CH
Christine Haberler
Author with expertise in Gliomas
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
14
(86% Open Access)
Cited by:
7,939
h-index:
44
/
i10-index:
93
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Molecular subgroups of medulloblastoma: an international meta-analysis of transcriptome, genetic aberrations, and clinical data of WNT, SHH, Group 3, and Group 4 medulloblastomas

Marcel Kool et al.Feb 22, 2012
Medulloblastoma is the most common malignant brain tumor in childhood. Molecular studies from several groups around the world demonstrated that medulloblastoma is not one disease but comprises a collection of distinct molecular subgroups. However, all these studies reported on different numbers of subgroups. The current consensus is that there are only four core subgroups, which should be termed WNT, SHH, Group 3 and Group 4. Based on this, we performed a meta-analysis of all molecular and clinical data of 550 medulloblastomas brought together from seven independent studies. All cases were analyzed by gene expression profiling and for most cases SNP or array-CGH data were available. Data are presented for all medulloblastomas together and for each subgroup separately. For validation purposes, we compared the results of this meta-analysis with another large medulloblastoma cohort (n = 402) for which subgroup information was obtained by immunohistochemistry. Results from both cohorts are highly similar and show how distinct the molecular subtypes are with respect to their transcriptome, DNA copy-number aberrations, demographics, and survival. Results from these analyses will form the basis for prospective multi-center studies and will have an impact on how the different subgroups of medulloblastoma will be treated in the future.
0
Citation931
0
Save
0

Subgroup-specific structural variation across 1,000 medulloblastoma genomes

Paul Northcott et al.Jul 24, 2012
Medulloblastoma, the most common malignant paediatric brain tumour, is currently treated with nonspecific cytotoxic therapies including surgery, whole-brain radiation, and aggressive chemotherapy. As medulloblastoma exhibits marked intertumoural heterogeneity, with at least four distinct molecular variants, previous attempts to identify targets for therapy have been underpowered because of small samples sizes. Here we report somatic copy number aberrations (SCNAs) in 1,087 unique medulloblastomas. SCNAs are common in medulloblastoma, and are predominantly subgroup-enriched. The most common region of focal copy number gain is a tandem duplication of SNCAIP, a gene associated with Parkinson’s disease, which is exquisitely restricted to Group 4α. Recurrent translocations of PVT1, including PVT1-MYC and PVT1-NDRG1, that arise through chromothripsis are restricted to Group 3. Numerous targetable SCNAs, including recurrent events targeting TGF-β signalling in Group 3, and NF-κB signalling in Group 4, suggest future avenues for rational, targeted therapy. Medulloblastoma is the most common malignant brain tumour in children; having assembled over 1,000 samples the authors report that somatic copy number aberrations are common in medulloblastoma, in particular a tandem duplication of SNCAIP, a gene associated with Parkinson’s disease, which is restricted to subgroup 4α, and translocations of PVT1, which are restricted to Group 3. Medulloblastoma is the most common malignant brain tumour in children. Four papers published in the 2 August 2012 issue of Nature use whole-genome and other sequencing techniques to produce a detailed picture of the genetics and genomics of this condition. Notable findings include the identification of recurrent mutations in genes not previously implicated in medulloblastoma, with significant genetic differences associated with the four biologically distinct subgroups and clinical outcomes in each. Potential avenues for therapy are suggested by the identification of targetable somatic copy-number alterations, including recurrent events targeting TGFβ signalling in Group 3, and NF-κB signalling in Group 4 medulloblastomas.
0
Citation806
0
Save
0

cIMPACT‐NOW update 6: new entity and diagnostic principle recommendations of the cIMPACT‐Utrecht meeting on future CNS tumor classification and grading

David Louis et al.Apr 19, 2020
cIMPACT-NOW (the Consortium to Inform Molecular and Practical Approaches to CNS Tumor Taxonomy) was established to evaluate and make practical recommendations on recent advances in the field of CNS tumor classification, particularly in light of the rapid progress in molecular insights into these neoplasms. For Round 2 of its deliberations, cIMPACT-NOW Working Committee 3 was reconstituted and convened in Utrecht, The Netherlands, for a meeting designed to review putative new CNS tumor types in advance of any future World Health Organization meeting on CNS tumor classification. In preparatory activities for the meeting and at the actual meeting, a list of possible entities was assembled and each type and subtype debated. Working Committee 3 recommended that a substantial number of newly recognized types and subtypes should be considered for inclusion in future CNS tumor classifications. In addition, the group endorsed a number of principles-relating to classification categories, approaches to classification, nomenclature, and grading-that the group hopes will also inform the future classification of CNS neoplasms.
0
Citation421
0
Save
0

