Six extant species of non-human great apes are currently recognized: Sumatran and Bornean orangutans, eastern and western gorillas, and chimpanzees and bonobos [1]. However, large gaps remain in our knowledge of fine-scale variation in hominoid morphology, behavior, and genetics, and aspects of great ape taxonomy remain in flux. This is particularly true for orangutans (genus: Pongo), the only Asian great apes and phylogenetically our most distant relatives among extant hominids [1]. Designation of Bornean and Sumatran orangutans, P. pygmaeus (Linnaeus 1760) and P. abelii (Lesson 1827), as distinct species occurred in 2001 [1, 2]. Here, we show that an isolated population from Batang Toru, at the southernmost range limit of extant Sumatran orangutans south of Lake Toba, is distinct from other northern Sumatran and Bornean populations. By comparing cranio-mandibular and dental characters of an orangutan killed in a human-animal conflict to those of 33 adult male orangutans of a similar developmental stage, we found consistent differences between the Batang Toru individual and other extant Ponginae. Our analyses of 37 orangutan genomes provided a second line of evidence. Model-based approaches revealed that the deepest split in the evolutionary history of extant orangutans occurred ∼3.38 mya between the Batang Toru population and those to the north of Lake Toba, whereas both currently recognized species separated much later, about 674 kya. Our combined analyses support a new classification of orangutans into three extant species. The new species, Pongo tapanuliensis, encompasses the Batang Toru population, of which fewer than 800 individuals survive. VIDEO ABSTRACT.

The Southeast Asian Sunda archipelago harbors a rich biodiversity with a substantial proportion of endemic species. The evolutionary history of these species has been drastically influenced by environmental forces, such as fluctuating sea levels, climatic changes, and severe volcanic activities. Orangutans (genus: Pongo), the only Asian great apes, are well suited to study the relative impact of these forces due to their well-documented behavioral ecology, strict habitat requirements, and exceptionally slow life history. We investigated the phylogeographic patterns and evolutionary history of orangutans in the light of the complex geological and climatic history of the Sunda archipelago. Our study is based on the most extensive genetic sampling to date, covering the entire range of extant orangutan populations. Using data from three mitochondrial DNA (mtDNA) genes from 112 wild orangutans, we show that Sumatran orangutans, Pongo abelii, are paraphyletic with respect to Bornean orangutans (P. pygmaeus), the only other currently recognized species within this genus. The deepest split in the mtDNA phylogeny of orangutans occurs across the Toba caldera in northern Sumatra and, not as expected, between both islands. Until the recent past, the Toba region has experienced extensive volcanic activity, which has shaped the current phylogeographic patterns. Like their Bornean counterparts, Sumatran orangutans exhibit a strong, yet previously undocumented structuring into four geographical clusters. However, with 3.50 Ma, the Sumatran haplotypes have a much older coalescence than their Bornean counterparts (178 kya). In sharp contrast to the mtDNA data, 18 Y-chromosomal polymorphisms show a much more recent coalescence within Sumatra compared with Borneo. Moreover, the deep geographic structure evident in mtDNA is not reflected in the male population history, strongly suggesting male-biased dispersal. We conclude that volcanic activities have played an important role in the evolutionary history of orangutans and potentially of many other forest-dwelling Sundaland species. Furthermore, we demonstrate that a strong sex bias in dispersal can lead to conflicting patterns in uniparentally inherited markers even at a genus-wide scale, highlighting the need for a combined usage of maternally and paternally inherited marker systems in phylogenetic studies.

Carnaby’s cockatoos (Zanda latirostris) are an endangered species that has experienced major loss of habitat over the past century. Proponents seeking land clearing approval that may impact Carnaby’s cockatoos need to provide detailed habitat assessment. However, the current forage species list is outdated and generally restricted to the Swan Coastal Plain rather than the Carnaby’s full distribution range. This study provides an updated forage list, including the Swan Coastal Plain and much of the Carnaby’s breeding and non-breeding areas outside this region. Carnaby’s cockatoos were captured and satellite tagged, at five breeding sites in the wheatbelt and Great Southern areas in Western Australia (between 2017 and 2022). Spatial data collected from the tags facilitated the identification of forage plants used by Carnaby’s cockatoos. A total of 44 ‘new’ native plant species were identified as Carnaby’s cockatoo forage species, including five genera that have not previously been recorded. The updated forage list will inform proponents and regulators on the potential use of habitat patches by Carnaby’s cockatoos, aiding the referral process and enabling the protection and conservation of important and diminishing habitat resources.

Early and accurate diagnosis of pulmonary tuberculosis (TB) is key to effective outbreak management, and in humans thoracic radiography is used extensively for screening purposes. In wildlife TB radiography is a relatively accessible diagnostic tool, particularly in under-resourced settings, however its use is limited by body size. Sun bears are susceptible to human-associated TB, and their small body size makes thoracic radiography feasible. However, there are no established guidelines on normal thoracic radiographs or radiographic manifestations of TB in this species. We provide a first description of thoracic radiographs from healthy and TB affected sun bears at a bear rescue sanctuary, including correlation with postmortem results for a subset of bears. Findings of two veterinary radiologists, blinded to clinical information, revealed high agreement on broad categorization of radiographic studies as normal, abnormal, or needing correlation with further information. Agreement was lower for the presence of specific lung patterns, reflecting inherent subjectivity when classifying these features. Very few studies were identified as definitively normal, however definitively abnormal studies were significantly associated with TB cases. Diffuse bronchial and/or bronchointerstitital lung patterns were commonly reported, with a high proportion needing correlation with age and/or clinical signs to further interpret. Interstitial, interstitial-to-alveolar, alveolar and nodular lung patterns, along with radiographic signs of lymphadenomegaly and pleural fluid, were almost exclusively found in TB cases, however the sensitivity of the presence of any of these changes for detecting TB was below 70%. Radiographic reporting of thoracic lymph node enlargement detected at postmortem was low (4/17; 23%), and aortic outflow tract dilation and positional atelectasis were differential diagnoses for radiographic changes that could also represent TB. Together these findings demonstrate the importance of developing species-specific criteria for interpretation, to differentiate between common findings and manifestations of TB, and to highlight areas where radiographic techniques can be optimized to assist this. Given TB remains a global health challenge in humans and other animals (wild or domestic), and detection is key to control, we recommend development of standardized approaches to radiographic studies and their interpretation to bolster diagnostic pathways for detecting TB in sun bears, and other novel or understudied hosts.