patients received therapy before transplantation (preemptive group).Using PP/IVIG we have successfully reversed established AHR in three patients. Four patients who were cross-match-positive (3 by flow cytometry and 1 by cytotoxic assay) and had DSA before treatment underwent successful renal transplantation utilizing their live donor. The overall mean creatinine for both treatment groups is 1.4+/-0.8 with a mean follow up of 58+/-40 weeks (range 17-116 weeks).In this study, we present seven patients for whom the combined therapies of PP/IVIG were successful in reversing AHR mediated by Ab specific for donor HLA antigens. Furthermore, this protocol shows promise for eliminating DSA preemptively among patients with low-titer positive antihuman globulin-enhanced, complement-dependent cytotoxicity (AHG-CDC) cross-matches, allowing the successful transplantation of these patients using a live donor without any cases of HAR.

The Comprehensive Microbial Resource or CMR (http://cmr.jcvi.org) provides a web-based central resource for the display, search and analysis of the sequence and annotation for complete and publicly available bacterial and archaeal genomes. In addition to displaying the original annotation from GenBank, the CMR makes available secondary automated structural and functional annotation across all genomes to provide consistent data types necessary for effective mining of genomic data. Precomputed homology searches are stored to allow meaningful genome comparisons. The CMR supplies users with over 50 different tools to utilize the sequence and annotation data across one or more of the 571 currently available genomes. At the gene level users can view the gene annotation and underlying evidence. Genome level information includes whole genome graphical displays, biochemical pathway maps and genome summary data. Comparative tools display analysis between genomes with homology and genome alignment tools, and searches across the accessions, annotation, and evidence assigned to all genes/genomes are available. The data and tools on the CMR aid genomic research and analysis, and the CMR is included in over 200 scientific publications. The code underlying the CMR website and the CMR database are freely available for download with no license restrictions.

The understanding of marine microbial ecology and metabolism has been hampered by the paucity of sequenced reference genomes. To this end, we report the sequencing of 137 diverse marine isolates collected from around the world. We analysed these sequences, along with previously published marine prokaryotic genomes, in the context of marine metagenomic data, to gain insights into the ecology of the surface ocean prokaryotic picoplankton (0.1-3.0 μm size range). The results suggest that the sequenced genomes define two microbial groups: one composed of only a few taxa that are nearly always abundant in picoplanktonic communities, and the other consisting of many microbial taxa that are rarely abundant. The genomic content of the second group suggests that these microbes are capable of slow growth and survival in energy-limited environments, and rapid growth in energy-rich environments. By contrast, the abundant and cosmopolitan picoplanktonic prokaryotes for which there is genomic representation have smaller genomes, are probably capable of only slow growth and seem to be relatively unable to sense or rapidly acclimate to energy-rich conditions. Their genomic features also lead us to propose that one method used to avoid predation by viruses and/or bacterivores is by means of slow growth and the maintenance of low biomass.

Xenografts from genetically modified pigs have become one of the most promising solutions to the dearth of human organs available for transplantation. The challenge in this model has been hyperacute rejection. To avoid this, pigs have been bred with a knockout of the alpha-1,3-galactosyltransferase gene and with subcapsular autologous thymic tissue.We transplanted kidneys from these genetically modified pigs into two brain-dead human recipients whose circulatory and respiratory activity was maintained on ventilators for the duration of the study. We performed serial biopsies and monitored the urine output and kinetic estimated glomerular filtration rate (eGFR) to assess renal function and xenograft rejection.The xenograft in both recipients began to make urine within moments after reperfusion. Over the 54-hour study, the kinetic eGFR increased from 23 ml per minute per 1.73 m2 of body-surface area before transplantation to 62 ml per minute per 1.73 m2 after transplantation in Recipient 1 and from 55 to 109 ml per minute per 1.73 m2 in Recipient 2. In both recipients, the creatinine level, which had been at a steady state, decreased after implantation of the xenograft, from 1.97 to 0.82 mg per deciliter in Recipient 1 and from 1.10 to 0.57 mg per deciliter in Recipient 2. The transplanted kidneys remained pink and well-perfused, continuing to make urine throughout the study. Biopsies that were performed at 6, 24, 48, and 54 hours revealed no signs of hyperacute or antibody-mediated rejection. Hourly urine output with the xenograft was more than double the output with the native kidneys.Genetically modified kidney xenografts from pigs remained viable and functioning in brain-dead human recipients for 54 hours, without signs of hyperacute rejection. (Funded by Lung Biotechnology.).

Abstract Background and hypothesis Hepatitis C virus (HCV) positive-to-negative kidney transplants (KT) require direct acting antiviral therapy, but the optimal timing and duration remain unclear. We hypothesized that 14-day prophylactic course of glecaprevir/pibrentasvir 300/120 mg (GLE/PIB) would be safe and effective at treating donor-derived HCV viremia. Methods This was a prospective, single-center, single-arm, open-label pilot study. 20 adult HCV negative recipients of HCV nucleic acid amplification test positive deceased-donor kidneys (HCV positive-to-negative) received a 14-day course of GLE/PIB, with the first dose pre-transplant. HCV RNA viral loads (VL) were monitored on post-operative days (POD) 1, 3, 7, and 13. If VL was undetectable on POD 13, GLE/PIB was stopped, and if detectable, GLE/PIB was continued to complete an 8-week course. Surveillance monitoring continued after treatment to ensure sustained viral response (SVR). The primary outcome was efficacy of 14-day prophylactic GLE/PIB. Secondary outcomes included patient and allograft survival, the incidence, timing, and clearance of HCV viremia, and safety events. Results 7/20 subjects (35%) never developed detectable HCV viremia. Only one subject had a detectable, but nonquantifiable, VL on POD 13 and completed an 8-week course. All subjects achieved SVR 12 weeks post-treatment with no relapses through 1-year follow-up. Mean time to undetectable HCV RNA VL was 10.5 (±4.7) days and mean peak VL was 371 (±715) copies/mL. 6-month and 1-year patient and allograft survival were 100% and 95%. Conclusion A 14-day course of prophylactic GLE/PIB is safe and effective for HCV positive-to-negative KT and may prevent HCV transmission or significantly reduce the VL for those with detectable transmission allowing for rapid clearance within 2 weeks.