Resolving medulloblastoma cellular architecture by single-cell genomics

Volker Hovestadt et al.Jul 24, 2019
Medulloblastoma is a malignant childhood cerebellar tumour type that comprises distinct molecular subgroups. Whereas genomic characteristics of these subgroups are well defined, the extent to which cellular diversity underlies their divergent biology and clinical behaviour remains largely unexplored. Here we used single-cell transcriptomics to investigate intra- and intertumoral heterogeneity in 25 medulloblastomas spanning all molecular subgroups. WNT, SHH and Group 3 tumours comprised subgroup-specific undifferentiated and differentiated neuronal-like malignant populations, whereas Group 4 tumours consisted exclusively of differentiated neuronal-like neoplastic cells. SHH tumours closely resembled granule neurons of varying differentiation states that correlated with patient age. Group 3 and Group 4 tumours exhibited a developmental trajectory from primitive progenitor-like to more mature neuronal-like cells, the relative proportions of which distinguished these subgroups. Cross-species transcriptomics defined distinct glutamatergic populations as putative cells-of-origin for SHH and Group 4 subtypes. Collectively, these data provide insights into the cellular and developmental states underlying subtype-specific medulloblastoma biology. Characterization of medulloblastoma tissues using single-cell transcriptomics shows that the different molecular subtypes consist of distinct developmental phenotypes.
0
Citation314
0
Save
0

ETMR-28. EVALUATING THERAPEUTIC APPROACHES IN EMBRYONAL TUMORS WITH PLAGL1 AND PLAGL2 AMPLIFICATION AND UNRAVELING MOLECULAR PARALLELS IN EPIGENETICALLY RELATED TUMORS WITH PLAG1-ALTERATIONS

Michaela-Kristina Keck et al.Jun 18, 2024
Abstract BACKGROUND Embryonal tumors with PLAGL1 and PLAGL2 amplification (ET, PLAGL) display substantial clinical heterogeneity regarding applied treatment and outcomes. As a recently-defined entity, the spectrum of tumor-driving PLAG-family alterations is not yet fully elucidated. METHODS We analyzed clinical and MRI data from patients with ET, PLAGL. Second, we identified and analyzed tumors with epigenetic similarities. RESULTS 18 patients with ET, PLAGL revealed diverse clinical behavior. Patients with PLAGL1-amplified tumors (ET, PLAGL1) were older (median 8 years), had a higher rate of complete resections (6/9) and fewer relapses (3/9). Patients with PLAGL2-amplified tumors (ET, PLAGL2) were younger (median 1.9 years), often incompletely resected (6/9) and prone to earlier relapse/progression. Five-year PFS was 89% and 17% (ET, PLAGL1/ET, PLAGL2), with no predictive value of initial surgical extent on PFS/OS. Postoperative treatment included chemotherapy (17/18, various protocols) alone (n=8) or combined with RT (n=9). The three survivors with ET, PLAGL2 underwent induction and high-dose chemotherapy. All five patients with less intensive chemotherapy relapsed. Most first and all subsequent ET, PLAGL2 relapses were distant, questioning the value of initial local radiotherapy. Two ET, PLAGL1 relapses occurred &gt;8 years after diagnosis (one after, one without previous RT). Through methylation-based t-SNE we identified 143 tumors with epigenetic similarities to ET, PLAGL. Filtering revealed a core set of 27 tumors, of which seven displayed evidence of PLAG1-fusion events and one PLAG1-amplification. RNAseq analysis (n=4) revealed distinct gene fusions involving PLAG1, with similar genes upregulated (RET, CYP2W1 and imprinted genes) as in ET, PLAGL. Like ET, PLAGL, PLAG1-fused tumors, occurred in young children with different diagnoses and localizations. CONCLUSION PLAG1-fused tumors are epigenetically similar to ET, PLAGL, show similarities in gene expression, and need to be differentiated from neuroepithelial tumor with PLAGL1-fusion. Future investigations will examine differences in clinical behavior and the utility of PLAG1/L1/L2 IHC for diagnosis.
Load More