Emerging studies have suggested several chromosomal regions as potential host genetic factors involved in the susceptibility to SARS-CoV-2 infection and disease outcome. We nested a COVID-19 genome-wide association study using the GR@ACE/DEGESCO study, searching for susceptibility factors associated with COVID-19 disease. To this end, we compared 221 COVID-19 confirmed cases with 17,035 individuals in whom the COVID-19 disease status was unknown. Then, we performed a meta-analysis with the publicly available data from the COVID-19 Host Genetics Initiative. Because the APOE locus has been suggested as a potential modifier of COVID-19 disease, we added sensitivity analyses stratifying by dementia status or by disease severity. We confirmed the existence of the 3p21.31 region (LZTFL1, SLC6A20) implicated in the susceptibility to SARS-CoV-2 infection and TYK2 gene might be involved in COVID-19 severity. Nevertheless, no statistically significant association was observed in the COVID-19 fatal outcome or in the stratified analyses (dementia-only and non-dementia strata) for the APOE locus not supporting its involvement in SARS-CoV-2 pathobiology or COVID-19 prognosis.

Mosaic loss of chromosome Y (mLOY) is a highly common somatic variant among men, and has been associated to higher risk in overall mortality and several types of disease, including Alzheimer's disease (Dumanski et al. 2016). In the present study, we aimed to replicate these findings in both a cross-sectional and longitudinal setup by determining mLOY phenotype and its associated polygenic risk score (PRS).MADloy R package (González et al. 2020) was used to determine mLOY in germline blood DNA from males in the GR@ACE cohort, composed of AD patients recruited in Fundació ACE (Barcelona, Spain) and population-based controls recruited from several Spanish centres. Additional MCI patients recruited in Fundació ACE were used to study disease progression. PRS was calculated by additive multiplication of the beta values of 114 genome-wide significant variants reported in the most relevant mLOY GWAS published to date (Thompson et al. 2019) and their genotypes in our dataset. To ease interpretation of results, PRS per SD units were used. Only individuals with ages 65-85 were kept for the case-control and PRS analyses (see Table 1). Statistical analysis was performed by fitting logistic regressions and Cox proportional-hazards models adjusted by age, APOE and PCs (when needed).mLOY phenotype did not show a significant association with AD in the case-control setup and showed suggestive results for higher risk of conversion to AD (HR=1.45; p=0.09). However, the mLOY PRS yielded borderline significance in the case-control dataset (OR=1.08; p=0.09), and statistical significance in MCI to AD conversion (HR=1.22; p=0.01). Importantly, PRS was independent of age, and effects were only observed in male samples, with no effect in conversion to AD or case-control in the female subset, supporting the validity of our approach.The age-dependent nature of mLOY and lack of age at sampling information for most controls limited our power to study mLOY phenotype's effect on AD. The mLOY PRS allowed us to overcome these limitations, acting as a male-specific AD risk factor and providing further evidence of mLOY's impact on AD.

A deeper understanding of the molecular processes underlying late-onset Alzheimer's disease (LOAD) could aid in biomarker and drug target discovery. Using high-throughput serum proteomics in the prospective population-based Age, Gene/Environment Susceptibility–Reykjavik Study (AGES) cohort of 5,127 older Icelandic adults (mean age, 76.6 ± 5.6 years), we identified 303 proteins associated with incident LOAD over a median follow-up of 12.8 years. Over 40% of these proteins were associated with LOAD independently of APOE-ε4 carrier status, were implicated in neuronal processes and overlapped with LOAD protein signatures in brain and cerebrospinal fluid. We identified 17 proteins whose associations with LOAD were strongly dependent on APOE-ε4 carrier status, with mostly consistent associations in cerebrospinal fluid. Remarkably, four of these proteins (TBCA, ARL2, S100A13 and IRF6) were downregulated by APOE-ε4 yet upregulated due to LOAD, a finding replicated in external cohorts and possibly reflecting a response to disease onset. These findings highlight dysregulated pathways at the preclinical stages of LOAD, including those both independent of and dependent on APOE-ε4 status. Using high-throughput proteomics in a prospective population-based study of older adults, Frick et al. identified over 300 proteins linked to incident late-onset Alzheimer's disease, including associations dependent on or independent of APOE-ε4 status.

