A high-quality sequence assembly of the zebrafish genome reveals the largest gene set of any vertebrate and provides information on key genomic features, and comparison to the human reference genome shows that approximately 70% of human protein-coding genes have at least one clear zebrafish orthologue. The genome of the zebrafish — a key model organism for the study of development and human disease — has now been sequenced and published as a well-annotated reference genome. Zebrafish turns out to have the largest gene set of any vertebrate so far sequenced, and few pseudogenes. Importantly for disease studies, comparison between human and zebrafish sequences reveals that 70% of human genes have at least one obvious zebrafish orthologue. A second paper reports on an ongoing effort to identify and phenotype disruptive mutations in every zebrafish protein-coding gene. Using the reference genome sequence along with high-throughput sequencing and efficient chemical mutagenesis, the project's initial results — covering 38% of all known protein-coding genes — they describe phenotypic consequences of more than 1,000 alleles. The long-term goal is the creation of a knockout allele in every protein-coding gene in the zebrafish genome. All mutant alleles and data are freely available at go.nature.com/en6mos . Zebrafish have become a popular organism for the study of vertebrate gene function1,2. The virtually transparent embryos of this species, and the ability to accelerate genetic studies by gene knockdown or overexpression, have led to the widespread use of zebrafish in the detailed investigation of vertebrate gene function and increasingly, the study of human genetic disease3,4,5. However, for effective modelling of human genetic disease it is important to understand the extent to which zebrafish genes and gene structures are related to orthologous human genes. To examine this, we generated a high-quality sequence assembly of the zebrafish genome, made up of an overlapping set of completely sequenced large-insert clones that were ordered and oriented using a high-resolution high-density meiotic map. Detailed automatic and manual annotation provides evidence of more than 26,000 protein-coding genes6, the largest gene set of any vertebrate so far sequenced. Comparison to the human reference genome shows that approximately 70% of human genes have at least one obvious zebrafish orthologue. In addition, the high quality of this genome assembly provides a clearer understanding of key genomic features such as a unique repeat content, a scarcity of pseudogenes, an enrichment of zebrafish-specific genes on chromosome 4 and chromosomal regions that influence sex determination.

I have read the journal's policy and have the following conflicts: Paul Flicek is married to the deputy editor of PLoS Medicine, Melissa Norton. Evan Eichler is on the board of Pacific Biosciences. Support for this work came from the Intramural Research Program of the NIH, The National Library of Medicine, the European Molecular Biology Laboratory, the Wellcome Trust (grant number 077198), and the Howard Hughes Medical Institute (EEE). The funders had no role in study design, data collection and analysis, decision to publish or preparation of the manuscript.

Importance

 In the US, states enacted nonpharmaceutical interventions, including school closure, to reduce the spread of coronavirus disease 2019 (COVID-19). All 50 states closed schools in March 2020 despite uncertainty if school closure would be effective. 

Objective

 To determine if school closure and its timing were associated with decreased COVID-19 incidence and mortality. 

Design, Setting, and Participants

 US population–based observational study conducted between March 9, 2020, and May 7, 2020, using interrupted time series analyses incorporating a lag period to allow for potential policy-associated changes to occur. To isolate the association of school closure with outcomes, state-level nonpharmaceutical interventions and attributes were included in negative binomial regression models. States were examined in quartiles based on state-level COVID-19 cumulative incidence per 100 000 residents at the time of school closure. Models were used to derive the estimated absolute differences between schools that closed and schools that remained open as well as the number of cases and deaths if states had closed schools when the cumulative incidence of COVID-19 was in the lowest quartile compared with the highest quartile. 

Exposures

 Closure of primary and secondary schools. 

Main Outcomes and Measures

 COVID-19 daily incidence and mortality per 100 000 residents. 

Results

 COVID-19 cumulative incidence in states at the time of school closure ranged from 0 to 14.75 cases per 100 000 population. School closure was associated with a significant decline in the incidence of COVID-19 (adjusted relative change per week, −62% [95% CI, −71% to −49%]) and mortality (adjusted relative change per week, −58% [95% CI, −68% to −46%]). Both of these associations were largest in states with low cumulative incidence of COVID-19 at the time of school closure. For example, states with the lowest incidence of COVID-19 had a −72% (95% CI, −79% to −62%) relative change in incidence compared with −49% (95% CI, −62% to −33%) for those states with the highest cumulative incidence. In a model derived from this analysis, it was estimated that closing schools when the cumulative incidence of COVID-19 was in the lowest quartile compared with the highest quartile was associated with 128.7 fewer cases per 100 000 population over 26 days and with 1.5 fewer deaths per 100 000 population over 16 days. 

Conclusions and Relevance

 Between March 9, 2020, and May 7, 2020, school closure in the US was temporally associated with decreased COVID-19 incidence and mortality; states that closed schools earlier, when cumulative incidence of COVID-19 was low, had the largest relative reduction in incidence and mortality. However, it remains possible that some of the reduction may have been related to other concurrent nonpharmaceutical interventions.

With a growing interest in screening for food insecurity (FI) during pediatric hospitalization, there is a parallel need to develop interventions. With input from caregivers experiencing FI, we sought to identify interventions to assist with short-term FI after discharge and evaluate their feasibility, acceptability, and appropriateness.