JL
Jingyuan Li
Author with expertise in Nanofluidics and Nanopore Technology
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Recurrent Feature Reasoning for Image Inpainting

Jingyuan Li et al.Jun 1, 2020
Existing inpainting methods have achieved promising performance for recovering regular or small image defects. However, filling in large continuous holes remains difficult due to the lack of constraints for the hole center. In this paper, we devise a Recurrent Feature Reasoning (RFR) network which is mainly constructed by a plug-and-play Recurrent Feature Reasoning module and a Knowledge Consistent Attention (KCA) module. Analogous to how humans solve puzzles (i.e., first solve the easier parts and then use the results as additional information to solve difficult parts), the RFR module recurrently infers the hole boundaries of the convolutional feature maps and then uses them as clues for further inference. The module progressively strengthens the constraints for the hole center and the results become explicit. To capture information from distant places in the feature map for RFR, we further develop KCA and incorporate it in RFR. Empirically, we first compare the proposed RFR-Net with existing backbones, demonstrating that RFR-Net is more efficient (e.g., a 4% SSIM improvement for the same model size). We then place the network in the context of the current state-of-the-art, where it exhibits improved performance. The corresponding source code is available at: https://github.com/jingyuanli001/RFR-Inpainting.
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Electrostatic gating of a nanometer water channel

Jingyuan Li et al.Feb 28, 2007
Water permeation across a single-walled carbon nanotube (SWNT) under the influence of a mobile external charge has been studied with molecular dynamics simulations. This designed nanopore shows an excellent on-off gating behavior by a single external charge (of value +1.0e): it is both sensitive to the available charge signal when it is close (less than a critical distance of 0.85 A or about half the size of a water molecule) and effectively resistant to charge noise, i.e., the effect on the flow and net flux across the channel is found to be negligible when the charge is >0.85 A away from the wall of the nanopore. This critical distance can be estimated from the interaction balance for the water molecule in the SWNT closest to the imposed charge with its neighboring water molecules and with the charge. The flow and net flux decay exponentially with respect to the difference between these two interaction energies when the charge gets closer to the wall of the SWNT and reaches a very small value once the charge crosses the wall, suggesting a dominating effect on the permeation properties from local water molecules near the external charge. These findings might have biological implications because membrane water channels share a similar single-file water chain inside these nanoscale channels.
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Revealing the Binding Structure of the Protein Corona on Gold Nanorods Using Synchrotron Radiation-Based Techniques: Understanding the Reduced Damage in Cell Membranes

Liming Wang et al.Nov 12, 2013
Regarding the importance of the biological effects of nanomaterials, there is still limited knowledge about the binding structure and stability of the protein corona on nanomaterials and the subsequent impacts. Here we designed a hard serum albumin protein corona (BSA) on CTAB-coated gold nanorods (AuNRs) and captured the structure of protein adsorption using synchrotron radiation X-ray absorption spectroscopy, microbeam X-ray fluorescent spectroscopy, and circular dichroism in combination with molecular dynamics simulations. The protein adsorption is attributed to at least 12 Au–S bonds and the stable corona reduced the cytotoxicity of CTAB/AuNRs. These combined strategies using physical, chemical, and biological approaches will improve our understanding of the protective effects of protein coronas against the toxicity of nanomaterials. These findings have shed light on a new strategy for studying interactions between proteins and nanomaterials, and this information will help further guide the rational design of nanomaterials for safe and effective biomedical applications.
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Ultrashort single-walled carbon nanotubes in a lipid bilayer as a new nanopore sensor

Lei Liu et al.Dec 19, 2013
An important issue in nanopore sensing is to construct stable and versatile sensors that can discriminate analytes with minute differences. Here we report a means of creating nanopores that comprise ultrashort single-walled carbon nanotubes inserted into a lipid bilayer. We investigate the ion transport and DNA translocation through single-walled carbon nanotube nanopores and find that our results are fundamentally different from previous studies using much longer single-walled carbon nanotubes. Furthermore, we utilize the new single-walled carbon nanotube nanopores to selectively detect modified 5-hydroxymethylcytosine in single-stranded DNA, which may have implications in screening specific genomic DNA sequences. This new nanopore platform can be integrated with many unique properties of carbon nanotubes and might be useful in molecular sensing such as DNA-damage detection, nanopore DNA sequencing and other nanopore-based applications. Nanopore sensors are a promising tool for the controlled detection of a range of possible substrates. Here the authors describe a nanopore sensor based on short single-walled carbon nanotubes inserted into a lipid bilayer, with modified sensing properties compared to longer nanotubes.
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