Abstract Recently, a novel class of transcripts, long non-coding RNAs (lncRNAs), is being identified at a rapid pace. These RNAs have critical roles in diverse biological processes, including tumorigenesis. Here we report that taurine-upregulated gene 1 ( TUG1 ), a 7.1-kb lncRNA, recruiting and binding to polycomb repressive complex 2 (PRC2), is generally downregulated in non-small cell lung carcinoma (NSCLC) tissues. In a cohort of 192 NSCLC patients, the lower expression of TUG1 was associated with a higher TNM stage and tumor size, as well as poorer overall survival ( P <0.001). Univariate and multivariate analyses revealed that TUG1 expression serves as an independent predictor for overall survival ( P <0.001). Further experiments revealed that TUG1 expression was induced by p53, and luciferase and chromatin immunoprecipitation (ChIP) assays confirmed that TUG1 was a direct transcriptional target of p53. TUG1 knockdown significantly promoted the proliferation in vitro and in vivo . Moreover, the lncRNA-mediated regulation of the expression of HOX genes in tumorigenesis and development has been recently receiving increased attention. Interestingly, inhibition of TUG1 could upregulate homeobox B7 (HOXB7) expression; ChIP assays demonstrated that the promoter of HOXB7 locus was bound by EZH2 (enhancer of zeste homolog 2), a key component of PRC2, and was H3K27 trimethylated. This TUG1-mediated growth regulation is in part due to specific modulation of HOXB7, thus participating in AKT and MAPK pathways. Together, these results suggest that p53-regulated TUG1 is a growth regulator, which acts in part through control of HOXB7. The p53/TUG1/PRC2/HOXB7 interaction might serve as targets for NSCLC diagnosis and therapy.

Abstract Soft tissue sarcoma is a broad family of mesenchymal malignancies exhibiting remarkable histological diversity. We portray the proteomic landscape of 272 soft tissue sarcomas representing 12 major subtypes. Hierarchical classification finds the similarity of proteomic features between angiosarcoma and epithelial sarcoma, and elevated expression of SHC1 in AS and ES is correlated with poor prognosis. Moreover, proteomic clustering classifies patients of soft tissue sarcoma into 3 proteomic clusters with diverse driven pathways and clinical outcomes. In the proteomic cluster featured with the high cell proliferation rate, APEX1 and NPM1 are found to promote cell proliferation and drive the progression of cancer cells. The classification based on immune signatures defines three immune subtypes with distinctive tumor microenvironments. Further analysis illustrates the potential association between immune evasion markers (PD-L1 and CD80) and tumor metastasis in soft tissue sarcoma. Overall, this analysis uncovers sarcoma-type-specific changes in proteins, providing insights about relationships of soft tissue sarcoma.

Rhizoctonia solani is a soil-borne pathogen with 14 anastomosis groups (AGs), and different subgroups are genetically diverse. However, the genetic factors contributing to the pathogenicity of the fungus have not been well characterized. In this study, the genome of R. solani AG1-ZJ was sequenced. As the result, a 41.57 Mb draft genome containing 12,197 putative coding genes was obtained. Comparative genomic analysis of 11 different AGs revealed conservation and unique characteristics between the AGs. Furthermore, a novel effector family containing a 68 amino acid conserved domain unique in basidiomycetous fungi was characterized. Two effectors containing the conserved domain in AG4-JY were identified, and named as RsUEB1 and RsUEB2. Furthermore, the spray-induced gene silencing strategy was used to generate a dsRNA capable of silencing the conserved domain sequence of RsUEB1 and RsUEB2. This dsRNA can significantly reduce the expression of RsUEB1 and RsUEB2 and the pathogenicity of AG4-JY on foxtail millet, maize, rice and wheat. In conclusion, this study provides significant insights into the pathogenicity mechanisms of R. solani. The identification of the conserved domain and the successful use of dsRNA silencing of the gene containing the conserved domain will offer a new strategy for controlling sheath blight in cereal crops.