Aneuploidy, whole chromosome or chromosome arm imbalance, is a near-universal characteristic of human cancers. In 10,522 cancer genomes from The Cancer Genome Atlas, aneuploidy was correlated with TP53 mutation, somatic mutation rate, and expression of proliferation genes. Aneuploidy was anti-correlated with expression of immune signaling genes, due to decreased leukocyte infiltrates in high-aneuploidy samples. Chromosome arm-level alterations show cancer-specific patterns, including loss of chromosome arm 3p in squamous cancers. We applied genome engineering to delete 3p in lung cells, causing decreased proliferation rescued in part by chromosome 3 duplication. This study defines genomic and phenotypic correlates of cancer aneuploidy and provides an experimental approach to study chromosome arm aneuploidy.

Summary

 DNA damage repair (DDR) pathways modulate cancer risk, progression, and therapeutic response. We systematically analyzed somatic alterations to provide a comprehensive view of DDR deficiency across 33 cancer types. Mutations with accompanying loss of heterozygosity were observed in over 1/3 of DDR genes, including TP53 and BRCA1/2. Other prevalent alterations included epigenetic silencing of the direct repair genes EXO5, MGMT, and ALKBH3 in ∼20% of samples. Homologous recombination deficiency (HRD) was present at varying frequency in many cancer types, most notably ovarian cancer. However, in contrast to ovarian cancer, HRD was associated with worse outcomes in several other cancers. Protein structure-based analyses allowed us to predict functional consequences of rare, recurrent DDR mutations. A new machine-learning-based classifier developed from gene expression data allowed us to identify alterations that phenocopy deleterious TP53 mutations. These frequent DDR gene alterations in many human cancers have functional consequences that may determine cancer progression and guide therapy.

We conducted the largest investigation of predisposition variants in cancer to date, discovering 853 pathogenic or likely pathogenic variants in 8% of 10,389 cases from 33 cancer types. Twenty-one genes showed single or cross-cancer associations, including novel associations of SDHA in melanoma and PALB2 in stomach adenocarcinoma. The 659 predisposition variants and 18 additional large deletions in tumor suppressors, including ATM, BRCA1, and NF1, showed low gene expression and frequent (43%) loss of heterozygosity or biallelic two-hit events. We also discovered 33 such variants in oncogenes, including missenses in MET, RET, and PTPN11 associated with high gene expression. We nominated 47 additional predisposition variants from prioritized VUSs supported by multiple evidences involving case-control frequency, loss of heterozygosity, expression effect, and co-localization with mutations and modified residues. Our integrative approach links rare predisposition variants to functional consequences, informing future guidelines of variant classification and germline genetic testing in cancer.

We analyzed molecular data on 2,579 tumors from The Cancer Genome Atlas (TCGA) of four gynecological types plus breast. Our aims were to identify shared and unique molecular features, clinically significant subtypes, and potential therapeutic targets. We found 61 somatic copy-number alterations (SCNAs) and 46 significantly mutated genes (SMGs). Eleven SCNAs and 11 SMGs had not been identified in previous TCGA studies of the individual tumor types. We found functionally significant estrogen receptor-regulated long non-coding RNAs (lncRNAs) and gene/lncRNA interaction networks. Pathway analysis identified subtypes with high leukocyte infiltration, raising potential implications for immunotherapy. Using 16 key molecular features, we identified five prognostic subtypes and developed a decision tree that classified patients into the subtypes based on just six features that are assessable in clinical laboratories.

This integrated, multiplatform PanCancer Atlas study co-mapped and identified distinguishing molecular features of squamous cell carcinomas (SCCs) from five sites associated with smoking and/or human papillomavirus (HPV). SCCs harbor 3q, 5p, and other recurrent chromosomal copy-number alterations (CNAs), DNA mutations, and/or aberrant methylation of genes and microRNAs, which are correlated with the expression of multi-gene programs linked to squamous cell stemness, epithelial-to-mesenchymal differentiation, growth, genomic integrity, oxidative damage, death, and inflammation. Low-CNA SCCs tended to be HPV(+) and display hypermethylation with repression of TET1 demethylase and FANCF, previously linked to predisposition to SCC, or harbor mutations affecting CASP8, RAS-MAPK pathways, chromatin modifiers, and immunoregulatory molecules. We uncovered hypomethylation of the alternative promoter that drives expression of the ΔNp63 oncogene and embedded miR944. Co-expression of immune checkpoint, T-regulatory, and Myeloid suppressor cells signatures may explain reduced efficacy of immune therapy. These findings support possibilities for molecular classification and therapeutic approaches.

