After recognition of widespread community transmission of SARS-CoV-2, the virus that causes coronavirus disease 2019 (COVID-19), by mid- to late February 2020, indicators of influenza activity began to decline in the Northern Hemisphere. These changes were attributed to both artifactual changes related to declines in routine health seeking for respiratory illness as well as real changes in influenza virus circulation because of widespread implementation of measures to mitigate transmission of SARS-CoV-2. Data from clinical laboratories in the United States indicated a 61% decrease in the number of specimens submitted (from a median of 49,696 per week during September 29, 2019-February 29, 2020, to 19,537 during March 1-May 16, 2020) and a 98% decrease in influenza activity as measured by percentage of submitted specimens testing positive (from a median of 19.34% to 0.33%). Interseasonal (i.e., summer) circulation of influenza in the United States (May 17-August 8, 2020) is currently at historical lows (median = 0.20% tests positive in 2020 versus 2.35% in 2019, 1.04% in 2018, and 2.36% in 2017). Influenza data reported to the World Health Organization's (WHO's) FluNet platform from three Southern Hemisphere countries that serve as robust sentinel sites for influenza from Oceania (Australia), South America (Chile), and Southern Africa (South Africa) showed very low influenza activity during June-August 2020, the months that constitute the typical Southern Hemisphere influenza season. In countries or jurisdictions where extensive community mitigation measures are maintained (e.g., face masks, social distancing, school closures, and teleworking), those locations might have little influenza circulation during the upcoming 2020-21 Northern Hemisphere influenza season. The use of community mitigation measures for the COVID-19 pandemic, plus influenza vaccination, are likely to be effective in reducing the incidence and impact of influenza, and some of these mitigation measures could have a role in preventing influenza in future seasons. However, given the novelty of the COVID-19 pandemic and the uncertainty of continued community mitigation measures, it is important to plan for seasonal influenza circulation in the United States this fall and winter. Influenza vaccination of all persons aged ≥6 months remains the best method for influenza prevention and is especially important this season when SARS-CoV-2 and influenza virus might cocirculate (1).

The COVID-19 pandemic and subsequent implementation of nonpharmaceutical interventions (e.g., cessation of global travel, mask use, physical distancing, and staying home) reduced transmission of some viral respiratory pathogens (1).In the United States, influenza activity decreased in March 2020, was historically low through the summer of 2020 (2), and remained low during October 2020-May 2021 (<0.4% of respiratory specimens with positive test results for each week of the season).Circulation of other respiratory pathogens, including respiratory syncytial virus (RSV), common human coronaviruses (HCoVs) types OC43, NL63, 229E, and HKU1, and parainfluenza viruses (PIVs) types 1-4 also decreased in early 2020 and did not increase until spring 2021.Human metapneumovirus (HMPV) circulation decreased in March 2020 and remained low through May 2021.Respiratory adenovirus (RAdV) circulated at lower levels throughout 2020 and as of early May 2021.Rhinovirus and enterovirus (RV/EV) circulation decreased in March 2020, remained low until May 2020, and then increased to near prepandemic seasonal levels.Circulation of respiratory viruses could resume at prepandemic levels after COVID-19 mitigation practices become less stringent.Clinicians should be aware of increases in some respiratory virus activity and remain vigilant for off-season increases.In addition to the use of everyday preventive actions, fall influenza vaccination campaigns are an important component of prevention as COVID-19 mitigation measures are relaxed and schools and workplaces resume in-person activities.CDC analyzed virologic data* from U.S. laboratories available through the U.

CDC, multiple other federal agencies, state and local health departments, and other partners are implementing aggressive measures to slow transmission of 2019-nCoV in the United States, be ready if widespread transmission occurs, and work on medical countermeasures.