Abstract Due to methodological reasons, the X-chromosome has not been featured in the major genome-wide association studies on Alzheimer’s Disease (AD). To address this and better characterize the genetic landscape of AD, we performed an in-depth X-Chromosome-Wide Association Study (XWAS) in 115,841 AD cases or AD proxy cases, including 52,214 clinically-diagnosed AD cases, and 613,671 controls. We considered three approaches to account for the different X-chromosome inactivation (XCI) states in females, i.e. random XCI, skewed XCI, and escape XCI. We did not detect any genome-wide significant signals (P ≤ 5 × 10 − 8 ) but identified seven X-chromosome-wide significant loci (P ≤ 1.6 × 10 − 6 ). The index variants were common for the Xp22.32, FRMPD4, DMD and Xq25 loci, and rare for the WNK3 , PJA1 , and DACH2 loci. Overall, this well-powered XWAS found no genetic risk factors for AD on the non-pseudoautosomal region of the X-chromosome, but it identified suggestive signals warranting further investigations.

Optical coherence tomography (OCT) enables high-resolution imaging of ocular structures in health and disease. Choroid thickness (CT) is a key vascular retinal parameter that can be assessed by OCT and might be relevant in the evaluation of the vascular component of cognitive decline. We aimed to investigate CT changes in a large cohort of individuals cognitive unimpaired (CU), with mild cognitive impairment due to Alzheimer's (MCI-AD), mild cognitive impairment due to cerebrovascular disease (MCI-Va), Alzheimer's disease dementia (ADD), and vascular dementia (VaD). Clinical, demographical, ophthalmological and OCT data from the Neuro-ophthalmological Research at Fundació ACE (NORFACE) project were analyzed. CT was assessed in the macula across nine Early Treatment Diabetic Retinopathy Study (ETDRS) quadrants, average thickness, total volume, and subfoveal choroidal thickness. Differences of CT among the five diagnostic groups were assessed in a multivariate regression model, adjusting for demographic and cardiovascular risk factors and OCT image quality. A comparison between manual and automatic CT measurements in a subset of participants was also performed. The study cohort comprised 1,280 participants: 301 CU, 196 MCI-AD, 112 MCI-Va, 578 ADD, and 93 VaD. CT was significantly increased in individuals with cognitive impairment compared to those CU, particularly in the VaD and MCI-Va groups and in the peripheral ETDRS regions. No significant differences were found in inner superior, center and subfoveal choroidal thickness. The interaction of sex and diagnosis had no effect in differentiating CT. Mini-Mental State Examination (MMSE) scores were not correlated to CT. Manual and automated CT measurements showed good reliability. Our findings indicated that peripheral choroidal thickening, especially in patients with cerebrovascular disease, may serve as a potential choroidal biomarker for cognitive decline and suggest different pathogenic pathways in AD and VaD. Further research is required to explore CT as a reliable ocular biomarker for cognitive impairment.

We built a genetic risk score (GRS) from the most complete landscape of the Alzheimer disease (AD) genetics. We extended its analysis in 16 European countries and observed a consistent association of this GRS with AD risk, age at onset and cerebrospinal fluid (CSF) AD biomarker levels regardless of the Apolipoprotein E (APOE) genotype. This GRS was also associated with AD risk (independently of APOE ) with a decreasing order of magnitude in those with an European-American, North-African, East-Asian, Latin-American, African-American background respectively. No association of the GRS to AD was seen in sub-Saharan African and Indian populations. This GRS captures information specific to AD as its association decreases as the diagnosis broadens. In conclusion, a simple GRS captures shared genetic information specific to AD between multi-ancestry populations. However, more population diversity is needed to better understand the AD genetic complexity across populations.