LBA8007 Background: In CheckMate 77T, perioperative NIVO showed statistically significant EFS improvement vs neoadjuvant (neoadj) chemo followed by adjuvant (adj) placebo (PBO) in pts with stage (stg) II or III resectable NSCLC. We report clinical outcomes by baseline (BL) stg III N2 status, a subgroup with poor historical 5 y survival (26%–36%; Goldstraw J Thorac Oncol 2016). Methods: Adults with resectable stg IIA–IIIB (N2; AJCC v8) NSCLC were randomized to neoadj NIVO 360 mg Q3W + chemo (4 cycles [cyc]) followed by adj NIVO 480 mg Q4W (13 cyc) or neoadj PBO Q3W + chemo (4 cyc) followed by adj PBO Q4W (13 cyc). Primary endpoint: EFS per BICR. Exploratory analysis: efficacy and safety in pts with BL clinical stg III N2 or non N2 disease (dz). Results: BL characteristics were generally similar between pts with stg III N2 (NIVO, 91; PBO, 90) and non N2 dz (55; 57), and between treatment (tx) arms, except a higher percent of pts with N2 dz had NSQ histology and ECOG PS 0 (both arms). Pts with N2 dz had improved EFS with NIVO vs PBO (HR 0.46; 1 y EFS 70% vs 45%) and higher pCR (22.0% vs 5.6%; median f/u 25.4 mo; Table). Pts with non N2 also had EFS benefit with NIVO vs PBO (HR 0.60; 1 y EFS 74% vs 62%) and higher pCR (25.5% vs 5.3%; Table). Surgical feasibility was similar between pts with N2 and non N2 dz and numerically higher with NIVO vs PBO. Of pts with N2 dz, 77% (NIVO) vs 73% (PBO) had definitive surgery (pneumonectomy 1% vs 14%; R0 resection 86% vs 86%); of pts with non N2 dz, 82% vs 79% had definitive surgery (pneumonectomy 13% vs 9%; R0 resection 84% vs 87%). Tumor downstaging postsurgery was seen in most pts with stg III dz and was deeper with NIVO vs PBO: 61% vs 50% (N2; 33% vs 14% to ypT0), 87% vs 76% (non N2; 27% vs 11% to ypT0). Of all pts with stg III dz, nodal downstaging postsurgery was 52% (NIVO) vs 45% (PBO); 46% vs 36% to ypN0. Grade 3–4 TRAEs occurred in 34% (NIVO) and 26% (PBO) of pts with N2; 29% and 21% of pts with non N2 dz. Conclusions: In this exploratory analysis, perioperative NIVO showed clinical benefit vs PBO in pts with stg III NSCLC, regardless of N2 status. Over half of pts with stg III dz had nodal downstaging with NIVO; majority downstaged to ypN0. This first comprehensive analysis by nodal status among pts with stg III dz from a global phase 3 study of perioperative immunotherapy further supports perioperative NIVO as a tx option for pts with resectable NSCLC. Clinical trial information: NCT04025879 . [Table: see text]

103 Background: Approximately 25% of patients (pts) with non-squamous (NSQ) EGFR wildtype (WT) NSCLC have c-Met protein overexpression (Ansell et al. 2022 CRUK), which is associated with a poor prognosis (Liang, Wang. Onco Targets Ther. 2020). Telisotuzumab vedotin (Teliso-V) is a c-Met–directed antibody-drug conjugate comprising the mAb telisotuzumab and the microtubule polymerization inhibitor monomethyl auristatin E. The phase 2 LUMINOSITY trial (NCT03539536) aimed to identify the c-Met–overexpressing (OE) NSCLC population best suited to Teliso-V and expand selected group(s) for further evaluation of efficacy. We report on the primary analysis for pts with c-Met OE NSQ EGFRWT NSCLC. Methods: This phase 2, non-randomized, multicenter study enrolled pts with locally advanced/metastatic c-Met OE NSCLC, ≤2 prior lines of therapy (chemotherapy [CTx] + immunotherapy [IO] or sequential CTx + IO), and ≤1 line of chemotherapy. c-Met OE (Ventana MET [SP44] clinical trial assay [CTA]) was defined as ≥25% tumor cells with 3+ staining (high: ≥50% 3+; intermediate [int]: 25 to <50% 3+). Teliso-V was dosed at 1.9 mg/kg IV Q2W. Primary endpoint was overall response rate (ORR) by independent central review per RECIST v1.1. Results: 172 pts with NSQ EGFR WT NSCLC received ≥1 dose of Teliso-V and comprised the safety population; 161 (c-Met high, 78; c-Met int, 83) were included in baseline and efficacy analyses. Median age was 64 yrs (range 33–83), 69% were male, and 70% had ECOG PS 1. 97.5% had prior platinum and 82.0% had prior immune checkpoint inhibitor. Efficacy data are presented in Table below. ORR was 34.6% (c-Met high), 22.9% (c-Met int), 28.6% (overall). Median DOR was 9.0 mo (c-Met high), 7.2 mo (c-Met int), 8.3 mo (overall). Most common any-grade treatment-related AEs (TRAEs) were peripheral sensory neuropathy (30%), peripheral edema (16%), and fatigue (14%). Grade 5 TRAEs occurred in 2 pts (interstitial lung disease, respiratory failure). Conclusions: Teliso-V has shown compelling and durable responses in pts with c-Met OE NSQ EGFR WT NSCLC, especially in pts with c-Met high. Teliso-V had an acceptable safety profile that was clinically manageable, which is consistent with previous data. Clinical trial information: NCT03539536 . [Table: see text]