Comprehensive and timely information on influenza virus characteristics is critical for determining when the flu season starts and which viruses are circulating, for identifying and preparing viruses for use in influenza vaccines, and for detecting novel influenza viruses with potential for pandemic spread.In 2013, the first edition of the "Right Size Roadmap" was released.The document was the result of an initiative begun in 2010, led in partnership by the Centers for Disease Control and Prevention (CDC) and the Association of Public Health Laboratories (APHL) which engaged various stakeholders, including: epidemiologists, laboratorians, and influenza coordinators at local and state public health departments and at CDC; members and staff from the Council of State and Territorial Epidemiologists (CSTE); clinical and commercial laboratory associations; academic statisticians; and consultants in efficiency improvement.The goal of the effort was to support improved use of new tools for accurate and rapid molecular diagnosis of influenza, new opportunities for electronic communication of laboratory results, and to maintain or enhance virologic surveillance in the United States to detect first cases of emerging novel influenza A virus infection, such as infections with variant A(H3N2), or avian A(H5Nx) or A(H7N9) viruses.The resulting document provided a set of functional requirements to design and build an optimal virologic surveillance system, improve existing systems approaches, focus resources and efficiencies, inform policymakers, and justify state and local funding requests.It used statistical tools to determine the desired or acceptable level of surveillance and recommended efficiency approaches.Today we have a standardized sampling strategy across public health and clinical laboratories that is nationally representative, ensures efficiency and data confidence, and includes characterizing both the antigenic and genomic properties of circulating influenza viruses.The landscape of influenza virologic surveillance has changed significantly since the first edition with national surveillance of influenza having transitioned to rely on public health laboratories submitting a set number of influenza positive samples weekly to one of the National Influenza Reference Centers (NIRCs), established in 2009, where additional characterization including virus isolation and whole genomic sequencing are done.Resultant isolates and data are then compiled by the CDC for further characterization and analysis.In addition to identifying the optimum "sampling" strategy, major improvements in sharing these data have taken place.In March 2009, five laboratories were routinely sharing specimen level data electronically with CDC.Today, all public health laboratories at the state level and some local public health and clinical laboratories send specimen level data electronically to CDC's Influenza Division.This increase has improved the timeliness and completeness of reporting for both seasonal influenza surveillance activities and the identification of novel influenza A viruses.Influenza viruses are constantly changing, and efforts to monitor and characterize the virus similarly need to be flexible and adaptive to changes in healthcare, laboratory technology, and financial and staff resources.Equally, this second release will also change, and as such, continued input and feedback are invited to improve these recommendations for achieving a right size for influenza virologic surveillance.Future iterations will explore the possibility of utilizing the Right Size approach for non-influenza virus responses. Vivien DuganDirector, Influenza Division Centers for Disease Control and Prevention * Any influenza positive specimen that cannot be definitively typed and subtyped as a circulating seasonal influenza A virus, influenza positive specimens producing nonstandard or inconclusive results as defined in the CDC Flu rRT-PCR Dx Panel Instructions for Use package insert.

As part of the response to the highly pathogenic avian influenza A(H5N1) virus outbreak in U.S. cattle and poultry and the associated human cases, CDC and partners are monitoring influenza A virus levels and detection of the H5 subtype in wastewater. Among 48 states and the District of Columbia that performed influenza A testing of wastewater during May 12-July 13, 2024, a weekly average of 309 sites in 38 states had sufficient data for analysis, and 11 sites in four states reported high levels of influenza A virus. H5 subtype testing was conducted at 203 sites in 41 states, with H5 detections at 24 sites in nine states. For each detection or high level, CDC and state and local health departments evaluated data from other influenza surveillance systems and partnered with wastewater utilities and agriculture departments to investigate potential sources. Among the four states with high influenza A virus levels detected in wastewater, three states had corresponding evidence of human influenza activity from other influenza surveillance systems. Among the 24 sites with H5 detections, 15 identified animal sources within the sewershed or adjacent county, including eight milk-processing inputs. Data from these early investigations can help health officials optimize the use of wastewater surveillance during the upcoming respiratory illness season.

Abstract Background Novel influenza viruses pose a potential pandemic risk. Rapid detection of novel influenza virus infection in humans is critical to characterizing the virus and facilitating the implementation of public health response measures. Methods We use a probabilistic framework to estimate the likelihood that novel influenza virus cases would be detected under different community and healthcare (urgent care, emergency department, hospital admission, and intensive care unit) testing strategies while at low frequencies in the United States. Model parameters were informed by data on seasonal influenza virus activity and existing testing practices. Results In a baseline scenario reflecting the presence of 100 infections of a novel virus with similar severity to seasonal influenza, the probability of detecting at least one infection per month was highest in urgent care settings (72%) and when random testing was conducted in the community (77%). However, urgent care testing was over 15 times more efficient (estimated as the number of cases detected per 100,000 tests) due to the larger number of tests required for community testing. In scenarios that assumed increased clinical severity of novel virus infection, probabilities of detection increased across all healthcare settings, with testing in hospital and ICU settings being most efficient. Conclusions Our results suggest that novel influenza virus circulation is likely to be detected through existing healthcare surveillance, with the most efficient testing setting impacted by the disease severity profile. These analyses can help inform future testing strategies to maximize the likelihood of novel influenza detection.

ABSTRACT Background Novel influenza viruses pose a potential pandemic risk, and rapid detection of infections in humans is critical to characterizing the virus and facilitating the implementation of public health response measures. Methods We use a probabilistic framework to estimate the likelihood that novel influenza virus cases would be detected through testing in different community and healthcare settings (urgent care, emergency department, hospital, and intensive care unit [ICU]) while at low frequencies in the United States. Parameters were informed by data on seasonal influenza virus activity and existing testing practices. Results In a baseline scenario reflecting the presence of 100 novel virus infections with similar severity to seasonal influenza viruses, the median probability of detecting at least one infection per month was highest in urgent care settings (72%) and when community testing was conducted at random among the general population (77%). However, urgent care testing was over 15 times more efficient (estimated as the number of cases detected per 100,000 tests) due to the larger number of tests required for community testing. In scenarios that assumed increased clinical severity of novel virus infection, median detection probabilities increased across all healthcare settings, particularly in hospitals and ICUs (up to 100%) where testing also became more efficient. Conclusions Our results suggest that novel influenza virus circulation is likely to be detected through existing healthcare surveillance, with the most efficient testing setting impacted by the disease severity profile. These analyses can help inform future testing strategies to maximize the likelihood of novel influenza detection.